Predicted mutation
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RA	USA300TCH1516_ALE	742,735	C→T	intergenic (+572/‑125)	ybhL → / → melR_1	Inner membrane protein YbhL/Melibiose operon regulatory protein

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*	USA300TCH1516_ALE	742,735	0	C	T	100.0%	97.1 / NA	31	intergenic (+572/‑125)	ybhL/melR_1	Inner membrane protein YbhL/Melibiose operon regulatory protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (15/16);  total (15/16)

TTGTAGATGTGGTCATTTAAAATTATTTTGAAAATACTAAAAAGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACCATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGTTATGGCAAAATCA  >  USA300TCH1516_ALE/742601‑742871                                                                                                                                       |                                                                                                                                         ttGTAGATGTGGTCATTTAAAATTATTTTGAAAATACTAAAAAGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATtata                                                                                                                                    <  1:43334/141‑1 (MQ=255) 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                                                                                                               gatATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAgg                     >  2:193588/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                      taAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGt               >  1:103962/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                      taAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGt               >  1:52972/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                      taAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGt               >  1:331697/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                              aaaaTTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGTTATGGCaa       >  1:241752/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                              aaaaTTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGTTATGGCaa       >  1:157609/1‑141 (MQ=255) 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                                                                                                                                      |                                                                                                                                         TTGTAGATGTGGTCATTTAAAATTATTTTGAAAATACTAAAAAGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACCATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGTTATGGCAAAATCA  >  USA300TCH1516_ALE/742601‑742871

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑