| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,575,517 | G→A | 6.8% | A667V (GCA→GTA) | hlgB ← | possible bacteriophage tail protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,575,517 | 0 | G | A | 6.8% | 177.2 / 3.1 | 59 | A667V (GCA→GTA) | hlgB | possible bacteriophage tail protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/25); new base A (2/2); total (32/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.74e-01 | |||||||||||
TGTTTGAAGACCTAAAGATTTCATTGCTTTTGAATTAGTATTTGAAAGGATTGTATTTTCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCATAGGCGTTAAATCTTTACCGACT > CP000730/1575378‑1575657 | tGTTTGAATACCTAAAGATTTCATTGCTTTTGAATTAGTATTTGAAAGGATTGTATTTTCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGc > 2:319503/1‑141 (MQ=255)tGTTTGAAGACCTAAAGATTTCATTGCTTTTGAATTAGTATTTGAAAGGATTGTATTTTCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGc < 1:3058/141‑1 (MQ=255) tttGAAGACCTAAAGATTTCATTGCTTTTGAATTAGTATTTGAAAGGATTGTATTTTCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAg > 2:541204/1‑141 (MQ=255) tGAAGACCTAAAGATTTCATTGCTTTTGAATTATTATTTGAAAGGATTGTATTTTCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGt < 2:276427/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTTTTGAATTAGTATTTGAAAGGATTGTATTTTCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTg < 2:590206/141‑1 (MQ=255) ttttGAATTAGTATTTGAAAGGATTGTATTTTCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGc > 1:575872/1‑141 (MQ=255) tttGAATTAGTATTTGAAAGGATTGTATTTTCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATAGCTGCACCAAAAAGTGCt < 2:317210/141‑1 (MQ=255) aaTTAGTATTTGAAAGGATTGTATTTTCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAAAAAAAACACAAAAAAGTGCTAATc < 2:678570/141‑1 (MQ=255) aTTAGTATTTGAAAGGATTGTATTTTCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATcc > 2:455794/1‑141 (MQ=255) tATTTGAAAGGATTGTATTTTCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTg < 2:575872/141‑1 (MQ=255) tttGAAAGGATTGTATTTTCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTACAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGaa < 2:268746/141‑1 (MQ=255) tttGAAAGGATTGTATTTTCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTACAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGaa < 2:268621/141‑1 (MQ=255) ttGAAAGGATTGTATTTTCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAg < 2:404825/141‑1 (MQ=255) tGAAAGGATTGTATTTTCAGCAATACGGCTATTTAATGACGCATATCCGTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTTTTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGc > 1:510937/1‑141 (MQ=255) aaGGATTGTATTTTCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCttt > 1:458182/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAAcc > 2:442406/1‑141 (MQ=255) ttCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAAcc > 2:174414/1‑141 (MQ=255) ttCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAAcc > 1:57237/1‑141 (MQ=255) tCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCa < 1:146032/141‑1 (MQ=255) tCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACAGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCATCCa < 2:606252/141‑1 (MQ=255) aGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAgg < 2:179535/141‑1 (MQ=255) aGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTNTTCTAACCCAACCAgg < 1:490647/141‑1 (MQ=255) gaaTCCGTATATTAAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCATACAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTGTCCTAACCCAACCAggaa > 2:71453/2‑139 (MQ=255) cAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGga > 2:41982/1‑141 (MQ=255) aTACGTCTATTTAATGACGCATATGCTATCGCAGCACTTCCAACTGTACGTAGTAATAGCCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATGGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGgaga > 2:425494/1‑141 (MQ=255) cGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACC‑AAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACt > 2:378191/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) cGTTTTAATAACCCTCCAGCAAGAATTGCAGGTTCAATTGTTGCACAAAAAAGGGCTAATTCTTCTGAAGTTTTTCTAACCTAACCAGGGATATGTATATATACATCAACTAATATGGTTAAACCTTCCGCTATTGCTCTa > 2:149374/1‑141 (MQ=255) taataaCCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCAt > 1:598403/1‑141 (MQ=255) aCCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCATAGGCg > 1:167610/1‑141 (MQ=255) aCCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCATAGGCg > 1:356350/1‑141 (MQ=255) cccTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCATAGGCGt > 1:350075/1‑141 (MQ=255) ccTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTg < 1:616881/55‑1 (MQ=255) ccTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTg > 2:616881/1‑55 (MQ=255) cTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCATAGGCGTTa < 1:127120/141‑1 (MQ=255) cAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGTTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCATAGGCGTTAAAt > 2:363877/1‑141 (MQ=255) cAAGAACTGCAGGTCCAAAAGAAACACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCATAGGCGTTAAATCtt < 2:58062/141‑1 (MQ=255) aGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCATAGGCGTTAAATCTTTa > 1:449138/1‑141 (MQ=255) aaCTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCATAGGCGTTAAATCTTTAcc < 1:541204/141‑1 (MQ=255) aaCTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCATAGGCGTTAAATCTTTAcc > 1:324890/1‑141 (MQ=255) aaCTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCATAGGCGTTAAATCTTTAcc > 2:641358/1‑141 (MQ=255) tGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCATAGGCGTTAAATCTTTACCGAc < 2:449138/141‑1 (MQ=255) gCAGGTCCAGTTGCTGCACCGAAAAGTGCTAGTCGTAGTGAAGCTTTTCTAACCCAACCTGGGAGTTGTGTAAGTATATCAACTAGTGTTGTGAAACGTTCCGCTCCGGCTCTAATCGTTGGCGTTAGAGGTTTACCGGCt > 2:2387/1‑141 (MQ=255) | TGTTTGAAGACCTAAAGATTTCATTGCTTTTGAATTAGTATTTGAAAGGATTGTATTTTCAGCAATACGTCTATTTAATGACGCATATCCTTTAGCAGCACTTCCAACTGTACGTATTAATAACCCTCCAGCAAGAACTGCAGGTCCAATTGCTGCACCAAAAAGTGCTAATCCTACTGAAGCTTTTCTAACCCAACCAGGGAGATGTGTAAATCCATCAACTAATTTTGTTAAACCTTCCGCTCCTGCTCTAATCATAGGCGTTAAATCTTTACCGACT > CP000730/1575378‑1575657 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |