| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 407090 = | 103 (1.220) | 4 (0.050) | 4/236 | NT | 4.5% | intergenic (+5/+78) | USA300HOU_RS01880/kynB | putative acetyl‑CoA acyltransferase/Kynurenine formamidase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 407140 = | 77 (1.000) | intergenic (+55/+28) | USA300HOU_RS01880/kynB | putative acetyl‑CoA acyltransferase/Kynurenine formamidase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CTATTGGTGCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGT > USA300TCH1516_ALE/406952‑407228 | tagatcaattaccaactcgtggcgccatcatttacgctatcagccctaaaccaaaagatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataaaa > 1:898728‑M1/139‑141 (MQ=255)tagatcaattaccaactcgtggcgccatcatttacgctatcagccctaaaccaaaagatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataaaa > 1:216467‑M1/139‑141 (MQ=255)cTATTGGTGCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGACGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGaaa > 2:603773/1‑141 (MQ=255) tATTGGTGCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATTATAAGaaaa > 1:578815/1‑141 (MQ=255) tATTGGTGCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATGATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGaaaa < 1:100046/141‑1 (MQ=255) agatcaattaccaactcgtggcgccatcatttacgctatcagccctaaaccaaaagatgcacctgtgttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaatgactaatattacccaatcaatccataaacaaataaaaa < 2:201882‑M1/4‑1 (MQ=255) gatcaattaccaactcgtggcgccatcatttacgctatcagccctaaaccaaaagatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataAAAAc < 1:25468‑M1/5‑1 (MQ=255) aTTGGTGCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAAc < 1:854300/141‑1 (MQ=255) aTTGGTGCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAAc < 1:126394/141‑1 (MQ=255) aTTGGTGCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGCTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAAc > 2:685454/1‑141 (MQ=255) caattaccaactcgtggcgccatcatttacgctatcagccctaaaccaaaagatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataAAAACAgg > 2:95508‑M1/134‑141 (MQ=255) gTGCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGACAACAgga > 2:920172/1‑140 (MQ=255) aattaccaactcgtggcgccatcatttacgcgatcagccctaaaccaaaagatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaatgactaatattacccactaaatccataaacaaataAAAACAGGt > 2:632406‑M1/133‑141 (MQ=255) tGCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGtt > 1:115066/1‑141 (MQ=255) attcacaactcggggcgccatcatttacgctatcagccctaaaccaaaagatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaatgactaatattacccaataaatacatatacaaataAAAACAGGtt > 2:34102‑M1/132‑141 (MQ=255) attaccaactcgtggcgccatcatttacgctatcagccctaaaccaaaagatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaacactcataggacgaatattacccaataaatccataaacaaataAAAACAGGtt < 2:463224‑M1/10‑1 (MQ=255) attaccaactcgtgacgacatgattaatgttatcatccctaaaccaaaagatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataAAAACAGGtt > 2:5468‑M1/132‑141 (MQ=255) gCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGCTa > 2:326126/1‑141 (MQ=255) aTCTGCGGCTAGACTATTATTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTTAAACTGGTTTAACATCATTGTCTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATc < 1:813523/141‑1 (MQ=255) tCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATca > 2:966898/1‑141 (MQ=255) ggTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCacaa > 1:215443/1‑141 (MQ=255) ggTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCacaa < 2:101988/141‑1 (MQ=255) ggTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAAAAAGAAAACAGGTTATCacaa > 2:240330/1‑141 (MQ=255) gTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCacaac > 1:360716/1‑141 (MQ=255) gTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCacaac > 1:1007595/1‑141 (MQ=255) gTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCCATACCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAACAATAAGTAAACAGGTTATCacaac < 1:866449/141‑1 (MQ=255) tGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCAGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATAAAAGTATAAATAATAAAAAAACAGGTTATCacaaca > 2:126708/1‑141 (MQ=255) tggcgccatcatttacgctatcagccctaaaccaaaagatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacacatcAAAACACATTatcacaacatgt < 2:90460‑M1/22‑4 (MQ=255) agTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAgactta > 2:594453/1‑136 (MQ=255) gTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAATattaa > 2:239672/1‑141 (MQ=255) tATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACCTCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGCGATCACAACAGTattaat > 2:248066/1‑141 (MQ=255) aGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAAATGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAAT‑ATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTCCAt > 1:619406/1‑141 (MQ=255) attattGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTgg < 1:890924/141‑1 (MQ=255) atcattGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAAAATCATTGTGTATTGGTAGCGGATGGACTATCGGTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTgg < 1:240066/138‑1 (MQ=255) tGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATaa > 1:374087/1‑141 (MQ=255) tGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAAAATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATACATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATaa > 1:1001033/1‑141 (MQ=255) gCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGGATCAAAGTATAAATAATAAGAAAAAAGGGTAAAAGAAGAGGATTAATTACATGTgggagtaaa > 1:482434/1‑135 (MQ=255) cATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAAcc > 2:136730/1‑141 (MQ=255) ctaaaccaaaagatgcacctgggttccctgttagagcatttgcaattaaaccatcaaatgactaatattacccaataaatccataaacaaataAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGtt > 2:390271‑M1/94‑141 (MQ=255) aaCTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGtt < 1:278576/141‑1 (MQ=255) aCTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGttt < 1:689779/141‑1 (MQ=255) aCTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGttt < 1:281746/141‑1 (MQ=255) aCTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGttt < 1:50063/141‑1 (MQ=255) cTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGAATAACCTCtttt > 2:133735/1‑141 (MQ=255) gAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTa > 2:815202/1‑141 (MQ=255) gaAATTGAAACTGGTTGAACATTATTGTGTATGGGTAGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAATAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGttt < 2:1012287/141‑1 (MQ=255) aGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACTGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTAt < 2:586580/141‑1 (MQ=255) gTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGGTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCGGTTTTTGTTCGTTTATg > 1:370904/1‑141 (MQ=255) aaaCTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGGGGTCAAGCTATCGCTGGAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATTACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGAtt < 2:488037/141‑1 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(MQ=255) gCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTCTCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTATTGTTAGTCCTTTGCTGGTTTAATTGCAAATGCTCTac > 1:500242/1‑140 (MQ=255) gCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTCTTTGTTTTTGGATTTATTGGGTAATATTAGTAATTTGATGGTTTAATTAGAAATGcaataa > 1:99258/1‑136 (MQ=255) gTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGCAAACAGGTAATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTCATTGGGTAATATTAGTCATTTACTGGCTTAATTGCAACTGCCCTAAccg > 1:745752/1‑139 (MQ=255) gTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAg < 2:399108/141‑1 (MQ=255) tGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTTTGTATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAggg < 1:147024/141‑1 (MQ=255) aaGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCATATCAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATGTTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAg < 2:529862/141‑1 (MQ=255) tataAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAATAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTg < 2:704970/141‑1 (MQ=255) gataaataaTCAGATAACATTTCATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAGCCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTg < 2:249706/140‑1 (MQ=255) ataaataaTAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGc < 1:685454/141‑1 (MQ=255) aaataaTAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGTTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCAt < 1:774610/141‑1 (MQ=255) aaataaTAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCAt > 1:518708/1‑141 (MQ=255) 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2:1001033/139‑1 (MQ=255) | CTATTGGTGCATCTGGTGCTAGAGTATTAGTGACATTATTGCATCAACTGAATGATGAAGTTGAAACTGGTTTAACATCATTGTGTATTGGTGGCGGTCAAGCTATCGCTGCAGTTGTATCAAAGTATAAATAATAAGAAAACAGGTTATCACAACAGTATTAATTACATGTTGGCATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGT > USA300TCH1516_ALE/406952‑407228 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |