| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | A→T | 100% | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 ← | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | 0 | A | T | 100.0% | 67.8 / NA | 24 | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (11/13); total (11/13) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAAT‑GCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAAT‑AAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGAT > USA300TCH1516_ALE/1416333‑1416583 | cATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAAT‑GCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATAtt < 2:234446/141‑1 (MQ=255)cATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAAT‑GCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATAtt < 2:148642/141‑1 (MQ=255) tAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAAT‑GCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTc < 1:29028/141‑1 (MQ=255) aaTCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAAT‑GCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATa > 2:155972/1‑141 (MQ=255) tCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAACCCAACGGTCAGTGT‑CTGGTGCATGTGGCATATACTTGAAATGCTTAATCTTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACa < 1:291096/141‑1 (MQ=255) ctTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAAT‑GCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACt > 2:113364/1‑141 (MQ=255) atatTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAAT‑GCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATCTGTCat > 2:52647/1‑141 (MQ=255) aTTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAAT‑GCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATaat‑acat > 1:275254/1‑141 (MQ=255) aCGTTCAGTATACGGATGCAAAT‑GCTCATACTTAAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTAGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTACGTTATGTATAAAAAT‑AAATAATGt > 2:97744/1‑141 (MQ=255) tataTGGTTGTAAAT‑GTTGATACTTTAAATGATTAATATTAGCTCGTTCAATGATTTGACGTTCTTGTAGAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAAT‑AAATAATGTTTGACCAt < 2:223034/141‑1 (MQ=255) tgcGGCTGCAAAT‑GGTTATACGTGAAATTATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTGTTTGAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAAT‑AAATAATGTTTGACCATGt < 2:104601/139‑1 (MQ=255) gCAAAT‑GCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAAT‑AAATAATGTTTGACCATGTTCTAATa < 1:113364/141‑1 (MQ=255) aaT‑GCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAAT‑ACATCAAACTTCACCATGTTCTAATACaa > 2:253884/1‑141 (MQ=255) tCAGACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATTATTTGACCTTCTCTTAAAAGATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAAT‑AAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGc < 2:172364/141‑1 (MQ=255) tACTTTAAATGATGAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAAT‑AAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGt < 1:124034/141‑1 (MQ=255) aaTGATTAAGAGTACCTCGGTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTACGTTATGTGTGATAAT‑AAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAAt < 1:225903/141‑1 (MQ=255) ccTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAAT‑AAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATAAATTGAtaa > 2:251140/1‑139 (MQ=255) cAATGATTTGACCGTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAAT‑AAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCa < 1:18748/141‑1 (MQ=255) aaTGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTCCTGCCAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTTTGATAAT‑AGATAATGTTTGACCATGTTGTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCaa > 2:13746/1‑141 (MQ=255) aTGATTTGACCTTCTTTTACAACCTAATTGTACTGACAATATTTCAATACAGAGCTTAAGTTATGTGTGAGAAT‑AAATAATATTAGACAATCTTCTAATACAATAATCTTGAAATAATCAATAATTTAATTACCGtctaca > 2:84427/1‑136 (MQ=255) gATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAAT‑AAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTACTAGATCCAGCACTTGATTACCGTTCAAAGc > 2:47017/1‑141 (MQ=255) tttGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACCATATTTCAAGAGATGAGTGAAATAAT‑AATGTTGGTGATGTAATGTTTGGCCGTGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCAt < 1:292316/141‑1 (MQ=255) aCCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAAT‑AAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCaa > 1:260661/1‑141 (MQ=255) tcttTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAAT‑AAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAatgat < 1:155972/141‑1 (MQ=255) | CATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAAT‑GCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATGTGTGATAAT‑AAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGAT > USA300TCH1516_ALE/1416333‑1416583 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |