Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 659,376 T→A 5.7% intergenic (+399/‑283) USA300HOU_0598 → / → USA300HOU_0600 hypothetical protein/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP000730659,3760TA 5.7% 357.4 / 7.3 109intergenic (+399/‑283)USA300HOU_0598/USA300HOU_0600hypothetical protein/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (38/64);  new base A (2/5);  total (40/69)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 119 total aligned reads displayed.

GCCGGTTGCAGGAAGTTCAGTTCTATTTGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTTAATAAGAATAGAGTTGTATTAATACCGACTTTCAAACAAGGATTGTTAATAGTTTTTGCGTACTTTTTTTTAGGAAGCGCTTCAATATTTACTTTA  >  CP000730/659236‑659515
                                                                                                                                             |                                                                                                                                           
gCCGGTTGCAGGAAGTTCAGTTCTATTTGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCt                                                                                                                                             >  1:1139369/1‑141 (MQ=255)
 gcGGTTGCAGGAAGTTCAGTTCTATTTGGAATTATATTGAGAAATTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCta                                                                                                                                            <  2:1613605/140‑1 (MQ=255)
 ccGGTTGCAGGAAGTTCAGTTCTATTTGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCta                                                                                                                                            <  2:1267116/141‑1 (MQ=255)
  cgcttGCAGGAAGTTCAGTTCTATTTGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCtaa                                                                                                                                           >  1:402414/4‑141 (MQ=255)
   ggTTGCAGGAAGTTCAGTTCTATTTGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCtaaa                                                                                                                                          <  1:669557/141‑1 (MQ=255)
    tttttaaagagttaagttgTATTAGGAATTATTTTAAGAGAGTGAGGTAAATTCTTTTATGTTTACTTTGAAATTTTTCTTTCTTTCTCTGTATTTTTTATCATGTTATTAGGGATATTCCTTTTTTTTTTTTATCtaaat                                                                                                                                         >  2:1650081/10‑141 (MQ=255)
     ttGCAGGAAGTTCAGTTCTATTTGGAATTATATTAATGTTGTATCTGTACTTCGTTAATTTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCtaaata                                                                                                                                        <  1:1073715/141‑1 (MQ=255)
            aaGTTCAGTTCTATTTGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAAtt                                                                                                                                 <  1:1491365/141‑1 (MQ=255)
                 cagttcTATTTGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACAt                                                                                                                            >  1:711788/1‑141 (MQ=255)
                  agttcTATTTGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACAtt                                                                                                                           >  2:423291/1‑141 (MQ=255)
                  agttcTATTTGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACAtt                                                                                                                           <  2:127993/141‑1 (MQ=255)
                  agttcTATTTGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACAtt                                                                                                                           <  2:316615/141‑1 (MQ=255)
                   gttcTATTTGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTa                                                                                                                          <  1:277665/141‑1 (MQ=255)
                     tcTATTTGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTaaa                                                                                                                        <  1:821237/141‑1 (MQ=255)
                     tcTATTTGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTaaa                                                                                                                        <  1:10570/141‑1 (MQ=255)
                     tatATTTTGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTAGATAAAAATAAAAAATTAACAtccct                                                                                                                        <  2:738662/139‑5 (MQ=37)
                      cTATTTGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTaaaa                                                                                                                       >  1:899793/1‑141 (MQ=255)
                        gttaaagtaaatatTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATTTAAATAAAAAATTAACATTAAAAAt                                                                                                                     >  2:886462/11‑141 (MQ=255)
                         tttGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAAtt                                                                                                                    <  1:742401/141‑1 (MQ=255)
                         tttGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAAtt                                                                                                                    <  1:1081414/141‑1 (MQ=255)
                          ttGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAAttt                                                                                                                   <  2:452574/141‑1 (MQ=255)
                           tGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAAtttt                                                                                                                  >  2:290528/1‑141 (MQ=255)
                           tGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAAtttt                                                                                                                  >  2:1130233/1‑141 (MQ=255)
                            ggAATTCTATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTATTTTTCAGCTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATATGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAAttttt                                                                                                                 <  2:1584875/141‑1 (MQ=255)
                            ggAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAAttttt                                                                                                                 <  2:18235/141‑1 (MQ=255)
                            ggAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAAttttt                                                                                                                 <  1:723573/141‑1 (MQ=255)
                             gAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTa                                                                                                                >  1:1380892/1‑141 (MQ=255)
                                ttATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATa                                                                                                             <  2:876381/141‑1 (MQ=255)
                                 tataTTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATAc                                                                                                            <  1:1453916/141‑1 (MQ=255)
                                 tataTTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATAc                                                                                                            <  2:522471/141‑1 (MQ=255)
                                    atTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCaa                                                                                                         <  1:560845/141‑1 (MQ=255)
                                     ttGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAAc                                                                                                        >  2:759360/1‑141 (MQ=255)
                                     ttGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAAc                                                                                                        <  2:685283/141‑1 (MQ=255)
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                                            aGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTta                                                                                                 >  1:689515/1‑141 (MQ=255)
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                                                 cGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTtaataa                                                                                             >  1:1464465/1‑141 (MQ=255)
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                                                  ggTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTTAATAAg                                                                                            <  2:1065697/141‑1 (MQ=255)
                                                    tAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTTAATAAGaa                                                                                          <  1:473187/141‑1 (MQ=255)
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                                                          cttTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTTAATAAGAATAGAGt                                                                                    <  2:1481758/141‑1 (MQ=255)
                                                           tttAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTTAATAAGAATAGAGtt                                                                                   >  2:822440/1‑141 (MQ=255)
                                                            ttAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTTAATAAGAATAGAGTTg                                                                                  <  1:1274760/141‑1 (MQ=255)
                                                            ttAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTTAATAAGAATAGAGTTg                                                                                  <  1:918839/141‑1 (MQ=255)
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                                                             tAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTTAATAAGAATAGAGTTGt                                                                                 <  2:203630/141‑1 (MQ=255)
                                                              aaTGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTTAATAAGAATAGAGTTGTa                                                                                >  2:1509054/1‑141 (MQ=255)
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                                                                                                                        tGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTTAATAAGAATAGAGTTGTATTAATACCGACTTTCAAACAAGGATTGTTAATAGTTTTTGCGTACTTTTTTTTAGGaa                      <  2:170915/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                         gTTAATTTTTTTTTTTTTTTTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACTAACGTGGTTAATAAGAATAGAGTTGTATTAATACCGACTTTCAAACAATGATTGTTATTAGTTTTTGCGTACTTTTTTTTATGAAg                     >  2:1211506/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                             aTTTTTTATTTAGATAAAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTTAATAAGAATAGAGTTGTATTAATACCGACTTTCAAACAAGGATTGTTAATAGTTTTTGCGTACTTTTTTTTAGGAAGCGCt                 >  2:893111/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                              ttttttATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTTAATAAGAATAGAGTTGTATTAATACCGACTTTCAAACAAGGATTGTTAATAGTTTTTGCGTACTTTTTTTTAGGAAGCGCtt                <  1:921894/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               tttttatttttaTCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTTAATAAGAATAGAGTTGTATTAATACCGACTTTCAAACAAGGATTGTTAATAGTTTTTGCGTACTTTTTTTTAGGAAGCGCTTc               <  1:800024/141‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                                          atCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTTAATAAGAATAGAGTTGTATTAATACCGACTTTCAAACAAGGATTGTTAATAGTTTTTGCGTACTTTTTTTTAGGAAGCGCTTCAATATTTACtt    <  1:281798/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                             |                                                                                                                                           
GCCGGTTGCAGGAAGTTCAGTTCTATTTGGAATTATATTGAGAAAGTACGGTAACTTCTTTAATGTTCAGTTTGAAAAACAACTAGCAATCACTGTATTTTTTATCATGTTAATAGGGATGTTAATTTTTTATTTTTATCTAAATAAAAAATTAACATTAAAAATTTTTAATACCAACGTGGTTAATAAGAATAGAGTTGTATTAATACCGACTTTCAAACAAGGATTGTTAATAGTTTTTGCGTACTTTTTTTTAGGAAGCGCTTCAATATTTACTTTA  >  CP000730/659236‑659515

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: