| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,668,532 | G→T | 9.0% | Q444K (CAA→AAA) | cshB ← | DEAD‑box ATP‑dependent RNA helicase CshB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,668,532 | 0 | G | T | 9.0% | 165.9 / 2.5 | 66 | Q444K (CAA→AAA) | cshB | DEAD‑box ATP‑dependent RNA helicase CshB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/29); new base T (5/2); total (35/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
GAGGTGCACCAGTATAAATCATAAATGTTGTTTCACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATAACCTGGTTTAACTTTGTTTTTAATTTTACTTCGAACTTTGTTCTTCACTT > USA300TCH1516_ALE/1668394‑1668672 | gAGGTGCACCAGTATAAATCATAAATGTTGTTTTACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTGTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCt < 2:143872/141‑1 (MQ=255) cACCAGTATAAATCATAAATGTTGTTTCACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCCTTGAAACATGTGATCCTAATAACATCAAACACACCTATCCTTTTTTGTTTTGCTTGCGtt > 2:332631/1‑141 (MQ=255) cACCAGTATAAATCATAAATGTTGTTTCAATATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACCTGTCATCCTAATAACATAAAACACACCTACCCTTTTTTCTTTTCTTTACGtt > 2:72244/1‑141 (MQ=255) aTCATAAATGTTGTTTCACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTAttt < 2:857409/141‑1 (MQ=255) tCATAAATGTTGTTTCACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTAtttt > 1:823549/1‑141 (MQ=255) tCATAAATGTTGTTTCACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTAtttt > 1:198921/1‑141 (MQ=255) cATAAATGTTGTTTCACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTtg < 1:132242/141‑1 (MQ=255) cATAAATGTTGTTTCACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTtg < 1:971567/141‑1 (MQ=255) ttAAATGTTGTTTCACCATTTTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAATCATGTGATCCTAATAACTTAAAACACACCTTACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTtgc < 2:409271/140‑1 (MQ=255) aaTGTTGTTTCACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTTTTTTTCTTACGTTTTTGTCTACTTtccttc > 2:802986/1‑139 (MQ=255) aTGTTGTTTCACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTgctgct > 1:105356/1‑141 (MQ=255) aTGTTGTTTCACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTgctgct > 1:422432/1‑141 (MQ=255) tgttgtTTCACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTTTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCtt < 2:907472/141‑1 (MQ=255) tgttgtTTCACCATATTCATGCGCTTCTATAGAAGAAACTTCTAGCATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAAAATCAAACACAACTAACCTTTTTTGTTTTACTTAAGTTTTTTTGTCTTTTTCTACtt > 2:716097/1‑141 (MQ=255) gttgttTCACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATACTATTAACAGAAAACACAACTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTa > 1:1018671/1‑141 (MQ=255) ttgttTCACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTAc < 1:471440/141‑1 (MQ=255) ttgttTCACCATATTCATGCGCGTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTAc < 2:342689/141‑1 (MQ=255) gttTCACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTACCATCTCTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACCTAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTa < 1:251233/141‑1 (MQ=255) tCACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAAt > 1:595392/1‑141 (MQ=255) tCACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAAt > 2:62894/1‑141 (MQ=255) cACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAAtt > 1:873948/1‑141 (MQ=255) ccATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTCCTTACTTTTTTGTCTATCTTGCTGCTTACtgtcttgt > 2:904277/1‑134 (MQ=255) cATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCt < 1:22807/141‑1 (MQ=255) tatTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCTTAATAACATAAAACACACCTACACTTTTTTGTTTTACTTACGTTTTCGTCTATTTTGCTGCTTACTAATTTTCttt > 2:828896/1‑140 (MQ=255) tatTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCttt > 1:108442/1‑140 (MQ=255) tatTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAAAATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTTTTTACGTTTTTGTATATTTTGCTTCTTACTAAATTTCTTa > 2:368129/1‑141 (MQ=255) aTGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTACTTACTAAATTGCTTACGctc > 1:663653/1‑141 (MQ=255) tataGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGttt < 2:571439/141‑1 (MQ=255) tataGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGttt > 1:614079/1‑141 (MQ=255) taGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCa < 1:324259/141‑1 (MQ=255) cAGCACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAATATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCAttt < 2:983116/141‑1 (MQ=255) aGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCAtttt < 2:126899/141‑1 (MQ=255) cTTCCAACATCTTTGTACCACCCATTCAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTTCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCaa < 2:520793/141‑1 (MQ=255) ttCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACTCACCTAATCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAAc < 2:111529/141‑1 (MQ=255) tAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAActtc < 1:947838/141‑1 (MQ=255) tCTTTTTACCACTCCTGTGCACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGtt < 1:910162/141‑1 (MQ=255) cTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAGCACACCTTTCCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTTTTGGGGTTGCACGTTTTAAACTTCTTGtgt < 2:740059/141‑3 (MQ=255) tttttACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACTCCTAACCTCATCACATAATCGTACTTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTa < 1:1018851/141‑1 (MQ=255) tttttACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTa < 1:580019/141‑1 (MQ=255) tttttACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTa < 1:859289/141‑1 (MQ=255) ttttACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTATATATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTTCACTTCTTGTTTaa > 2:62665/1‑141 (MQ=255) tttACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTaaa < 1:169019/141‑1 (MQ=255) ttACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTAACTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAAt > 1:594521/1‑141 (MQ=255) tACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCTACTTCTTGTTTAAAtt > 2:24068/1‑141 (MQ=255) cACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACTTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTTTTGACGTTTCATTTTTTTAACTTCTTGTTTACTTttct > 2:399534/1‑141 (MQ=255) cATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGATGTTTCATTTTTTCATTTTTTTGTTTATATTTcttctt > 2:456970/1‑141 (MQ=255) cATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTcttctt > 2:148522/1‑141 (MQ=255) gtgATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTTTTTTTTTTTCGTTTTTGTCTCTTTTTCTGCTTTCTTAATTGCTTACGCTCTTTACGTTTCTTTTTTTCCACTTCTTTTTTAAATTTCTTTTTATCActttttt > 2:694861/1‑135 (MQ=255) gtgATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCAGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAACTTTCTTCTTATAACCTGGtt > 1:285757/1‑141 (MQ=255) aTCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTTTTTTTCTTTCGATTTTGACTATTTTTCTGCTTACTAAATTTCTTACTTTCTTTACGTTTCTTTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATAACCTTGtttca > 2:279549/1‑139 (MQ=255) aTCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATAACCTGGTTTaa < 1:208813/141‑1 (MQ=255) ttaaCATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTTAATTTCTTCTTATAACCTGGTTTAACTTTGt < 2:573421/140‑1 (MQ=255) aCATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATAACCTGGTTTAACTTTGtttt < 1:802986/141‑1 (MQ=255) tAAAACACACCTTACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATAACCTGGTTTAACTTTGTTTTTaa < 2:637994/141‑1 (MQ=255) aaCACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATAACCTGGTTTAACTTTGTTTTTAAttt > 1:128859/1‑141 (MQ=255) acCTAACCTTTTTTTTTTTTTTTACGTTTTTATCTATTTTGCTGCTTACTAATTTTCTTATTCTCTTGACGTTTCATTTTTTTAACTTTTTGTTTAAATTTCTTTTTATTATTTTTTTTAACTTTTTTTTTtattttattt > 2:401972/1‑141 (MQ=255) cTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTTTTGTTTACCTTTCTTCTTCTAACCTGTTTTAACTttattttttattttgtttag > 2:680481/1‑135 (MQ=255) tAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATCCCCTGTTTCAACGTGGTTTTTAATTTTACTTCGa < 1:200815/141‑1 (MQ=255) aCCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATAACCTGGTTTAACTTTGTTTTTAATTTTACTTCGAAc > 1:453788/1‑141 (MQ=255) cTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTTCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATAACCTGGTTTAACTTTGTTTTTAATTTTACTTCGAACtt < 2:385483/141‑1 (MQ=255) cTTTTTTATTTTGCTGACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACGAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATAACCTGGTTTAACTTTGTTTTTAATTTTACTTCGAACtt < 2:613574/141‑1 (MQ=255) ttttttGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATAACCTGGTTTAACTTTGTTTTTAATTTTACTTGGAACttt > 1:93968/1‑141 (MQ=255) ttttttGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATAACCTGGTTTAACTTTGTTTTTAATTTTACTTCGAACttt > 1:217970/1‑141 (MQ=255) ttttttGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATAACCTGGTTTAACTTTGTTTTTAATTTTACTTCGAACttt < 1:62894/141‑1 (MQ=255) tttttGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAATTTTCTTCTTATATCCTGTTTTAACTTTTTTTTTAATTTTACTTTGatttttt > 2:79570/1‑135 (MQ=255) tttttGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATAACCTGGTTTAATTTTGTTTTTAATTTTACTTCGAACtttt > 1:190096/1‑140 (MQ=255) tttgttttgCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTGACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTTTACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATAACCTGGTTTATCTTTGTTTTTAATTTTACTTCTATCTTTGtt > 2:529677/1‑141 (MQ=255) ttgttttgCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATAACCTGGTTTAACTTTGTTTTTAATTTTACTTCGAACTTTGttc < 1:665587/141‑1 (MQ=255) ttttgCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATAACCTGGTTTAACTTTGTTTTTAATTTTACTTCGAACTTTGttcttc < 1:258801/141‑1 (MQ=255) gCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATAACCTGGTTTAACTTTGTTTTTAATTTTACTTCGAACTTTGTTCTTCACtt > 1:578496/1‑141 (MQ=255) | GAGGTGCACCAGTATAAATCATAAATGTTGTTTCACCATATTCATGCGCTTCTATAGCAGAACCTTCTAACATCTTTTTACCACTCATTGAAACATGTGATCCTAATAACATAAAACACACCTAACCTTTTTTGTTTTGCTTACGTTTTTGTCTATTTTGCTGCTTACTAAATTGCTTACGCTCTTGACGTTTCATTTTTTCAACTTCTTGTTTAAATTTCTTCTTATAACCTGGTTTAACTTTGTTTTTAATTTTACTTCGAACTTTGTTCTTCACTT > USA300TCH1516_ALE/1668394‑1668672 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |