| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | A→T | 100% | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 ← | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | 0 | A | T | 100.0% | 95.0 / NA | 29 | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (15/14); total (15/14) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGC > USA300TCH1516_ALE/1416325‑1416585 | aaCTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTg > 1:83005/1‑141 (MQ=255) tCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAAATAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACa < 1:95491/141‑1 (MQ=255) cAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCAACCGCTGAAGT‑AGTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACaa > 1:418865/1‑141 (MQ=255) aaTCATAGTAATCCCTCTTTAATTGGGTTCTATATTTAATTAGACGTTCGGTATCGGGAGGCAAATGCTCATACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAat < 1:399627/141‑1 (MQ=255) tCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGCTGCACGAGCGTCTACT‑TTAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAatat < 1:309770/141‑1 (MQ=255) cATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATAtt < 2:81029/141‑1 (MQ=255) gTAATCCCTCTTTAATTGTTTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCaa < 1:263680/141‑1 (MQ=255) gTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCaa > 1:196134/1‑141 (MQ=255) ccTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAta > 2:214551/1‑140 (MQ=255) ccTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATg < 1:364256/141‑1 (MQ=255) aTTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGt < 2:119481/141‑1 (MQ=255) tCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTGTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAtgtgt < 2:389662/141‑1 (MQ=255) tAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGAtaataa > 1:192225/1‑141 (MQ=255) aTTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATTACTTAAGTTATGTGTGATaataaat > 2:370745/1‑141 (MQ=255) cGTTCAGTATACGGATGTAAATGCTCATACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTAATGTGTGATAATAAATAATAtt > 2:388879/1‑141 (MQ=255) cGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTTACAATATTTCAATAAATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGtt > 1:6503/1‑141 (MQ=255) aGTATACGGATGCAAATGCTCATACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGAcc < 2:246955/141‑1 (MQ=255) tataCGGATGCAAATGCTCATACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCAt < 2:113496/141‑1 (MQ=255) gCAAATGCTCATACT‑TGCTATTATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATa > 2:154058/1‑141 (MQ=255) tACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGt > 1:81706/1‑141 (MQ=255) t‑tGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGtaat > 1:410737/1‑141 (MQ=255) tatTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACtt < 2:149281/141‑1 (MQ=255) atTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTg > 1:75627/1‑141 (MQ=255) ttACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGGGATAATAACCATGGCGAGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGa < 2:192225/141‑1 (MQ=255) aCCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGAtt > 1:66526/1‑141 (MQ=255) ttCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTACGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATAAAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCgct > 2:31031/1‑139 (MQ=255) aTGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCaaa > 1:198043/1‑141 (MQ=255) ttttAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGc < 1:88972/141‑1 (MQ=255) ttttAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGc < 2:66526/141‑1 (MQ=255) | AACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACT‑TGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGC > USA300TCH1516_ALE/1416325‑1416585 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |