| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | USA300TCH1516_ALE | 62,818 | +CAATTT | intergenic (‑285/+228) | USA300TCH1516_00053 ← / ← speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 62817 | 1 (0.040) | 21 (0.970) +TCAATT |
18/264 | 0.2 | 95.6% | intergenic (‑284/+229) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 62818 = | 1 (0.040) | intergenic (‑285/+228) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase | |||||
TAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAAT > USA300TCH1516_ALE/62683‑62945 | tAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaat < 1:172612‑M1/140‑6 (MQ=255) aGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatt > 1:184038‑M1/1‑134 (MQ=255) taAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttg < 1:244717‑M1/140‑15 (MQ=255) acGCAAACGAGGATTAATACAAAAAATGTTTGTGTAATTATGATAACGTCCGATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaat < 1:41500‑M1/140‑22 (MQ=255) cAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAACTCTCATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaa < 1:8452‑M1/140‑25 (MQ=255) aaCAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtaaatttatttttgttgacattaata > 2:44136‑M1/1‑114 (MQ=255) actacAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcat < 2:83978‑M1/140‑37 (MQ=255) actacAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcat > 1:173535‑M1/1‑104 (MQ=255) tGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagata > 1:134428‑M1/1‑93 (MQ=255) tAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaa < 2:246769‑M1/140‑56 (MQ=255) cGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgca > 2:1140‑M1/1‑73 (MQ=255) cGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtaattaaaaattgtttgca > 2:63522‑M1/1‑73 (MQ=255) gTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTTAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaa < 1:129283‑M1/140‑69 (MQ=255) tAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgtt < 1:211852‑M1/140‑91 (MQ=255) cAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacag > 2:946‑M1/1‑46 (MQ=255) aaaaTAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcg < 2:173535‑M1/140‑97 (MQ=255) aaatTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGATCtcaattaaaaatatggaatagtaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatc > 1:73291‑M1/1‑39 (MQ=255) ttGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTTCTTTATTCTCCACTATGATTGTCTACCTGTATTAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCAtcatt > 2:255458/1‑140 (MQ=255) agagCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcatcaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcat < 1:188561‑M1/140‑108 (MQ=255) gagCATCCCTTACCGCAAAGTGAATGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcata < 2:30908‑M1/140‑109 (MQ=255) tACCGGAAAGTGAAGGATGCTGtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaaatctacga < 2:184038‑M1/140‑119 (MQ=255) aaGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaaatcctcgtagatttt < 1:149022‑M1/140‑126 (MQ=255) aTGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaaatcctcgtagattttatcaagaat < 2:45147‑M1/140‑135 (MQ=255) | TAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTC‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAAT > USA300TCH1516_ALE/62683‑62945 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |