| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 92,987 | A→G | 6.4% | intergenic (‑72/‑65) | yrkD ← / → yrkE | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 92,987 | 0 | A | G | 6.4% | 481.6 / 15.8 | 169 | intergenic (‑72/‑65) | yrkD/yrkE | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (68/88); new base G (7/4); total (75/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TTAATAATTCCATTTAGTTGCCCTTGTATTCTATTAATACGATTAATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAAGTTTATCGATGAATTTAGTAAAGCAGAATTGGAAAAACTAGCCAAGCAAGGGCAA > CP000730/92848‑93126 | ttAATAATTCCATTTAGTTGCCCTTGTATTCTATTAATACGATTAATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTagag > 2:760165/1‑141 (MQ=255)ttAATAATTCCATTTAGTTGCCCTTGTATTCTATTAATACGATTAATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTagag > 1:1659498/1‑141 (MQ=255)ttAATAATTCCATTTAGTTGCCCTTGTATTCTATTAATACGATTAATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACACCTagag > 1:447018/1‑141 (MQ=255) taataaTTCCATTTAGTTGCCCTTGTATTCTATTAATACTATTAATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAgg > 2:997955/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |