| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | G→C | 100% | A155G (GCA→GGA) | ypdF ← | Aminopeptidase YpdF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | 0 | G | C | 100.0% | 58.9 / ‑6.5 | 23 | A155G (GCA→GGA) | ypdF | Aminopeptidase YpdF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (9/13); minor base A (0/1); total (9/14) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACG > USA300TCH1516_ALE/1646052‑1646325 | ttttATTACTTGCAACATCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCtt < 1:114603/141‑1 (MQ=255) tcgCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAg < 1:119379/139‑1 (MQ=255) tGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGt < 1:242331/141‑1 (MQ=255) gCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGtt > 1:127044/1‑141 (MQ=255) gCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGtt > 1:75064/1‑141 (MQ=255) aaCACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTCTAGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTaa < 2:132918/141‑1 (MQ=255) tgtgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTACACCTATTACAATCATTTTGCAAT‑TAATGATATCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATTCCCCCTTTTTCAACAGTTAAAatatat > 2:209855/1‑141 (MQ=255) ctATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtcatca < 2:90593/141‑1 (MQ=255) aGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATAAATTCATATGTTTCATCAACAATAtt > 2:236699/1‑141 (MQ=255) aTGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCCACAATATTAg > 1:150421/1‑141 (MQ=255) cTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgctg < 1:288473/141‑1 (MQ=255) aaTCGTATCGAATGATGGTCCATCTGATCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATACCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTATATGCttt > 2:44437/1‑141 (MQ=255) aaTAGTATCGAGTGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCATTTAAAATTTTTTCTATCATTGTTAAATATGTTACACTTAAAATATATTCATATGTTTCAGCAACAATATTAGCTGCttt < 2:210220/141‑1 (MQ=255) aTCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTGCTAATTCTACCAAATAGAATTACCTG‑TTTTCCTTTAATTCTTTTACACTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 1:137601/141‑1 (MQ=255) aTCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 1:168796/141‑1 (MQ=255) atgatgGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACACTTAAAATATATTCATATGTTTCCTCAACAATCTTAGATCCTTTTTGAATTcaat > 2:55789/1‑140 (MQ=255) gatgGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCa < 2:187137/141‑1 (MQ=255) gTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAttt > 2:39594/1‑141 (MQ=255) gCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGtctc < 1:18515/141‑1 (MQ=255) gCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGtctc < 1:162817/141‑1 (MQ=255) gCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTa > 1:69910/1‑141 (MQ=255) aaTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATg < 1:280701/141‑1 (MQ=255) gCCTCCTTTTACAACAGGTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACg < 2:206835/141‑1 (MQ=255) | TTTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACG > USA300TCH1516_ALE/1646052‑1646325 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |