New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2085296 = | 31 (0.810) | 9 (0.260) | 9/252 | 2.5 | 22.0% | coding (173/201 nt) | hlb_1 | Phospholipase C |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2128343 | 36 (1.050) | coding (1/825 nt) | hlb_2 | Phospholipase C |
TACATCCGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAATGTGAAAAAAGAA > USA300TCH1516_ALE/2128205‑2128483 | tACATCCGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtg < 2:102750‑M2/141‑3 (MQ=255) tACATCCGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtg > 1:330258‑M2/1‑139 (MQ=255) tACATCCGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGCTTCTAtg < 2:295990‑M2/141‑3 (MQ=255) aCATCCGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGCGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATCAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgt < 1:148838‑M2/141‑4 (MQ=255) aCATCCGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGCGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGCGACCCATTAGGGACTCCACACACAATAAATACTGTTGTTACCAGATTTCTAtgt < 2:114940‑M2/141‑4 (MQ=255) aCATCCGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTATTGTTACAATGTTTCTCtgt < 1:203274‑M2/141‑4 (MQ=255) tgtATGATCAATTGTAAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaa > 2:363307‑M2/1‑131 (MQ=255) tATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaact < 1:317769‑M2/141‑13 (MQ=255) aTTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGTCa > 2:150004/1‑141 (MQ=255) ttAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGAGGGCAatcaa > 2:400811/1‑138 (MQ=255) agaagaAAAATTTAATGAAGAGGACTAAAAAAAAAATAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGTGCACATTAGGTACTCCAAACCCAATAAATACTTTTGTTACTAGTTTTCTAGCTATCCAAAATGAGGGCAATTTaaa > 2:39938/1‑141 (MQ=255) agaagaAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTCTCCAAACTGGGGGCCATCTaaa > 1:33714/1‑141 (MQ=255) agaaAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCAAAACTGGGGGCAATATAAAcgc > 2:293714/1‑141 (MQ=255) aaaaTTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCt < 1:332433/141‑1 (MQ=255) aaaTCTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTg < 1:96818/141‑1 (MQ=255) tttAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattact < 1:124801‑M2/141‑37 (MQ=255) agGACAAAAAAACAACTCACAGATGAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaa > 1:275904‑M2/1‑95 (MQ=255) acTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGAACAATCTTCTTATATTa > 2:279416/1‑141 (MQ=255) cTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTaa < 1:427757/141‑1 (MQ=255) aaTTTGAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAaat < 1:114940/141‑1 (MQ=255) gAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAatgatg < 1:308706/141‑1 (MQ=255) gAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAatgatg < 1:440275/141‑1 (MQ=255) aaGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtaaaacagcataatatcaaggttt > 2:254433‑M2/1‑67 (MQ=255) gTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGt < 1:114971/141‑1 (MQ=255) tAATTTAGGGACTCTCTTGGGACGCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAatat < 1:165121/141‑1 (MQ=255) aactgtAGGGGCCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTGACAAGGTTTCTATGAAACCATAATGCTGAATTTATAATCGCGATGATTGAACTGTACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAatat < 1:325147/136‑1 (MQ=255) ggACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATCATTTGTTCTTAATATttaattaa > 1:109111/1‑141 (MQ=255) aCCCATTAGGTACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtaaaacagcataatatcaaggtttataactttatcattatc > 2:128857‑M2/1‑50 (MQ=255) ccATTAGGGACTCCAAACCTCATAAATAGTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatcaaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtaaaacagcataatctcaaggtttataactttatcattatcaa > 2:176046‑M2/1‑48 (MQ=255) caaTTAGGGACTTTAAACTCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGTACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCAt < 2:87374/139‑1 (MQ=255) aGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACACTCTTCTTATATTAAAAATAATGATAGCGTCATATTCACTGACGCATTTGAt > 2:371617/1‑141 (MQ=255) gggACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATa > 1:201427/1‑141 (MQ=255) gACTCTAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAAt < 2:257352/141‑1 (MQ=255) cTCCAAACCCAATAAACACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGAGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTACCTTCACTATAGTCTTGTTGTTATATTCAATGAAGCATTTGATAATgg < 1:346858/141‑1 (MQ=255) tCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTACTTCCGTGCAGCTGTGGTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGt > 1:437611/1‑141 (MQ=255) aaaCCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATAGTTCa > 2:85938/1‑141 (MQ=255) aaCCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCAt > 2:79310/1‑141 (MQ=255) 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1:207666‑M2/141‑117 (MQ=255) ataCTGTTGTTACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtaaaacagcataatatcaaggtttataactttatcattatcaataatacctcatataaaataaaattt < 1:61778‑M2/141‑119 (MQ=255) ttACAAGGTTTCTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtaaaacagcataatatcaaggtttataactttatcattatcaataatacctcatataaaataaaattttagggactt > 2:124801‑M2/1‑14 (MQ=255) aaGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAAtgtg < 1:255664/141‑1 (MQ=255) aaGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAAtgtg < 1:257785/141‑1 (MQ=255) ggTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAATGTGaa < 1:400811/141‑1 (MQ=255) ttatATGTATCCAAAGTGGGTGAAATATAAACACGCTGATTTAATCGTACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAATGTGaaaaa < 2:78257/138‑1 (MQ=255) ttCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTCTATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACACATTATTAAGTAATGTGaaaga > 1:105659/1‑139 (MQ=255) ttCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATATTCTTATATTAAAAATAATGATAACGTAGTAGTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAACTTATTAAGTAATATGaaaaa > 2:266847/1‑141 (MQ=255) cTAtgtatccaaactggagacttttaacataaaattacttatcattcaaaaagtaaaacagcataatatcaaggtttataactttatcattatcaataatacctcatataaaataaaattttagggactttttagggactt < 1:163975‑M2/141‑139 (MQ=255) aTGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAATGTGAAAAAAGaa > 2:282452/1‑141 (MQ=255) | TACATCCGTGTATTCTCATTTGTTAGAAGAAAAATTTAATGAAGAGGACAAAAAAACAACTAAAATTTTAGAAAGTATGTAATTTAGGGACCCATTAGGGACTCCAAACCCAATAAATACTGTTGTTACAAGGTTTCTATGTATCCAAACTGGGGGCAATATAAACGCGCTGATTTAATCGGACAATCTTCTTATATTAAAAATAATGATGTCGTAATATTCAATGAAGCATTTGATAATGGTGCATCAGACAAATTATTAAGTAATGTGAAAAAAGAA > USA300TCH1516_ALE/2128205‑2128483 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |