Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 512,643 A→G 16.6% intergenic (+711/‑6052) recR → / → speA_2 Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE512,6430AG16.6% 108.8 / 13.3 49intergenic (+711/‑6052)recR/speA_2Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (22/18);  new base G (5/3);  total (28/21)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01

ATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCAT  >  USA300TCH1516_ALE/512510‑512781
                                                                                                                                     |                                                                                                                                          
aTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt                                                                                                                                     >  2:116702/1‑141 (MQ=255)
  ttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGt                                                                                                                                   >  2:98651/1‑141 (MQ=255)
  ttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGt                                                                                                                                   >  1:149087/1‑141 (MQ=255)
       ttgttgtTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGACAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaat                                                                                                                              <  2:342584/140‑1 (MQ=255)
       cTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATTTAtaat                                                                                                                              >  1:338244/1‑141 (MQ=255)
          ttgtaAAGGAGATTGAAAGCATGTATAGTATTTAGTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                                                                           <  2:133036/141‑1 (MQ=255)
                      ttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTCAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                                               >  2:322959/1‑141 (MQ=255)
                          aaGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaa                                                                                                           >  1:164750/1‑141 (MQ=255)
                                    aGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAt                                                                                                 >  1:12366/1‑141 (MQ=255)
                                         ttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaa                                                                                            <  2:408009/141‑1 (MQ=255)
                                            tttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACt                                                                                         >  1:255202/1‑141 (MQ=255)
                                               gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACAGGGAAAACTGaa                                                                                      >  1:56203/1‑141 (MQ=255)
                                                 tgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg                                                                                    <  2:100424/141‑1 (MQ=255)
                                                     gCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAATAGTTATTCACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa                                                                                >  2:172415/1‑141 (MQ=255)
                                                     gCAAAAAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACaa                                                                                <  2:210095/141‑1 (MQ=255)
                                                       aaacaaaacaACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAata                                                                              >  1:381072/1‑141 (MQ=255)
                                                        aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAataa                                                                             >  2:333967/1‑140 (MQ=255)
                                                        aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTATTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                                             >  2:159138/1‑141 (MQ=255)
                                                              acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGTTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATATCAAc                                                                       >  2:214112/1‑141 (MQ=255)
                                                                    caactTAAGAAATAACTTGAATTAATAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                                                 <  2:13023/141‑1 (MQ=255)
                                                                       ctTAAGAAATAACTTGAATTAATAACGAAAATTAACTTATACTAATGTGGGACTTCACTGCCTACAAAAATAAAAATTAATTCTTGTCGGTAAGAGAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                                              >  1:100060/1‑141 (MQ=12)
                                                                         tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAACGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAACACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa                                                            <  2:372161/141‑1 (MQ=255)
                                                                          aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAGATTGAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaa                                                           <  1:98651/141‑1 (MQ=255)
                                                                                   cTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                                                  <  1:134859/141‑1 (MQ=255)
                                                                                     tGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACta                                                >  2:94822/1‑141 (MQ=255)
                                                                                      gAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtat                                               >  1:71207/1‑141 (MQ=255)
                                                                                       aaTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata                                              <  1:121152/141‑1 (MQ=255)
                                                                                       aaTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTCAAATAAATTTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata                                              <  1:287822/141‑1 (MQ=255)
                                                                                             tAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAc                                        >  1:148574/1‑141 (MQ=255)
                                                                                              aaCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGCAACATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACa                                       <  1:140894/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                        aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt                             <  2:381072/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                         gataaaaaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa                            >  1:167235/6‑141 (MQ=255)
                                                                                                         aataaaaaaaGTTATTGACTTAAATGGTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa                            <  2:237775/136‑1 (MQ=255)
                                                                                                          ttttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACATAATTATAGGTTACAAACAGTAATTAg                           >  2:1246/1‑141 (MQ=25)
                                                                                                          ttttAAAAAGTTATTGACGTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg                           <  2:257955/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                          ataaaaaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATAAATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg                           >  2:92377/5‑141 (MQ=21)
                                                                                                           tttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt                          <  1:65776/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                           tttAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt                          >  1:108669/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                           tttAAAAAGTTATTGACTAAAATGTTAATAAGATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGACAAATGAAAATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAATGCAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt                          <  2:321910/141‑1 (MQ=21)
                                                                                                           aaaaaaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGt                          <  2:248843/138‑1 (MQ=255)
                                                                                                                 aaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACAGGATTTAGTATTTAt                    <  2:154372/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACTTTAATTCTAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATg                   >  2:148715/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                  aGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATg                   >  1:317717/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                  aGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACATAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTatatata                   >  2:246525/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                   gTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATAACAATATGTCAACATTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACAATATTTAGTATTCATGa                  >  2:126070/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                    ttATTGACTGAAATGTTAATAAAATGTATAATTAAGTGTTGTCGGTAGGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg                 <  2:117982/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                       ttGACTTACATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTa              >  1:224231/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                  gTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATAATTTAGTATATATGAGCTAATCAAAcatca   >  1:160984/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                   ttAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatcat  <  2:255202/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                     |                                                                                                                                          
ATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCAT  >  USA300TCH1516_ALE/512510‑512781

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑