| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,473,325 | C→T | 5.0% | A9567T (GCA→ACA) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,473,325 | 0 | C | T | 5.0% | 254.6 / 2.6 | 98 | A9567T (GCA→ACA) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/54); new base T (3/2); total (39/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
AACGTCTTTATTGGCATCAATTTTTGCTTTTGGTATTTCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGCCTTGTCTTTAGCATCTTGTAGTCGTT > USA300TCH1516_ALE/1473185‑1473459 | aaCGTCTTTATTGGCATCAATTTTTGCTTTTGGTATTTCATTGGCATGCACTGGTTCAATCGCGTGCTTGCGTGGTGAGTATCTTTGAGCTCCAGGCTGACTGCCTTGTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGc < 1:489791/141‑1 (MQ=255) tCTTTATTGGCATCAATTTTTGCTTTTGGTATTTCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTACTGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAAt > 2:1003819/1‑141 (MQ=255) tCTTTATTGGCATCAATTTTTGCTTTTGGTATTTCATTGGCATGCACTTAATAAATCGCGTAGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGATGTTGATGATGCTGTTTGCCAAt > 2:666020/1‑141 (MQ=255) ttttATTTGCATTAATTTTTGCTTTTGGTATTTCATTGTGATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAATTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAAtt < 2:52289/140‑1 (MQ=255) cTTTATTGGCATCAATTTTTGCTTTTGGTATTTCATTGGCATGCTCTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAAtt < 1:379249/141‑1 (MQ=255) tttATTGGCATCAATTTTTGCTTTTGGTATTTCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAAttc < 1:828583/141‑1 (MQ=255) ttATTGGCATCAATTTTTGCTTTTGGTATTTCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAAttct < 1:949339/141‑1 (MQ=255) tGGCATCAATTTTTGCTTTTGGTATTTCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTTATGATGTTGTTTTGCTATTCT‑TCTg > 1:348534/1‑141 (MQ=255) ggCATCAATTTTTGCTTTTGGTATTTCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGc > 1:330968/1‑141 (MQ=255) ttattttttttttCTTTTTTTATTTCATTGGAATGCAACTGTCCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACCGCCTCATTTCTTGTTGCTTTATTTATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCt < 1:343402/134‑1 (MQ=255) gCATCAATTTTTGCTTTTGGTATTTCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCt < 1:159984/141‑1 (MQ=255) gCATCAATTTTTGCTTTTGGTATTTCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCt < 1:864083/141‑1 (MQ=255) gCATCAATTTTTGCTTGTGGTCTTTCATTGGCATTCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGGTTGAACTTGAGATTTAGTCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCt < 2:560277/141‑1 (MQ=255) cactttttGCTTTTGGTAGTTCATTGGCATGTACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTAt < 1:855202/138‑1 (MQ=255) cAATTTTTGCTTTTGGTATTTCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTAt > 1:883185/1‑141 (MQ=255) aTTTTTGCTTTTGGTATTTCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTTTTTGCACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTGT‑TCTGCTTTAttt > 1:58218/1‑141 (MQ=255) tttGCTTTTGGTATTTCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCTTGATTTCTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTTT‑TCTGCTTTATTTTTc < 2:285228/141‑1 (MQ=255) tGCTTTTTGTATTTCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTTTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTTCTTTATTTTTctc > 2:232982/1‑139 (MQ=255) gCTTTTGGTATTTCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTGTTTTTCGCa > 1:355226/1‑141 (MQ=255) ttGGTATTTCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATaa > 1:984225/1‑141 (MQ=255) tATTTCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGTCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCtt > 1:297880/1‑141 (MQ=255) tATTTCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGTCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCtt > 1:806262/1‑141 (MQ=255) ttCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTTATTACTTGTTGCTTTATTACTGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCACTTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCACTCATCTTGTc > 2:262415/1‑141 (MQ=255) ttCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTc > 2:562467/1‑141 (MQ=255) tCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAGCTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCt < 1:841416/141‑1 (MQ=255) tCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGAGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCt < 2:818425/141‑1 (MQ=255) ggCATGCAGTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAAGTTGAGATACAGTCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATc < 2:116643/141‑1 (MQ=255) cATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGGTGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAATCTTGTCTTGATcct > 2:188651/1‑140 (MQ=255) gCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCg < 1:690334/141‑1 (MQ=255) aCTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGGTGTTTGCCAACTCT‑TCTGCTTTATTGTTGCGATTAAGTGTGTCTTGATctggctct > 2:965300/1‑134 (MQ=255) tGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTACTTTATTTTTCGCAATAAGCTTATCTTTATCCGTCGCAttt > 2:560703/1‑141 (MQ=255) gTTCAATCACGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGACACAGCCTGATTACTTGTTGCTGTATTAATGTTGTTCATGATGCTGTTTGCCCATTAT‑TATACTTCATTTTTCGACATAACCTTGTCTTGATCCATCGCCttat > 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cgcgTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCAGTCGCATTTGA‑AGCTTc > 2:639339/1‑141 (MQ=255) gTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCACTTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGAt < 2:778092/141‑1 (MQ=255) tGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGAtt < 2:440888/141‑1 (MQ=255) ggTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGAttt < 1:828950/141‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTTATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTc < 1:940191/141‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTc < 1:14028/141‑1 (MQ=255) ttGCCTGCTGTTTGAATTTGGGATATAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATTTTGTTGATGATGCTGTTTCGCTATTCT‑GCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCt < 2:567987/141‑1 (MQ=255) ttGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCt > 1:75775/1‑141 (MQ=255) ttGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCt > 1:112975/1‑141 (MQ=255) tgcttgctGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTTCTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCtt < 2:440184/141‑1 (MQ=255) ccTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCtttt < 1:308836/141‑1 (MQ=255) ccTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATCCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCCTGTCTTGATCCGTCACATTTGA‑AGCTTCTATTTCtttt > 2:389699/1‑141 (MQ=255) gctgTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCACTTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGc < 2:314432/141‑1 (MQ=255) gAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAg < 1:693981/141‑1 (MQ=255) gAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGACAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑CGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAg > 1:62980/1‑141 (MQ=255) aactctagaTACAGCCTGGTGAGTTGTTGCTGTAGTAATTTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTGATTTGTCTCAATAAGCTTGTCTGGATACGTCGCATTGGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGc < 2:320256/135‑1 (MQ=255) aaCTTGAGATACAGGCTGATTACTTGTTGCGTCATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGc < 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cTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTa < 1:32635/141‑1 (MQ=255) cTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTa < 1:548390/141‑1 (MQ=255) ttGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTG‑AAATGGTAACTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTaa < 1:484598/141‑1 (MQ=255) agaTACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTCTAATCGTCTTTAATCTTGTCTTTACCCCCCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGc < 1:489007/141‑1 (MQ=255) tcAGTCTGATTACTTGTGTTTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGa < 2:303068/140‑1 (MQ=255) cAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGAt < 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cgttgttgTTTTATGAGTGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTg < 2:986517/139‑1 (MQ=255) aCTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTACTAGATTg > 1:963196/1‑141 (MQ=255) aCTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTg > 1:174988/1‑141 (MQ=255) aCTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTg < 1:633459/141‑1 (MQ=255) ttgttgCTTTAGTAATGTTGTTGATGAAGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAAGAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGaa < 2:724559/141‑1 (MQ=255) ttgCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATATATTGTAttt > 2:185823/1‑140 (MQ=255) tgCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGc < 1:501076/141‑1 (MQ=255) tgCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGc < 1:697832/141‑1 (MQ=255) tcttggttaATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGcc < 2:352605/135‑1 (MQ=255) tattaATGTTGTTGATGATGCTGTTTGGCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑CGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGCTTAATAGTTTGACTTGCCTTGt > 1:30607/1‑141 (MQ=255) tttaATGTTGGTGATGATGCTGTTTGCCAATGTT‑TCTTCTTTATTTTTCGCAATAAGTTTGTTTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGTTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGCCTTGTc < 2:106101/140‑1 (MQ=255) attgATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATATGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGCCTTGTc < 2:177362/141‑1 (MQ=255) ttaATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGCCTTGTCt > 2:179773/1‑141 (MQ=255) taATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCAAATTCT‑TCTGTTTTATTTTTCGTAATAAGCTTGTTTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGGTTATTAGTTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGCCTTGTCtt < 2:71823/141‑1 (MQ=255) gttgttGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCACATCCCCAAATCG‑TATGTGTTTGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGCCTTGTCTTTAGc > 1:238957/1‑141 (MQ=255) ttgttgATTATGCTGTTTGGCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGCCTTGTCTTTAGCa < 1:623902/141‑1 (MQ=255) ttgttgATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTGGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGATTTGCCTTGCCtttgtct > 1:744632/1‑137 (MQ=255) ttgttgATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAACGCTTGATTAATAGATTTAATTGCCTTGTCTTTAGCa > 2:472734/1‑141 (MQ=255) ttgttgATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTCAATTGCCTTGTCTTTAGCa < 2:1011376/141‑1 (MQ=255) ttgttgATGATGATGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTATATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGCCTTGTCTTTAGCa < 2:107395/141‑1 (MQ=255) ttgATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTGTATTTTTCGCAATAAGCTAGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGCCTTGTCTTTAGCATCt < 1:232982/141‑1 (MQ=255) tgatgaTGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGCCTTGTCTTTAGCATCtt < 1:663283/141‑1 (MQ=255) gatgatGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGCCTTGTCTTTAGCATCTTg > 1:367428/1‑141 (MQ=255) gatgatGCTGTTTGCCAATTCG‑TCTGTTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTATCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGCCTTGTCTTTCGCATTTTg < 2:741227/141‑1 (MQ=255) tgCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGCCTTGTCTTTAGCATCTTGTAGTc < 1:165031/141‑1 (MQ=255) tgCTCTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTCTTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGCCTTGTCTTTAGCATCTTGTAGTc < 1:16196/141‑1 (MQ=255) gCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGCCTTGTCTTTAGCATCTTGTAGTct > 2:144745/1‑140 (MQ=255) cTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGCCTTGTCTTTAGCATCTTGTAGTCGt < 1:785158/141‑1 (MQ=255) tGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGCCTTGTCTTTAGCATCTTGTAGTCGtt < 1:715406/141‑1 (MQ=255) | AACGTCTTTATTGGCATCAATTTTTGCTTTTGGTATTTCATTGGCATGCACTTGTTCAATCGCGTGGTTGCCTGCTGTTTGAACTTGAGATACAGCCTGATTACTTGTTGCTTTATTAATGTTGTTGATGATGCTGTTTGCCAATTCT‑TCTGCTTTATTTTTCGCAATAAGCTTGTCTTGATCCGTCGCATTTGA‑AGCTTCGATTTCTTTTAGCTTATTAGCTAAAGCTTGATTAATAGATTGAATTGCCTTGTCTTTAGCATCTTGTAGTCGTT > USA300TCH1516_ALE/1473185‑1473459 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |