| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 623,744 | A→G | 8.8% | I242V (ATT→GTT) | USA300HOU_0558 → | glycosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 623,744 | 0 | A | G | 8.8% | 128.3 / 4.0 | 46 | I242V (ATT→GTT) | USA300HOU_0558 | glycosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/21); new base G (2/2); total (22/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.09e-01 | |||||||||||
TCAACAATTTTTTGATACAGAAGATGAATTAGTTCAATATTTTCTCCATCAATTATGTAAAAATAATGATCAAATCATATTAGATCGTCCTCATGAATTAGGAAATGTTATAGCGGGATTAAATCAAAGTATTCCAGTTATTGTTGTACTCCATAGTACACATTTATCCGGTGCCGGTAATGGTATAAAAAG‑TTTTTATAAAACAGTGTTTAATAATTTAACACGTTATAAAGCGATTGTTGTATCAACAGAAAAGCAATGCCAAGATATTTCACAA > CP000730/623605‑623881 | tCAACAATTTTTTGATACAGAAGATGAATTAGTTCAATATTTTCTCCATCAATTATGTAAAAATAATGATCAAATCATATTAGATCGTCCTCATGAATTAGGAAATGTTATAGCGGGATTAAATCAAAGTATTCCAGTTAt < 2:303910/141‑1 (MQ=255) acaaTTTTTTGATACAGAAGATGAATTAGTTCAATATTTTCTCCATCAATTATGTAAAAATAATGATCAAATCATATTAGATCGTCCTCATGAATTAGGAAATGTTATAGCGGGATTAAATCAAAGTATTCCAGTTAttgt > 1:88099/1‑141 (MQ=255) acaaTTTTTTGATACAGAAGATGAATTAGTTCAATATTTTCTCCATCAATTATGTAAAAATAATGATCAAATCATATTAGATCGTCCTCATGAATTAGGAAATGTTATAGCGGGATTAAATCAAAGTATTCCAGTTAttgt < 1:472611/141‑1 (MQ=255) tGATACAGAAGATGAATTAGTTCAATATTTTCTCCATCAATTATGTAAAAATAATGATCAAATCATATTAGATCGTCCTCATGAATTAGGAAATGTTATAGCGGGATTAAATCAAAGTATTCCAGTTATTGTTGTACTCCa > 2:238916/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tATGTAAAAATAATGATCAAATCATATTAGATCGTCCTCATGAATTAGGAAATGTTATAGCGGGATTAAATCAAAGTATTCCAGTTATTGTTGTACTCCATAGTACACATTTATCCGGTGCCGGTAATGGTATAAAAAG‑tt < 2:306951/141‑1 (MQ=255) tAAAAATAATGATCAAATCATATTAGATCGTCCTCATGAATTAGGAAATGTTATAGCGGGATTAAATCAAAGTATTCCAGTTATTGTTGTACTCCATAGTACACATTTATCCGGTGCCGGTAATGGTATAAAAAG‑TTTTta > 2:143314/1‑141 (MQ=255) tAAAAATAATGATCAAATCATATTAGATCGTCCTCATGAATTAGGAAATGTTATAGCGGGATTAAATCAAAGTATTCCAGTTATTGTTGTACTCCATAGTACACATTTATCCGGTGCCGGTAATGGTATAAAAAG‑TTTTta < 1:666582/141‑1 (MQ=255) tAAAAATAATGATCAAATCATATTAGATCGTCCTCATGAATTAGGAAATGTTATACCGGGATTAAATCAAAGTATTCCAGTTATTGTTGTACTCCATAGTACACATTTATCCGGTGCCGGTAATGGTATAAAAAG‑TTTTta > 2:143497/1‑141 (MQ=255) tGATCAAATCATATTAGATCGTCCTCATGAATTAGGAAATGTTATAGCGGGATTAAATCAAAGTATTCCAGTTATTGTTGTACTCCATAGTACACATTTATCCGGTGCCGGTAATGGTATAAAAAG‑TTTTTATAAAACAgt > 2:433017/1‑141 (MQ=255) gATCAAATCATATTAGATCGTCCTCATGAATTAGGAAATGTTATAGCGGGATTAAATCAAAGTATTCCAGTTATTGTTGTACTCCATAGTACACATTTATCCGGTGCCGGTAATGGTATAAAAAG‑TTTTTATAAAACAgtg > 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2:51104/141‑7 (MQ=255) | TCAACAATTTTTTGATACAGAAGATGAATTAGTTCAATATTTTCTCCATCAATTATGTAAAAATAATGATCAAATCATATTAGATCGTCCTCATGAATTAGGAAATGTTATAGCGGGATTAAATCAAAGTATTCCAGTTATTGTTGTACTCCATAGTACACATTTATCCGGTGCCGGTAATGGTATAAAAAG‑TTTTTATAAAACAGTGTTTAATAATTTAACACGTTATAAAGCGATTGTTGTATCAACAGAAAAGCAATGCCAAGATATTTCACAA > CP000730/623605‑623881 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |