| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,373,525 | G→T | A84E (GCA→GAA) | pbuG ← | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,373,525 | 0 | G | T | 94.7% | 55.1 / ‑5.8 | 19 | A84E (GCA→GAA) | pbuG | Guanine/hypoxanthine permease PbuG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (10/8); total (11/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
CTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTT > USA300TCH1516_ALE/2373393‑2373659 | cTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTTCTAACGCa > 1:29494/1‑141 (MQ=255) tAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCAGGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTTCTAACGCAATTGGATATTTAGCTAt < 1:82516/141‑1 (MQ=255) tAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAACAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTTCTAACGCAATTGGATATTTAGCTAt < 2:15299/141‑1 (MQ=255) atatCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTTCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTa > 1:1554/1‑141 (MQ=255) aaaGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCTAt > 1:169979/1‑141 (MQ=255) atatACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTTCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATa < 2:129175/141‑1 (MQ=255) atatACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTTCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATa < 2:25906/141‑1 (MQ=255) tataCCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTTCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAg < 1:33110/141‑1 (MQ=255) aaCTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTTCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGc < 1:182440/141‑1 (MQ=255) ttGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTTCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTAc > 2:167551/1‑141 (MQ=255) ccATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTTCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCtt > 2:219418/1‑141 (MQ=255) cacaACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTTCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCAtttt < 1:77500/141‑1 (MQ=255) aTGCATTTAATCCCATACCTGGTTCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCtt > 1:6765/1‑141 (MQ=255) aTGCATTTAATCCCATACCTGGTTCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCtt > 2:71324/1‑141 (MQ=255) aTTTAATCCCATACCTGGTTCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAac > 1:16816/1‑141 (MQ=255) aTTTAATCCCATACCTGGTTCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAac > 1:87709/1‑141 (MQ=255) aTCCCATACCTGGTTCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTg < 2:169979/141‑1 (MQ=255) ccATACCTGGTTCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTa > 2:50977/1‑141 (MQ=255) ccTGGTTCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACtt > 1:147719/1‑141 (MQ=255) | CTAAACCCTGTGACGGTTAATATCGCAAAGAATATACCTGAGAATAAAACGCCTGTTAAACCAACTTGCCAAGGAATACCCATGGTTAACACAACAGTAAATGCAAAGAATGCATTTAATCCCATACCTGGTGCTAACGCAATTGGATATTTAGCTATTAGCCCCATGAATAGCGAGCCTACAAATGCTGCTAATGCAGTCGCTACAAAAATGGCACCTTGGTCCATTTTCATATCTTCTGATACGCCTTTAACACCTGCTAAACTT > USA300TCH1516_ALE/2373393‑2373659 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |