| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,513,930 | A→T | 100% | L413F (TTA→TTT) | USA300HOU_RS07375 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,513,930 | 0 | A | T | 100.0% | 54.4 / NA | 18 | L413F (TTA→TTT) | USA300HOU_RS07375 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (12/6); total (12/6) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ATTTATTTGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAATTTACA > USA300TCH1516_ALE/1513794‑1514065 | atttaattATATATATCGATTTATTAGTAGCCATTAGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCATACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTg < 2:178428/141‑1 (MQ=255) tattaGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATCAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCat > 1:199063/1‑141 (MQ=255) tattaGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCat > 1:200681/1‑141 (MQ=255) tagtagCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGCATTATTAATGCCattat > 2:193604/1‑141 (MQ=255) ggCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGTCATTATTGGGATTATCa > 1:111498/1‑141 (MQ=255) ggggTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAACAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGACATCAGTTGGATTATCACTTan > 1:303786/1‑140 (MQ=255) ggggTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTAt > 1:168247/1‑141 (MQ=255) ggTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCAATTATcc > 2:257266/1‑141 (MQ=255) aaGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGaa < 1:211150/141‑1 (MQ=255) aaGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGaa > 1:295678/1‑141 (MQ=255) gcaCAAAAAAGACTTCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAAGGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTaa < 1:110327/139‑1 (MQ=255) aCAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAata < 1:242499/141‑1 (MQ=255) aaaaTACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAGTTTAATTAAtattat > 1:50280/1‑141 (MQ=255) aCCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATcgtcgttc > 2:341722/1‑139 (MQ=255) caTCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTAAAGAGCACACCACTGATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTaaa > 1:79868/1‑141 (MQ=255) tatCACTCATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAAc < 1:122845/141‑1 (MQ=255) cATAATATGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGaa > 1:180833/1‑141 (MQ=255) tGTTTTATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAATTTACa < 1:193447/141‑1 (MQ=255) | ATTTATTTGTATGTATCGCTTTATTAGTAGCCATTGGCATGGGGTTTGTCTCTTGGATAAAGCGTACAAAAAATACTGCAATAAAAGTACCACATCGCGTAAAAAAACCAGCATCTATATCACTCATAATATGTTTAATTGTATTAGGATTATTAATGCCATTATTTGGATTATCACTTATCCTTGTATTTATAATTGAATTAATATTATATATTAAAGATCGTCGTGCTAAACAATAATGCACTTAAAGTTTTGAACTGACGAAATTTACA > USA300TCH1516_ALE/1513794‑1514065 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |