| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 2082639 = | 114 (0.880) | 6 (0.050) | 6/242 | NT | 5.3% | intergenic (+280/+345) | USA300HOU_1940/mapW2 | aminotransferase/cell surface protein MapW2 |
| ? | CP000730 | 2082667 = | 105 (0.850) | intergenic (+308/+317) | USA300HOU_1940/mapW2 | aminotransferase/cell surface protein MapW2 | |||||
ATGGTTCGTCAAAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/2082783‑2082639‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgccttATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCATTTTTAAAATACACTTTATACACT > CP000730/2082667‑2082806 ATGGTTCGTCAAAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTG < 1:329826/141‑1 GGTTCGTCAAAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCC > 2:896652/1‑141 GTTCGTCAAAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTTACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT < 2:876368/141‑1 GTTCGTCAAAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT < 2:1139877/141‑1 TTCGTCAAAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTT < 2:1081811/141‑1 AAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAA < 1:1002069/141‑1 TGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT > 2:1442964/1‑128 TGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT < 1:1442964/128‑1 TAAAAACTGAGTAACAAGTTTAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAG < 1:924411/141‑1 ATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAA < 1:447976/141‑1 CATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCAT > 1:220234/1‑141 ATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAA > 1:968115/1‑79 ATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAA < 2:968115/79‑1 attCCTTATTATAAAATTAAAGATGAGGATGTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCATGTGTTAAGTCTACATATGTTGACTAACCATTTTTAAAATACACTTTA < 2:827005/138‑1 GCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCATTTTTAAAATACACTTTATA > 1:534923/1‑141 CTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCATTTTTAAAATACACTTTATACA < 1:1317450/141‑1 TTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCATTTTTAAAATACACTTTATACAC < 2:317712/141‑1 TTAGTATAAGATTAAAGATGAGAGTTTAATTTCAATATCTATCTTTTAAATGTCAGTTTCGTGAAATACTCTTTCATCTTGATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCATTTTTAAAATACACTTTATACAC < 1:1650303/141‑1 TATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCATTTTTAAAATACACTTTATACACT < 2:220234/141‑1 ATGGTTCGTCAAAATATGTAGACTTAAAAACTGAGTATAAAGATGAAAGAGTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/2082783‑2082639‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgccttATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTTTTAAGTCTACATATTTTGACGAACCATTTTTAAAATACACTTTATACACT > CP000730/2082667‑2082806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |