| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 465,678 | A→G | 6.0% | intergenic (+62/‑318) | lpl2_3 → / → lpl2_4 | putative lipoprotein/putative lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 465,678 | 0 | A | G | 6.0% | 195.4 / 2.4 | 67 | intergenic (+62/‑318) | lpl2_3/lpl2_4 | putative lipoprotein/putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/32); new base G (2/2); total (32/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 | |||||||||||
AAAGAAATATCCAGTGAAATTGGTGAATAATAGGATAGTTTTGATAAAAGATGTTAAAGACAAAAAGTTAAAAAAATGAAATAGAGTCGTTTGAATTATTTTCACAATATGGAAACTTTAATCATTTTGATCGGAATGAGATTACTAATATTTCATATAATCCTAATGCTCCCAATTACTCTGCAGAATATAAAATGAAGAAAAATGACAGAAACATTCAACAGTTGAAAAAGAGATTTAATCTAAAAACTAGCAAGACACCAAAATTATTGTTTAAGGGA > USA300TCH1516_ALE/465538‑465818 | aaaGAAATATCAACAGAAATGAGAGAATAATAGGATAGTTTTGATAAAAGATGTTAAAGACAAAAAGTTAAAAAAATGAAATAGAGTCGTTTGAATTATTTTCACAATATGGAAACTTTAATCATTTTGATCGGAATgaga < 2:638228/141‑1 (MQ=255) aaaTATCCAGTGAAATTGGTGAATAATAGGATAGTTTTGATAAAAGATGTTAAAGACAAAAAGTTAAAAAAATGAAATAGAGTCGTTTGAATTATTTTCACAATATGGAAACTTTAATCATTTTGATCGGAATGAGATTAc < 1:382399/141‑1 (MQ=255) tatCCAGTGAAATTGGTGAATAATAGGATAGTTTTGATAAAAGATGTTAAACACAAAAAGTTAAAAAAATGAAATAGAGTCTTTTGAATTATTTTCACAATATGGAAACTATACACATTATAATCGGAATGACATTACTaa > 2:179732/1‑141 (MQ=255) ccAGTGAAATTGGTGAATAATAGGATAGTTTTGATAAAAGATGTTAAAGACAAAAAGTTAAAAAAATGAAATAGAGTCGTTTGAATTATTTTCACAATATGGAAACTTTAATCATTTTGATCGGAATGAGATTACTAatat > 1:741672/1‑141 (MQ=255) 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1:545459/141‑1 (MQ=255) aTCGGAATGAGATTACTAATATTTCATATAATCCTAATGCTCCCAATTACTCTGCAGAATATAAAATGAAGAAAAATGACAGAAACATTCAACAGTTGAAAAAGAGATTTAATCTAAAAACTAGCAAGACACCAAAattat < 1:509079/141‑1 (MQ=255) agaTTACTAATATTTCATATCATTGCAGCAGTGCCAATTACTCTGCAGAATATAAAATGAAGAAAAATGACAGAAACATTCAACAGGGGAAAAAGAGATTTAATCTAAAAACTAGCAAGACACCAAAATTATTGTTTAAgg > 2:478036/1‑141 (MQ=255) aTTACTAATATTTAATATAATCCTAATGATCCCAATTAATCTGCAGAATATAAAATGAAGAAAAATGACAGAAACATTCAACAGTTGAAAAAGAGATTTAATCTAAAAACTAGCAAGACACCAAAATTATTGTTTAAGGGa < 2:353331/141‑1 (MQ=255) | AAAGAAATATCCAGTGAAATTGGTGAATAATAGGATAGTTTTGATAAAAGATGTTAAAGACAAAAAGTTAAAAAAATGAAATAGAGTCGTTTGAATTATTTTCACAATATGGAAACTTTAATCATTTTGATCGGAATGAGATTACTAATATTTCATATAATCCTAATGCTCCCAATTACTCTGCAGAATATAAAATGAAGAAAAATGACAGAAACATTCAACAGTTGAAAAAGAGATTTAATCTAAAAACTAGCAAGACACCAAAATTATTGTTTAAGGGA > USA300TCH1516_ALE/465538‑465818 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |