| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,744,428 | T→C | 16.5% | K82E (AAA→GAA) | apt ← | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,744,428 | 0 | T | C | 16.5% | 95.9 / 13.0 | 48 | K82E (AAA→GAA) | apt | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/16); new base C (6/2); total (30/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.41e-01 | |||||||||||
TTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGT > USA300TCH1516_ALE/1744288‑1744563 | ttCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAttt < 1:139159/141‑1 (MQ=255) aTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCct > 2:165982/1‑141 (MQ=255) acctccAGTACCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACTTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGTTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCttt < 2:358661/141‑1 (MQ=255) ccaccaGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCtttt < 1:171755/141‑1 (MQ=255) ccaGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTa > 1:402665/1‑141 (MQ=255) cTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTg > 1:126303/1‑141 (MQ=255) cTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCACTAAACCGACA‑TTG‑CCCCCATCCCAGCGCAGACGCTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTATTCTACCAGATg > 2:301548/1‑141 (MQ=255) cTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATcc < 2:171885/141‑1 (MQ=255) cTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTATAACAGGTGCTAAGCCAATcc > 1:354602/1‑141 (MQ=255) cTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATcc > 1:228883/1‑141 (MQ=255) acGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCTAAGCCAATCCCCATTGAATAAGc < 2:402665/141‑1 (MQ=255) gTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACAAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCCAAGCCAATCCCCCTTCAAAAATCtc > 2:38225/1‑140 (MQ=255) gACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCTAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAg > 2:160951/1‑141 (MQ=255) ccTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTGATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGa < 1:244817/141‑1 (MQ=255) ttGGTGTAATTGCATCGTTGTGGATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCTAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGAc < 2:114456/140‑1 (MQ=255) ggTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCTAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAg < 2:15882/141‑1 (MQ=255) tAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACATGACAGccca > 1:392332/1‑139 (MQ=255) aTTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAAGGTCATACGGCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCTAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATg < 1:199019/141‑1 (MQ=255) aTTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCTAAGCCAATCCCCATTGAATTAGCTACAGGACAGCCAATg > 1:233695/1‑141 (MQ=255) aTTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAAACTATCAAACCTATGCGAGGTCATA‑‑CTTATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCACCTTCTTTTCTAACACATTCAAAGCCAAACACCATTAAATAATCTACAGTACAGACaaaa > 2:92179/1‑139 (MQ=255) ttGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCTAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGa > 1:106707/1‑141 (MQ=255) ttGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGa > 1:203517/1‑141 (MQ=255) cATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATCATaa > 2:204245/1‑141 (MQ=255) cATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATaa > 1:184581/1‑141 (MQ=255) tCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGCTGCTAAGCAAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAACGATaaaa > 2:317883/1‑140 (MQ=255) gtgCATTGGTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAAGGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCAcg < 2:411987/141‑1 (MQ=255) tgCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCAcgc < 1:236876/141‑1 (MQ=255) ttcttAAAACATTTGTAACATATTCTAGGTCATC‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTACTTTCTCTTCTTTCCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATACGCTGCGGCACATCCAATGATAAAGCCACGCGCtt < 2:321808/138‑1 (MQ=255) aCATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCTAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCt > 1:354982/1‑141 (MQ=255) aCATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCATGCGCTTCAGGTCCt > 2:383061/1‑141 (MQ=255) cATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCTAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCACGTCCtc > 1:343927/1‑140 (MQ=255) aTTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTAc < 1:165982/141‑1 (MQ=255) ttGTACCATGTTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCTAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACaa < 2:355746/141‑1 (MQ=255) gTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAAGTCCTACAACg > 1:102692/1‑141 (MQ=255) ccATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAACCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCCCCTCAGGTCCTACCACGcta > 2:314545/1‑141 (MQ=255) gTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGTTCCTACAACGATATCAACATctct > 2:25126/1‑141 (MQ=255) tCATA‑‑CTCATAACGAGTGACTTCACGCGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACGGGTGCTAAGCCAATCCCCTTTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTg < 1:166933/141‑1 (MQ=255) cATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCTAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGt > 1:408337/1‑141 (MQ=255) tCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACCATATCAACATCCCTGTCtttt > 2:337259/1‑141 (MQ=255) cATAACGAATGACTTCACGCGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCtgttt > 1:417548/1‑140 (MQ=255) aTGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACCGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAAGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTACGTATTCt > 2:55499/1‑141 (MQ=255) aTGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCt < 1:21604/141‑1 (MQ=255) aTGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTATTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCt > 1:229502/1‑141 (MQ=255) tGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCCTTTGCGTATTCTa > 1:74056/1‑141 (MQ=255) aCTTCACGAGGTGATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACa > 1:154813/1‑141 (MQ=255) ttCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAAt < 1:381501/141‑1 (MQ=255) ggTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCt > 1:65142/1‑141 (MQ=255) tAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGt < 2:126303/141‑1 (MQ=255) tAATCTACCTTGTTTTCTAACGAGTGCAATGGTAATCCCCTGTTATTAAGCTACAGGACAGCTAATTATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGt < 2:6529/141‑1 (MQ=255) | TTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATA‑‑CTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCACGCGCTTCAGGTCCTACAACGATATCAACATCTCTGTCTTTTGCGTATTCTACAATTTTATCTGT > USA300TCH1516_ALE/1744288‑1744563 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |