New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_012417 | = 2949 | 895 (0.920) | intergenic (‑275/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 992 total aligned reads displayed.
ATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT > NC_012417/2797‑3077 | atttttaattttGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAAc > 1:131756/1‑141 (MQ=255) tttttaattttGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTCGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACg > 1:70306/1‑141 (MQ=255) tttaattttGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAg < 1:244008/141‑1 (MQ=255) taattttGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAgtg < 1:194497/141‑1 (MQ=255) attttGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGtgtg > 1:316838/1‑141 (MQ=255) ttttGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGa < 2:394064/141‑1 (MQ=255) ttttGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGa < 1:94544/141‑1 (MQ=255) ttttGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGa < 1:18342/141‑1 (MQ=255) ttGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGAAc < 2:38812/141‑1 (MQ=255) tGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGAACg < 1:285920/141‑1 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1:118094/141‑1 (MQ=255) agGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGaaaa > 2:353107/1‑141 (MQ=255) agGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGaaaa < 2:216669/141‑1 (MQ=255) agGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGaaaa > 1:320738/1‑141 (MQ=255) ggAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAAt > 1:372197/1‑141 (MQ=255) aaTAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAAttt > 2:256611/1‑141 (MQ=255) aTAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTg < 2:204509/141‑1 (MQ=255) tAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGa > 1:189781/1‑141 (MQ=255) aGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGAc > 1:149166/1‑141 (MQ=255) gttTTTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATaa < 1:395449/141‑1 (MQ=255) ttGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAAc < 1:42346/141‑1 (MQ=255) ttGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAAc < 2:102654/141‑1 (MQ=255) tGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAAcc > 2:268120/1‑141 (MQ=255) gAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATCACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAAccc < 1:294473/141‑1 (MQ=255) gAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAAccc < 1:230588/141‑1 (MQ=255) gAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAAccc < 2:326512/141‑1 (MQ=255) aaaCGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAAcccc < 1:326988/141‑1 (MQ=255) | ATTTTTAATTTTGTTAATTCGATTTTATTTGATAATCCTTTTGACTTTTTAGAAAGTTTTATTTATTCATTGGTTTTCACATTAATTTATTTAGGTTTAGAGGGTCATAAAAAGAAGAAGGAATAGGTTGTTTTTTGAAACGAGTGTGAACGAGTTTCTTCTTGTCTTGATACTATATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACAATAAAAAACCCCAGT > NC_012417/2797‑3077 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |