| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 96,901:1 | +G | 8.0% | intergenic (+1417/+62) | gloB → / ← USA300HOU_0095 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 96,901 | 1 | . | G | 8.0% | 700.0 / 55.7 | 162 | intergenic (+1417/+62) | gloB/USA300HOU_0095 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (83/66); new base G (5/8); total (88/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.07e-01 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
ATGACGTGTCAGTGTTGTGTTTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCATTTCTTGCCAG > CP000730/96761‑97041 | aTGACGTGTCAGTGTTGTGTTTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGat < 1:546701/141‑1 (MQ=255)aTGACGTGTCAGTGTTGTGTTTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGat < 2:836458/141‑1 (MQ=255) tGACGTGTCAGTGTTGTGTTTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGat‑a > 1:136802/1‑141 (MQ=255) gACGTGTCAGTGTTGTGTTTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGat‑at > 1:300933/1‑141 (MQ=255) gACGTGTCAGTGTTGTGTTTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGat‑at < 1:153581/141‑1 (MQ=255) cAGTGTTGTGTTTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTaa > 1:1161405/1‑141 (MQ=255) gtgttgtgttTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAAtt < 1:1438088/141‑1 (MQ=255) gttgtgttTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑Ga < 2:1260009/141‑1 (MQ=255) gttgtgttTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑Ga > 1:1110555/1‑141 (MQ=255) tgtgttTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑Gaaa < 1:1304539/141‑1 (MQ=255) gtgttTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑Gaaaa > 2:1028329/1‑141 (MQ=255) ttATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAatcat < 2:131656/141‑1 (MQ=255) tatGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCAtctc > 1:1600177/1‑141 (MQ=255) tGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTGAGATGATTTTC‑AATTAGAAAatatcttac < 1:372560/141‑8 (MQ=37) cGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTGAGATGATTTTC‑AATTAGAAAAT‑ATCTTActgc < 1:366329/141‑1 (MQ=37) cGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCActgc < 1:138462/141‑1 (MQ=255) cGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATAATCTCActgc > 1:484471/1‑141 (MQ=255) gTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCActgct > 1:1066982/1‑141 (MQ=255) tGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCActgctg < 2:798319/141‑1 (MQ=255) gAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGAGTGAGTCGCTCAAGAAGGATGAAGATGAAAATAGAAACAGCATTAAGAT‑ATCTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCGGt > 1:1653465/1‑141 (MQ=255) aTTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGttt > 1:894247/1‑141 (MQ=255) aTTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGttt < 2:1520604/141‑1 (MQ=255) ttttAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGttttt < 1:1072193/141‑1 (MQ=255) tttAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGtttttt > 1:518240/1‑141 (MQ=255) tttAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGtttttt > 2:142891/1‑141 (MQ=255) tAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTGAGATGATTTTC‑AATTAGAAAatatcttact > 1:783126/1‑121 (MQ=37) tAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTGAGATGATTTTC‑AATTAGAAAatatcttact < 2:783126/129‑9 (MQ=37) aGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTaaa > 1:875277/1‑141 (MQ=255) gCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAg < 2:922645/141‑1 (MQ=255) gCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAg < 2:1613878/141‑1 (MQ=255) tctAAATAGTAAAAGATAGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTGAGATGATTTTC‑AATTAGAAAAT‑ATCTTACTGCTGtttctattttca < 2:332234/141‑10 (MQ=18) ctAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGtt > 2:1498653/1‑141 (MQ=255) tAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGttt > 1:1320919/1‑141 (MQ=255) aaaTAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTta < 1:119738/141‑1 (MQ=255) aaaTAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTta < 2:152227/141‑1 (MQ=255) aaaTAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTta < 1:1328246/141‑1 (MQ=255) tataAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCTTACAATTTGGATGATTATTAATATAGAAACTTCAGTAATAT‑TTTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTc > 1:328073/1‑141 (MQ=37) tataAGATTGAAAAAGTTGTTACTGCTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATTATCTCACTGCCGTTTTTTAAAGGTTTATACATc > 1:1148286/1‑141 (MQ=255) taAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAATCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCAt < 2:803487/141‑1 (MQ=255) taAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCAt > 2:1351985/1‑141 (MQ=255) aGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATcc > 1:1468566/1‑141 (MQ=255) ttGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCctct > 1:269324/1‑141 (MQ=255) aaaaaGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTaaa > 2:229054/1‑141 (MQ=255) aaaaGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAat > 1:1009765/1‑141 (MQ=255) aaaGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAatt > 2:1375284/1‑141 (MQ=255) gttgttACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAattatt > 2:414878/1‑141 (MQ=255) tgttACTGTTTTAAATNATCACGAAGAAGNCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGCTTTCTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTa > 1:1216855/1‑141 (MQ=255) tgttACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTa < 1:74073/141‑1 (MQ=255) gttACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTaa > 1:476679/1‑141 (MQ=255) ttACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTaaa < 1:1138351/141‑1 (MQ=255) ttACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTaaa > 2:904215/1‑141 (MQ=255) ttACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTaaa > 2:330675/1‑141 (MQ=255) aCTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTtaaaa > 1:557850/1‑141 (MQ=255) tGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAaata > 2:1576231/1‑141 (MQ=255) tGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAaata < 1:420656/141‑1 (MQ=255) tGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAaata > 2:1169780/1‑141 (MQ=255) aaTGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATg > 1:1130384/1‑141 (MQ=255) tGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGt > 2:966962/1‑141 (MQ=255) aTCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAACAATAATTAATGGTAt > 2:1422887/1‑141 (MQ=255) cGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGa > 1:468674/1‑141 (MQ=255) cGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGa < 1:1521319/141‑1 (MQ=255) gATGAAGTCATTCAAGAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAg < 1:1373962/141‑1 (MQ=255) aTGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGc > 1:1338643/1‑141 (MQ=255) gAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCAc > 2:912739/1‑141 (MQ=255) aaGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCActg < 1:292040/74‑1 (MQ=255) aGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTATTTTTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGt > 2:1085231/1‑141 (MQ=255) tCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCg < 2:512155/141‑1 (MQ=255) tCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCg < 2:746332/141‑1 (MQ=255) aaTAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGAc < 1:1351985/141‑1 (MQ=255) aaTAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGAc < 1:614278/141‑1 (MQ=255) aaTAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGAc < 1:401715/141‑1 (MQ=255) aTAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACt > 2:680293/1‑141 (MQ=255) aTAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACt > 2:1479556/1‑141 (MQ=255) tAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACtt < 2:610298/141‑1 (MQ=255) aaGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTTTTTTTTTTTACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACttt > 2:569091/1‑141 (MQ=38) gAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTAt > 1:121811/1‑141 (MQ=255) aaTGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATAGTATTTGAGCACGTTTATCTACTTTagt > 2:1403040/1‑139 (MQ=255) gATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTAtgact > 2:148096/1‑141 (MQ=255) aTTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAACATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTAtgactg > 2:1583433/1‑141 (MQ=255) ttATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTAtgactga > 1:1428907/1‑141 (MQ=255) tGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACAt > 1:1631611/1‑141 (MQ=255) tGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACAt > 2:272498/1‑141 (MQ=255) tGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACAt > 2:1297080/1‑141 (MQ=255) tGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACAt < 2:684140/141‑1 (MQ=255) gAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACAtt < 1:1631022/141‑1 (MQ=255) tAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCaa < 1:387838/141‑1 (MQ=255) tAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCaa > 2:375424/1‑141 (MQ=255) gAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAAtt < 1:744318/141‑1 (MQ=255) aaaCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAAttt < 2:235583/141‑1 (MQ=255) aaaCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAAttt > 1:1174946/1‑141 (MQ=255) aaCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTc > 2:595716/1‑141 (MQ=255) aaCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTc > 1:694785/1‑141 (MQ=255) aCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTcc < 2:104274/141‑1 (MQ=255) aCAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTAGTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTcc < 2:428889/141‑1 (MQ=255) agtagTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCAt < 2:1392613/138‑1 (MQ=255) agcagTGAGATGATTTTC‑AATTAGAAAAT‑ATCTTACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCAt > 1:58610/1‑141 (MQ=37) agcagTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCAt < 2:638498/141‑1 (MQ=255) agTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTCCCAATTTCCATTTc > 2:18170/1‑141 (MQ=255) aGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAATGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCATTTCTTGc > 2:1113602/1‑141 (MQ=255) t‑atTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCATTTCTTGCCAg < 1:1482579/141‑1 (MQ=255) | ATGACGTGTCAGTGTTGTGTTTATATGTCGTGAATTTTTAGCTCTAAATAGTATAAGATTGAAAAAGTTGTTACTGTTTTAAATGATCACGATGAAGTCATTCAATAAGAATGATTATGAAAATAGAAACAGCAGTAAGAT‑ATTTTCTAATT‑GAAAATCATCTCACTGCTGTTTTTTAAAGGTTTATACCTCATCCTCTAAATTATTTAAAAATAATTAATGGTATTTGAGCACGTTTAGCGACTTTATGACTGACATTACCAATTTCCATTTCTTGCCAG > CP000730/96761‑97041 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |