| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 99,276 | G→C | 7.6% | intergenic (+70/+2) | tfoX → / ← USA300HOU_0099 | hypothetical protein/possible MFS family major facilitator transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 99,276 | 0 | G | C | 7.6% | 433.6 / 25.7 | 135 | intergenic (+70/+2) | tfoX/USA300HOU_0099 | hypothetical protein/possible MFS family major facilitator transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/61); new base C (5/5); total (69/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 138 total aligned reads displayed.
TTCTAGACTTTACCGAAGCAACAAATCTCACTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTAAAAA > CP000730/99136‑99415 | ttCTAGACTTTACCGAAGCAACAAATCTCACTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACg < 1:432051/141‑1 (MQ=255) tAGACTTTACCGAAGCAACAAATCTCACTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACCGTc < 1:647376/141‑1 (MQ=255) aGACTTTACCGAAGCAACAAATCTCACTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCa > 1:700798/1‑141 (MQ=255) aGACTTTACCGAAGCAACAAATCTCACTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCa > 1:743235/1‑141 (MQ=255) 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agagTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTc < 2:774255/141‑1 (MQ=255) gagTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTcc > 1:1594845/1‑141 (MQ=255) agTGACCGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGGATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCt > 2:313389/1‑141 (MQ=255) gTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTa < 2:1078176/141‑1 (MQ=255) gTGACAGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCAATCTTCCTa > 2:982753/1‑141 (MQ=255) tGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTaa > 2:1383609/1‑141 (MQ=255) tGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTACTaa > 1:1537675/1‑141 (MQ=255) tGACCGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTaa > 1:1180981/1‑141 (MQ=255) gACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTaaa < 2:142466/141‑1 (MQ=255) cGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTaaaaa > 1:839617/1‑141 (MQ=255) ggTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAAt < 2:396451/83‑1 (MQ=255) | TTCTAGACTTTACCGAAGCAACAAATCTCACTGATTTATTTAAGACCATAAAAAATGATTTGAAAAAGTGAAGTAGTGAAGTGTGGGTGCAGAGAGAACTAAGCCCATCGATAAATGGTCGCTTGTTAAAGAAGAGTGACGGTCACTCTTCTTTATGTGCATATTTTATTTTGCCTGTTTTGTTAACAAGCAGCAGTGTAACAAATATGAGTAAGGATAAAATGAGTATAATATAGAAACCGAATTTATCATTAATTTCATTAATCCATCTTCCTAAAAA > CP000730/99136‑99415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |