| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | USA300TCH1516_ALE | 62,817 | +TCAATT | 100% | intergenic (‑284/+229) | USA300TCH1516_00053 ← / ← speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 62817 | 0 (0.000) | 24 (1.070) +TCAATT |
23/246 | NT | 100% | intergenic (‑284/+229) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 62818 = | 0 (0.000) | intergenic (‑285/+228) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase | |||||
AATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTATTCCT > USA300TCH1516_ALE/62681‑62953 | aaaaaaattattAAAATAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaa < 2:159547‑M1/136‑5 (MQ=255) aaTTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttat > 2:241766‑M1/1‑132 (MQ=255) acGCAAAGAAGGCTTACTCCTTAAAAGGTTTGTGTAATTCTGAGAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaatt < 2:103518‑M1/141‑23 (MQ=255) ctacAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattc < 1:183528‑M1/141‑39 (MQ=255) tacAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattct > 1:196600‑M1/1‑102 (MQ=255) cAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctga < 2:143404‑M1/141‑42 (MQ=255) tggaattcTGATAACGTCCTATTAGGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcatta < 1:270891‑M1/138‑55 (MQ=255) tAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatagaagctggatcctgctcgacagtcattaataattgtttg < 1:114192‑M1/141‑66 (MQ=255) cGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattattaattgtttgaaa > 2:228680‑M1/1‑73 (MQ=255) cTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTAAAGAATACTCtcaatttattcttgttgaaattaatataagcttcattctaaaagaaaatcattaataattgtatgcaaatcg > 2:49180‑M1/1‑69 (MQ=255) tattatGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgt < 1:226861‑M1/141‑74 (MQ=255) ttatGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTTAGAGCATCTCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgtta < 2:198263‑M1/141‑76 (MQ=255) tatGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttat > 1:269663‑M1/1‑65 (MQ=255) ttAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaag < 2:172054‑M1/141‑81 (MQ=255) ttGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaattacc > 2:7095‑M1/1‑57 (MQ=255) tGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccg < 1:241766‑M1/141‑86 (MQ=255) aTAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGGGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgtt < 2:171653‑M1/141‑91 (MQ=255) aatTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttattttggttgagattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaattgttgttaagtacagtttttacagcgtcatcat > 1:61107‑M1/1‑38 (MQ=255) gggagcgTCCTTTACAGGAAAGTGAAGGAGGGTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcat < 1:287343‑M1/139‑108 (MQ=255) agCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaa > 2:246179‑M1/1‑31 (MQ=255) tCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaaatcc > 1:207326‑M1/1‑27 (MQ=255) ttAGCGCAAAGTGAAGTATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatagaagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaaatcctcgt < 1:55117‑M1/141‑119 (MQ=255) gCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatcgatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaaatcctcgtagatt < 2:241616‑M1/141‑124 (MQ=255) gCAAAGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaaatcctcgtagatt < 1:256771‑M1/141‑124 (MQ=255) aaGTGAAGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattccgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgatacaacctcatcattcataaaatcctcgtagatttta > 1:69344‑M1/1‑15 (MQ=255) aaGGATGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaaatcctcgtatattttatcaag > 2:293600‑M1/1‑10 (MQ=255) tGCTCtcaatttatttttgttgaaattaatataagcttcattctgatagatagtcattaataattgtttgcaaatcgttattaagtaccgttgttacagcgtcatcattcataaaatcctcgtagattttatcaagaattt > 1:177774‑M1/1‑5 (MQ=255) | AATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAGAATTTATTCCT > USA300TCH1516_ALE/62681‑62953 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |