| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 37 (0.970) | 31 (1.140) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
26/200 | 0.1 | 54.0% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
GGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAG > USA300TCH1516_ALE/512481‑512756 | tcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatccaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaa < 1:107956‑M1/2‑1 (MQ=255) acctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaggataaAAAAAg < 1:20751‑M1/6‑1 (MQ=255) aGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAAAAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAt > 2:405074/1‑141 (MQ=255) ttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTAtt > 1:144259‑M1/131‑141 (MQ=255) gTACAGATGACGAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAtt > 2:298840/1‑141 (MQ=255) gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTGACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAtt > 2:402546/1‑141 (MQ=255) cccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaacttttggttaaacaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGa < 1:351533‑M1/13‑1 (MQ=255) cccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAA‑GTTATTGAc > 1:14471‑M1/129‑141 (MQ=255) cAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATCGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTCGAATTACTAACGAACATTAATTTGAACAAGTTATTGAc > 1:253847/1‑141 (MQ=255) aacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtataacttacgttccgctagagtagaacgttgcaaggaagttttttaataaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGt > 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2:424883‑M1/41‑4 (MQ=255) tgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaat < 1:271278/141‑1 (MQ=255) tagcgtcgatggtatttgaatttacgtttcgcgaaagtaaaatgttgccaggcagttttttaataaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaat > 2:283832‑M1/100‑141 (MQ=255) gttAAGCAGTATGAAAGCATGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAAATTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt < 2:267028/141‑1 (MQ=255) cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggtagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt > 1:20449‑M1/97‑141 (MQ=255) cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt > 1:308353‑M1/97‑141 (MQ=255) cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt > 1:194344‑M1/97‑141 (MQ=255) agtcgatagtaggagaacttacgttacgatagagtagaacattgacagacagttttataataaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt > 2:259910‑M1/97‑141 (MQ=255) tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccacgcagctttttaatcaacttttggttaaaaaataaactggacaagatccAAAAAGTTATTGACTTACATGTTGATAAACTGTATAATTCATTcttt < 2:102739‑M1/47‑2 (MQ=255) cAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc > 2:283060/1‑141 (MQ=255) tttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGAAAACAAAACAAATCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTACTGAAATGTATAATGAATTCTTGTCGGt < 2:386363/141‑1 (MQ=255) ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt < 2:410868‑M1/52‑1 (MQ=255) gAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 2:318323/1‑141 (MQ=255) agtcgaacttntnttacgctagagtagaaagttgacaggcagttttttaatcnaatattggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg > 2:61121‑M1/87‑141 (MQ=255) aaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa > 2:247559/1‑141 (MQ=255) acttacataccgctagagaagaaagttgctaggcagttttttaatcaaattttagttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt > 2:20751‑M1/81‑141 (MQ=255) tGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg < 2:184158/141‑1 (MQ=255) 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2:123765‑M1/68‑141 (MQ=255) tagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaactaaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATCTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAACAAAAATGAACattgactac < 2:423342‑M1/74‑5 (MQ=255) tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATATCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATCTATAATTAATTCTTCTATGTAAGAACAAAGAACATTGAAAACt > 2:405946/1‑141 (MQ=255) agagtagaaagttgccagacagcgttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt > 1:275438‑M1/67‑141 (MQ=255) tgttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGa > 1:381040/1‑141 (MQ=255) gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAACATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTACATGTTAATAAAATGTATAATTAATTATTGTCGGTAAAAAAAATGAATATTGaaagatgat > 2:151248/1‑135 (MQ=255) 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1:366553/1‑141 (MQ=255) aaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc > 1:210583/1‑141 (MQ=255) aggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCa < 1:286106‑M1/91‑1 (MQ=255) tttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt > 1:202710‑M1/42‑141 (MQ=255) tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa < 1:405074/141‑1 (MQ=255) tcaaatattggttaaaaaataaaatagacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa > 1:297765‑M1/37‑141 (MQ=255) 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2:85771‑M1/20‑141 (MQ=255) aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAGCTCGACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt > 1:207350/1‑141 (MQ=255) aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt > 1:168516/1‑141 (MQ=255) tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc < 1:113886/141‑1 (MQ=255) aaaCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc < 1:363616/140‑1 (MQ=255) aaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa < 2:376124‑M1/125‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |