| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 216,236 | G→C | 6.9% | P191A (CCA→GCA) | rocD2_1 ← | Ornithine aminotransferase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 216,236 | 0 | G | C | 6.9% | 342.2 / 8.1 | 119 | P191A (CCA→GCA) | rocD2_1 | Ornithine aminotransferase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/60); new base C (5/4); total (54/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
CATTTCCCAGTTCTACCAAGACCAACTTGAATTTCATCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTATATGCGTCGTGGTTAGATAGTGATAATGAGC > USA300TCH1516_ALE/216103‑216376 | cATTTCCCAGTTCTACCAAGACCAACTTGAATTTCATCTGCAATCAATAATATTTGAGGTTTATCACATAGTTGACGCCCAGCTTGAATATATCTTTTCGGTAGTCTCTTGACGCAACATTCACCTTGAATTGCTTcccca > 2:762266/1‑138 (MQ=255) tttCCCAGTTCTACCAATTACAACTTGAATTTCATCAGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAa‑at < 2:586320/141‑1 (MQ=255) tttCCCAGTTCTACCAAGACCAACTTGAATTTCATCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAa‑at < 1:898200/141‑1 (MQ=255) ttCCCAGTTTTACTAAAACTAACTTGAATTTCATCTGCAATCAATAATCTATGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCAAAATTCACCTTGAATTGGTTCCAAa‑ata < 2:899292/141‑1 (MQ=255) tCCCTGCTCTACCAAGACCAACTTGAATTTCATCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAa‑ataa < 1:619013/141‑1 (MQ=255) tCCCATTTCTACCAAGACCAACTTGAATTTCATCTGCAATCAATATTATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACATCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAa‑ataa < 1:913076/141‑1 (MQ=255) tCCCAGTTCTACCAAGACCAACTTGAATTTCATCTGCAATCAATGATATTTGATGTTTATCACATAGTTGTCGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCGAa‑ataa < 2:180773/141‑1 (MQ=255) cccAGTTCTACCAAGACCAACTTGAATTTCATCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGTTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGTTTCCAAa‑ataat > 2:1025819/1‑141 (MQ=255) cccAGTTCTACCAAGACCAACTTGAATTTCATCTGCAAGCAATAACATTTGATGCTTATCACATGGTTGACCCACAGCTTGAGTATATCCTTTCGGTGCTATATTCACGCCCCATTCACCTCGCATACGTTACAAc‑ataaa > 2:450713/1‑140 (MQ=255) cAGTTCTACCAAGACCAACTTGAATTTCATCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGCGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGACTTCCTTCCAAT‑ATAAttt > 2:937193/1‑140 (MQ=255) ttCTACCAAGACCAACTTGAATTTCATCTGCAGTGTATCATACTGGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTAGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATtgctg < 1:33280/141‑1 (MQ=255) tCTACCAAGACCAACTTGAATTTCATCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGCATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTCCCAAA‑ATAATggctgc > 1:490261/1‑141 (MQ=255) caCCAAGACCAACTTAAATTTCATCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGctgctg < 2:1009338/140‑1 (MQ=255) cAAGACCAACTTGAATTTCATCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTAt > 1:949812/1‑141 (MQ=255) cAAGACCAACTTGAATTTCATCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTAt > 1:408886/1‑141 (MQ=255) cTTGAATTTCATCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGaaa > 1:565412/1‑141 (MQ=255) ttGAATTTCATCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAAt < 1:118951/141‑1 (MQ=255) tGAATTTCATCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATa < 1:426225/141‑1 (MQ=255) tGAATTTCATCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATa < 1:426117/141‑1 (MQ=255) tGAATTTCATCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTACACA‑ATACTTTCTGCTGTATTCGGTGAAATa < 1:1029635/141‑1 (MQ=255) aaTTTCATCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAC‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGc > 1:265812/1‑141 (MQ=255) aaTTTCATCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGTTGAAATAGc > 1:950934/1‑141 (MQ=255) tttCAGCTGCAATTAATAATATTTGTTGTTGAGCAGATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCtt < 2:768534/141‑1 (MQ=255) tCATCTGTAATCATTAATTTTTGTTGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGTTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTtgt < 2:1024123/141‑1 (MQ=255) tCACCTGCAATCAATAAAAGTTCCTGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTCTATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTtgt < 1:355570/141‑1 (MQ=255) aTCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGCTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTgtgt > 1:409302/1‑141 (MQ=255) aTCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGCTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTgtgt > 1:637476/1‑141 (MQ=255) aTCTGCAATCAATAATATTATATGTTTATCACATAGTTCACGCACAGCTTGAATATATGCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTgtgt < 2:621897/141‑1 (MQ=255) cTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTa > 1:863561/1‑141 (MQ=255) cTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTa > 1:266941/1‑141 (MQ=255) tgacatcaatAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGATTGTGTTaa < 2:687755/137‑1 (MQ=255) tGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACTGCTTGAATATATCCATTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAC‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTaa < 2:73245/141‑1 (MQ=255) gCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAAt > 2:136574/1‑141 (MQ=255) caatcaatAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAAtt > 1:732794/1‑141 (MQ=255) atcactAAATTTTAATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCTGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGt < 2:880141/141‑1 (MQ=255) aataatATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCa > 1:279775/1‑141 (MQ=255) tatTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGtc > 2:55377/1‑141 (MQ=255) ttGATGTTGCTCACATAGTGATAGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGCGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGACTTGGTTCCAAA‑ATAATCGCTGCTGTATTCAATGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTcc < 2:60688/141‑1 (MQ=255) tGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAACAGATTGGGTTAATTGTTCAATGTCTCCa > 1:435498/1‑141 (MQ=255) tGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATCGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTccc > 2:367052/1‑140 (MQ=255) tGATGTTTAGCACACAGTCGACGCACAGCTCGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCCTCACCTTGAATTGGGTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCa < 1:595225/141‑1 (MQ=255) tATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTa > 2:281668/1‑141 (MQ=255) tATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTa > 2:332751/1‑141 (MQ=255) tATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTAAATCTCTCGAAAATCTa > 2:711616/1‑141 (MQ=255) tATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTATTAATTGTTCAATGTCTCCAAActctt > 2:104771/1‑140 (MQ=255) aTCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑AGAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAACATATAc > 2:890982/1‑141 (MQ=255) cacaTAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACtg < 1:99409/141‑1 (MQ=255) acacAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCGTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGAATGAGTTAAGTTTTCAATGTCTCCAAAATCTACtgt < 1:43312/141‑1 (MQ=255) acaTAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACtgt < 1:133999/141‑1 (MQ=255) agaGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACtgttg < 2:781803/139‑1 (MQ=255) aTAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAGATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACtgttg < 1:382970/141‑1 (MQ=255) gTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAg < 1:754463/141‑1 (MQ=255) ttGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGTTGCTGTAATCGGACAAACACCCGTTGTTAATTGTCCAATGTCTCCAAAACCTACcgtggtcgc > 1:286141/1‑138 (MQ=255) cccccaGCTTGAATATATCCTTTCGGTCGTATATTAACTCCACCTCCACCGTGAATTGGTTCCAAA‑ACAATTGCTGCGGTATTCGGTGAAATAGCTGGTGTTAATTGTCCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCt < 1:56103/137‑1 (MQ=255) cGCACAGCTTGAAGATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCt < 1:792259/141‑1 (MQ=255) aaaacaTCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCt < 1:1010059/138‑1 (MQ=255) ctcatgttGAATTTCTCCTTTCGGCTGTCTATTAACGCCACCTTCACCTCGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATATCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCATAATCTACTGTTGTAGTGCCTTg < 2:554880/135‑1 (MQ=255) cacaGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTGCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTg < 1:590378/141‑1 (MQ=255) caGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGaa > 2:816884/1‑141 (MQ=255) aGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAg > 2:919351/1‑141 (MQ=255) aGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAg > 2:185590/1‑141 (MQ=255) gAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAggg > 1:951289/1‑141 (MQ=255) gAATATATCCTTTCAGTGGTATATTAACGCCACCTTACCCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGTAAGAGCTAGTGTTAATTGTTCAATGGCTCAAAAATTTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAggg < 2:735049/141‑1 (MQ=255) cactctctCCTTTCGTTGGTATATTATGGCCGCGTTAACCTTGAATTGCTTCTAAA‑ATAATTGCTTCTTTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTAAATGGCTCCAAAATCCACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAggg < 2:689288/134‑1 (MQ=255) atatatCGTTGCGGGTGGATATTAAGGTCACCTTCGCCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAAGTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTACAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAggggg < 2:517026/141‑1 (MQ=255) atatatCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAggggg < 1:739067/141‑1 (MQ=255) atcgcttCGTTGTTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTTGTTCCAAA‑ATAATTGATGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTATGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGaa < 2:643283/136‑1 (MQ=255) atCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGaa > 2:391874/1‑141 (MQ=255) atCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTAATGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGCTGaa > 2:862832/1‑141 (MQ=255) cTTTCGGTTGTACAGTAACGCCACCTTCTCCTGTAATTGGTTGCAAACTTACTTATATATGT‑TGCATTAAAATCGCCTGGGTTTATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATc < 2:467266/141‑1 (MQ=255) cTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATc > 1:55442/1‑141 (MQ=255) cTTTCGGTGGTATATTAACGCAACATTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGATGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGaaacc < 2:768950/141‑3 (MQ=255) ttCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGCTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCt < 2:637476/141‑1 (MQ=255) ttCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGCTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCt < 2:409302/141‑1 (MQ=255) tgcGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGCTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAACTCTACTGTTGTAGTGTCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCt < 2:19909/139‑1 (MQ=255) cagtggtATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGc < 1:687732/139‑1 (MQ=255) gtggtATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTTGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTCGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCtt > 2:702054/1‑141 (MQ=255) tggtATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCttt > 1:908012/1‑141 (MQ=255) tataTTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATTTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTtata < 2:794636/141‑1 (MQ=255) tataTTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTtata < 1:730311/141‑1 (MQ=255) tataTTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTtata < 1:136574/141‑1 (MQ=255) ttACCGCTACCTTTACGTTGAATTGGTTCTGAA‑AGAATTGCGTCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCGCCAAACTCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTATATGcg < 2:9092/141‑1 (MQ=255) ttAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTCCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTATATGcg < 2:490261/141‑1 (MQ=255) aaCGCCACCTTCATCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTATATGcgtc < 1:74782/141‑1 (MQ=255) caccttcaccttGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTATATGCGTCGTGGt > 1:493684/1‑141 (MQ=255) caccttcaccttGAATTGGTTACGAA‑AGGGTTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTATATGCGTggtggt > 1:494170/1‑141 (MQ=255) accttcaccttGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTATATGCGTCGTGGtt > 2:518182/1‑141 (MQ=255) ccttcaccttGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTATATGCGTCGTGGTTa > 1:114263/1‑141 (MQ=255) ttcaccttGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTATATGCGTCGTGGTTAGa > 1:733354/1‑141 (MQ=255) tcaccttGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGTTTTATATTCGTTGTGGTTAGAt > 1:497558/1‑141 (MQ=255) tcaccttGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTCTATGCGTCGTGGTTAGAt > 1:185686/1‑141 (MQ=255) tcaccttGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTATATGCGTCGTGGTTAgct > 1:569375/1‑139 (MQ=255) tccttTAATGGTTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTATATGCGTCGTGGTTAGATAg < 1:133248/140‑1 (MQ=255) accttGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTATATGCGTCGTGGTTAGATAg < 1:417156/141‑1 (MQ=255) cttGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTATATGCGTCGTGGTTAGATAGTg < 2:443009/141‑1 (MQ=255) cttGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTATATGCGTCGTGGTTAGATAGTg < 2:258132/141‑1 (MQ=255) cgtGAATTGGGTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTATATGCGTCGTGGTTAGATAGTg < 1:419881/139‑1 (MQ=255) ggTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTATATGCGTCGTGGTTAGATAGTGATAATGAg < 2:493684/141‑1 (MQ=255) gTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTATATGCGTCGTGGTTCGATAGTGATAATGAGc > 2:484653/1‑141 (MQ=255) gTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTAAATGCGTCGTGGTTAGATAGTGGTAATGAGc > 1:356342/1‑141 (MQ=255) | CATTTCCCAGTTCTACCAAGACCAACTTGAATTTCATCTGCAATCAATAATATTTGATGTTTATCACATAGTTGACGCACAGCTTGAATATATCCTTTCGGTGGTATATTAACGCCACCTTCACCTTGAATTGGTTCCAAA‑ATAATTGCTGCTGTATTCGGTGAAATAGCTTGTGTTAATTGTTCAATGTCTCCAAAATCTACTGTTGTAGTGCCTTGAAGTAGGGGGTGAAATCCTGCTTTATATGCGTCGTGGTTAGATAGTGATAATGAGC > USA300TCH1516_ALE/216103‑216376 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |