| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,636,962 | A→T | 6.6% | Y271* (TAT→TAA) | gntP ← | GntP family gluconate:proton (H+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,636,962 | 0 | A | T | 6.6% | 187.3 / 4.4 | 61 | Y271* (TAT→TAA) | gntP | GntP family gluconate:proton (H+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/30); new base T (2/2); total (28/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.88e-01 | |||||||||||
ATAACATCATTCCGATTGGATAAATCGCATTCGTCACTGATTCCATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTTAATAAACTCATACCAAATCCTGGCATCTCTTGATCCGTAAA > CP000730/2636823‑2637102 | aTAACATCATTCCGATTGGATAAATCGCATTCGTCACTGATTCCATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCatat < 1:565700/141‑1 (MQ=255) catcatTCCGATTGGATAAATCGCATTCGTCACTGATTCCATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAAt < 1:7526/141‑1 (MQ=255) tcatTCCGATTGGATAAATCGCATTCGTCACTGATTCCATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGa > 2:570315/1‑141 (MQ=255) tcatTCCGATTGGATAAATCGCATTCGTCACTGATTCCATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGa > 2:570299/1‑141 (MQ=255) cactCCGATTGGATAAATCGCATTCGTCACTGATTCCATACTATGAGTCATCTTACGCTCTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGAt < 1:285084/138‑1 (MQ=255) atTCCGATTGGATAAATCGCATTCGTCACTGATTCCATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATa > 1:300059/1‑141 (MQ=255) atTCCGATTGGATAAATCGCATTCGTCACTGATTCCATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATa > 1:597798/1‑141 (MQ=255) ccGATTGGATAAATCGCATTCGTCACTGATTCCATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGAt > 2:283476/1‑141 (MQ=255) aTTGGATAAATCGCATTCGTCACTGATTCCATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCa < 1:711002/141‑1 (MQ=255) tGGATAAATCGCATTCGTCACTGATTCCATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCaaa < 2:71324/141‑1 (MQ=255) tGGATAAATCGCATTCGTCACTGATTCCATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCaaa < 1:519348/141‑1 (MQ=255) ggATAAATCGCATTCGTCACTGATTCCATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAAt < 1:621522/141‑1 (MQ=255) aaTCGCATTCGTCACTGATTCCATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGAtt > 2:491644/1‑141 (MQ=255) tCGCATTCGTCACTGATTCCATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTg > 2:301652/1‑141 (MQ=255) gATTCCATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGc < 1:570299/141‑1 (MQ=255) gATTCCATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGc < 1:570315/141‑1 (MQ=255) aTTCCATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATCTAAATGATAGATCCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGcc < 2:559493/141‑1 (MQ=255) ccATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAg > 2:19806/1‑141 (MQ=255) cATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGt < 2:62606/141‑1 (MQ=255) atGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCACAGTTACAAg > 1:464091/1‑141 (MQ=255) atGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCACAGTTACAAg > 1:378699/1‑141 (MQ=255) tGATTCATCTTACGTTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCGTGCCCAGTTACAAGt < 1:704437/141‑1 (MQ=255) tGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGt < 2:33314/141‑1 (MQ=255) tGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGt < 2:605482/141‑1 (MQ=255) ttCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGc > 1:426175/1‑141 (MQ=255) ttCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGc < 2:85391/141‑1 (MQ=255) tttCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGac < 2:669841/141‑1 (MQ=255) tcATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTa > 2:616233/1‑141 (MQ=255) cATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTaa > 1:168661/1‑141 (MQ=255) ttAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACa > 1:43454/1‑141 (MQ=255) ttAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCAGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACa < 2:687558/141‑1 (MQ=255) aaTCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGTTGTCCCTGGTGTTCCTATCATATATATGATAGATTCAAATTGATTTGTAGGTTTGTCATGCCGAGTTATAAGTTGCTTTATCGTAGACACTCACAtt < 2:195461/141‑1 (MQ=255) cccATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTTCGTTATCGTAGACACTAACATTAat > 2:293216/1‑141 (MQ=255) tCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGa < 2:225038/141‑1 (MQ=255) gTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACt < 1:64707/141‑1 (MQ=255) aCGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGt < 2:678638/141‑1 (MQ=255) cAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGCTTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATCAATATGACTGGTAATGTTg > 2:496358/1‑141 (MQ=255) aataatACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCt > 1:562918/1‑141 (MQ=255) ataataCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTg < 2:433949/141‑1 (MQ=255) taataCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGt > 1:633882/1‑141 (MQ=255) taataCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGt > 1:463661/1‑141 (MQ=255) taataCTGCCATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGt < 1:526208/141‑1 (MQ=255) ataCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATTTATATGATAgg < 1:563325/52‑2 (MQ=37) ataCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATTTATATGATAgg < 1:563281/52‑2 (MQ=37) ataCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATTTATATGATAgg > 2:563325/1‑51 (MQ=37) ataCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATTTATATGATAgg > 2:563281/1‑51 (MQ=37) ataCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGGTTTGTAGGTTTTTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTta > 2:133581/1‑141 (MQ=255) ataCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTta > 1:149158/1‑141 (MQ=255) taCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATACAAATGATAGATTCACCATGATTTGTCTCTTGTTCATGCCCATTTACAATTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTtaa < 1:420124/141‑1 (MQ=255) aCTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTtaat > 2:403948/1‑141 (MQ=255) cTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTTAATAAAc > 1:191150/1‑141 (MQ=255) cTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTTAATAAAc > 1:191361/1‑141 (MQ=255) cTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTTAATAAAc > 1:234594/1‑141 (MQ=255) gCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTTAATAAACTCATACCAAAt > 1:526376/1‑141 (MQ=255) gTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTTAATAAACTCATACCAAATCCt < 1:10624/141‑1 (MQ=255) gTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTTAATAAACTCATACCAAATCCt < 1:10690/141‑1 (MQ=255) ctgctgTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTTAATAAACTCATACCAAATCCTGGCa < 1:112083/141‑1 (MQ=255) gctgTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATTGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTTAATAAACTCATACCAAATCCTGGCAtc < 2:537067/141‑1 (MQ=255) gctgTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTTAATAAACTCATACCAAATCCTGGCAtc < 2:279904/141‑1 (MQ=255) aTCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTTAATAAACTCATACCAAATCCTGGCATCTCTTGATcc < 1:259610/141‑1 (MQ=255) cATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTTAATAAACTCATACCAAATCCTGGCATCTCTTGATCCGt < 1:416996/141‑1 (MQ=255) cATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTTAATAAACTCATACCAAATCCTGGCATCTCTTGATCCGt < 1:447942/141‑1 (MQ=255) ataAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTTAATAAACTCATACCAAATCCTGGCATCTCTTGATCCGTaaa > 1:284131/1‑141 (MQ=255) | ATAACATCATTCCGATTGGATAAATCGCATTCGTCACTGATTCCATAATATGATTCATCTTACGCTTTCTCATTAATCCCATCGTAACGATTGCAAATAATACTGCTATTAGCATGGCTGTCCCTGCTGTTCCTATCATATAAATGATAGATTCAAATAGATTTGTAGGTTTGTCATGCCCAGTTACAAGTTGCGTTATCGTAGACACTAACATTAATATGACTGGTAATGTTGCTGTTAATAAACTCATACCAAATCCTGGCATCTCTTGATCCGTAAA > CP000730/2636823‑2637102 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |