| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 779,970 | G→A | 5.1% | intergenic (+26/+46) | csbB → / ← saeS | possible glycosyltransferase/sensor histidine kinase SaeS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 779,970 | 0 | G | A | 5.1% | 420.1 / 5.6 | 129 | intergenic (+26/+46) | csbB/saeS | possible glycosyltransferase/sensor histidine kinase SaeS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (67/55); new base A (3/4); total (70/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
TATTGGCAGGATATATTATGAAGTTAAGGCACGTCCTAAATATATTATTCAAGCTACAAATCTTTCAAGTCTTGAAAATGATGAGAAGGATACCCATAAAGTTTATTCTAAATAAAC‑AAAAAAAGAAGCCCTCATTAATGGGAGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGCGTTATTTTGTTGCG > CP000730/779830‑780110 | tatTGGCAGGATATATTATGAAGTTAAGGCACGTCCTAAATATATTATTCAAGCTACAAATCTTTCAAGTCTTGAAAATGATGAGAAGGATACCCATAAAGTTTATTCTAAATAAAC‑AAAAAAAGAAGCCCTCATTAATgg > 1:1484249/1‑141 (MQ=255) ttGGCAGGATATATTATGAAGTTAAGGCACGTCCTAAATATATTATTCAAGCTACAAATCTTTCAAGTCTTGAAAATGATGAGAAGGATACCCATAAAGTTTATTCTAAATAAAC‑AAAAAAAGAAGCCCTCATTAATgggt < 1:1574383/141‑2 (MQ=255) ttGGCAGGATATATTATGAAGTTAAGGCACGTCCTAAATATATTATTCAAGCTACAAATCTTTCAAGTCTTGAAAATGATGAGAAGGATACCCATAAAGTTTATTCTAAATAAAC‑AAAAAAAGAAGCCCTCATTAATGGGa > 2:349034/1‑141 (MQ=255) ttGGCAGGATATATTATGAAGTTAAGGCACGTCCTAAATATATTATTCAAGCTACAAATCTTTCAAGTCTTGAAAATGATGAGAAGGATACCCATAAAGTTTATTCTAAATAAAC‑AAAAAAAGAAGCCCTCATTAATGGGa > 1:1332201/1‑141 (MQ=255) 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2:1454752/1‑141 (MQ=255) aaaaGAAGCCCTCATTAATGGGAGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGAt > 2:187481/1‑141 (MQ=255) agCCCTCATTAATGGGAGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGc > 2:892676/1‑141 (MQ=255) agCCCTCATTAATGGGAGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGc > 1:312899/1‑141 (MQ=255) gctcccATTAATGAGGGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACt < 2:1349528/126‑1 (MQ=255) gCCCTCATTAATGGGAGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGCg > 1:854032/1‑141 (MQ=255) cccTCATTAATGGGAGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGCGt < 1:1515789/141‑1 (MQ=255) ttAATGGGAGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGCGTTAtttt < 1:325541/141‑1 (MQ=255) ttAATGGGAGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGCGTTAtttt < 2:1627907/141‑1 (MQ=255) tAATGGGAGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGCGTTATTttg < 2:1648902/141‑1 (MQ=255) tGGGAGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGCGTTATTttgttg < 2:669371/141‑1 (MQ=255) gggATCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGCGTTATTTTGTTgc < 2:1071600/141‑1 (MQ=255) ggAGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGCGTTATTTTGTTgcg < 1:39456/141‑1 (MQ=255) | TATTGGCAGGATATATTATGAAGTTAAGGCACGTCCTAAATATATTATTCAAGCTACAAATCTTTCAAGTCTTGAAAATGATGAGAAGGATACCCATAAAGTTTATTCTAAATAAAC‑AAAAAAAGAAGCCCTCATTAATGGGAGCTTCTTTTTAGTCTTTGCATTTTATTTTATAAATAAATCGGATTATGACGTAATGTCTAATTTGTGTAATGTTACAGTCATCGTAGTTCCTACATCTATATCACTGCTTACACTGATTTTTGCGTTATTTTGTTGCG > CP000730/779830‑780110 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |