| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 1,021,533 | 0 | T | C | 5.5% | 320.5 / 6.1 | 109 | D201G (GAT→GGT) | ugtP | Processive diacylglycerol beta‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/44); new base C (3/3); total (62/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
ACGCTTTAGCTCTTTGCTCTTACCACAAATCATAACTACTTGTGCATTTGCACTTTTCGCTAATATATCAGTAATCATCGTGTCAAAACCTTTAGATACACCAAATGCACCAGCTGACATTAAAATAGTTTGCTTATCTGGATCTAAGTTGTTGTCTATTAACCACTGCTTTTGATTAATAGGCGTTTCAAATTTGTTATCAATAGGAATACCTGTCACTTTAACTGTTGAAGGATCAATACCTACGTCTATGAAGTCTTGTTTCGTTTCTTT > USA300TCH1516_ALE/1021397‑1021669 | aCGCTTTAGCTCTTTGCTCTTACCACAAATCATAACTACTTGTGCATTTGCACTTTTCGCTAATCTATCAGTAATCATCGTGTCAAAACCTTTAGATACACGAAATGCACCAGCTGACATTAACCTATTTTGCTTATCTgg > 2:937083/1‑141 (MQ=255) gCTTTAGCTCTTTGCTCTTACCACAAATCATAACTACTTGTGCATTTGCACTTTTCGCTAATATATCAGTAATCATCGTGTCAAAACCTTTAGATACACCAAATGCACCAGCTGACATTAAAATAGTTTGCTTATCTGGAt > 1:84268/1‑141 (MQ=255) tAGCTCTTTGCTCTTACCACAAATCATAACTACTTGTGCATTTGCACTTTTCGCTAATATATCAGTAATCATCGTGTCAAAACCTTTAGATACACCAAATGCACCAGCTGACATTAAAATAGTTTACTTATCTGGATCTaa > 1:527981/1‑141 (MQ=255) aGCTCTTTGCTCTTACCACAAATCATAACTACTTGTGCATTTGCACTTTTCGCTAATATATCAGTAATCATCGTGTCAAAACCTTTAGATACACCAAATGCACCAGCTGACATTAAAATAGTTTGCTTACCTGGATCTAAg > 2:37688/1‑141 (MQ=255) 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ACGCTTTAGCTCTTTGCTCTTACCACAAATCATAACTACTTGTGCATTTGCACTTTTCGCTAATATATCAGTAATCATCGTGTCAAAACCTTTAGATACACCAAATGCACCAGCTGACATTAAAATAGTTTGCTTATCTGGATCTAAGTTGTTGTCTATTAACCACTGCTTTTGATTAATAGGCGTTTCAAATTTGTTATCAATAGGAATACCTGTCACTTTAACTGTTGAAGGATCAATACCTACGTCTATGAAGTCTTGTTTCGTTTCTTT > USA300TCH1516_ALE/1021397‑1021669 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |