| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 622,479 | 0 | T | C | 10.0% | 255.9 / 4.2 | 113 | D1014D (GAT→GAC) | sdrE | Serine‑aspartate repeat‑containing protein E |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/61); new base C (9/4); total (44/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.42e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
ATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGA‑CTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGAC > USA300TCH1516_ALE/622340‑622617 | gaCAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGA‑c < 1:125487/141‑1 (MQ=255) gaCAGCGACTCAGATTAAGATAGAGACTAAGATTCGGACAGCGATTCAGACTGAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGA‑c < 2:716602/141‑1 (MQ=255) cAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGA‑CTc < 1:625196/141‑1 (MQ=255) aGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACACAGATAGCGACTCAGATTCAGAGAGCGATTCGGCCTCAGATAGCGACTCAGA‑GTCa > 2:681030/1‑141 (MQ=11) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |