| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 92,987 | A→G | 7.7% | intergenic (‑72/‑65) | yrkD ← / → yrkE | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 92,987 | 0 | A | G | 7.7% | 139.1 / 4.0 | 52 | intergenic (‑72/‑65) | yrkD/yrkE | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/27); new base G (2/2); total (23/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.14e-01 | |||||||||||
TTTAATAATTCCATTTAGTTGCCCTTGTATTCTATTAATACGATTAATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAAGTTTATCGATGAATTTAGTAAAGCAGAATTGGAAAAACTAGCCAAGCAAGGGCAA > CP000730/92847‑93126 | tttAATAATTGCATTTAGTTGCCCTTGTATTCTATTAATACGATTAATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCGTAGCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTaga < 2:653846/141‑1 (MQ=255)tttAATAATTCCATTTAGTTGCCCTTGTATTCTATTAATACGATTAATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTaga > 2:311915/1‑141 (MQ=255)tttAATAATTCCATTTAGTTGCCCTTGTATTCTATTAATACGATTAATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTaga < 2:434042/141‑1 (MQ=255) ataatTCCATTTAGTTGCCCTTGTATTCTATTAATACGATTAATCATTTTTTTATCATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTa > 2:635539/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tATCATAATTCATTGTCAAACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAggg < 1:35449/141‑1 (MQ=255) cATAATTCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAgg < 1:460108/141‑1 (MQ=255) ttCATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATTCAACCGTTTAGAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGttatt < 1:527250/141‑1 (MQ=255) cATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTtattat < 1:608446/141‑1 (MQ=255) cATAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTtattat > 1:177534/1‑141 (MQ=255) tAGTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTAAAATACCACTAGAGCTATTTAACAAGTTCAATCCAACTCTTTACAATAAACGTATACATATTTTTAGGCAGGataatttaa > 2:414816/1‑135 (MQ=255) gTCATACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGaaa < 1:90856/141‑1 (MQ=255) aTACCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACaa > 2:567027/1‑141 (MQ=255) aCCTCCACTTTTAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATa < 2:538956/141‑1 (MQ=255) ttAATTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAAg < 1:364415/141‑1 (MQ=255) aaTTGAATAAAAATATATTAATAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAAGtt < 1:280446/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaTAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAAGTTTATCGATGAATTTAGTaaa > 1:548540/1‑141 (MQ=255) aaTAGATAAACACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAAGTTTATCGATGAATTTAGTaaa < 1:124606/141‑1 (MQ=255) aaaCACAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGCAGAAAAGTTTATCGATGAATTTAGTAAAGCAGAAt < 2:390261/141‑1 (MQ=255) acacAAATGTGTCAAATACCCCTAGAGGTATTTGATAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAAGTTTATCGATGAATTTAGTAAAGCAGAATTg < 1:122564/141‑1 (MQ=255) aacaAATGTGTCAAATAACCCTAGAGGTATTTGACAAGTTAAAAAAAAAAATAAAAAATACCCCTACAGGGATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGTAGAAAAGTTTATCGATGAATTTAGTaaaaaaaaaaaaa < 2:490862/140‑11 (MQ=255) gtCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAAGTTTATCGATGAATTTAGTAAAGCAGAATTGGAAAAACTAg < 2:16670/141‑1 (MQ=255) gtCAAATACACCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCAACCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAAGTTTATCGATGAATTTAGTAAAGCAGAATTGGAAAAACTAg < 1:239443/141‑1 (MQ=255) tCAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAAGTTTATCGATGAATTTAGTAAAGCAGAATTGGAAAAACTAGc < 2:626524/141‑1 (MQ=255) cAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAAGTTTATCGATGAATTTAGTAAAGCAGAATTGGAAAAACTAGcc < 1:610744/141‑1 (MQ=255) cAAATACCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAAGTTTATCGATGAATTTAGTAAAGCAGAATTGGAAAAACTAGcc < 1:186713/141‑1 (MQ=255) aCCCCTAGAGGTATTTGACAAGTTCCATCCAACTGTTTAAAATACCCCTACAGGTATTTTTAGGGAGGTTATTATGAAACAATACGGAGAAAAGTTTATCGATGAATTTAGTAAAGCAGAATTGGAAAAACTAGCcaagca < 2:665207/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |