| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 740,322 | G→C | 5.7% | intergenic (+549/+39) | pitA → / ← sle1 | possible PiT family inorganic phosphate transporter/possible LysM domain protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 740,322 | 0 | G | C | 5.7% | 352.5 / 11.9 | 107 | intergenic (+549/+39) | pitA/sle1 | possible PiT family inorganic phosphate transporter/possible LysM domain protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/50); new base C (2/4); total (52/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |