| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,779,813 | C→T | 8.2% | intergenic (‑1838/+1411) | tig ← / ← lysP | peptidylprolyl isomerase/APC family amino acid‑polyamine‑organocation transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,779,813 | 0 | C | T | 8.2% | 180.4 / 6.2 | 61 | intergenic (‑1838/+1411) | tig/lysP | peptidylprolyl isomerase/APC family amino acid‑polyamine‑organocation transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/32); new base T (3/2); total (27/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
TTGTTCATCAAATTTAGACATCGTATAAAACTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTTCTGATAACATTTTACGGTTAATGTCGATACCAGCTTTTTTCAAACCGTTC > CP000730/1779674‑1779953 | ttGTTCATCAAATTTAGACATCGTATAAAACTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGcc < 1:88562/141‑1 (MQ=255) tcaAATTTAGACATCGTATAAAACTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCtt < 1:222577/141‑1 (MQ=255) tAGACATCGTATAAAACTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGGCATTGTCATCTCTTTTTtatt < 1:658696/141‑2 (MQ=255) aGACATCGTATAAAACTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGGCATTGTCATCTCTTTTTtattt > 1:70065/1‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) cctcACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAg > 1:255882/1‑141 (MQ=255) cctcACTTTAAAGCTTGTTCTCTTAAATGCATTCTACCAAATCTGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATATTGCTATTTAAACAATAAAAAAGCGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAg < 2:11950/141‑1 (MQ=255) ctcACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGc > 2:260790/1‑141 (MQ=255) tcACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCa < 1:673965/141‑1 (MQ=255) tttAATGTTTGTTATCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGACATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATctt < 1:70543/141‑1 (MQ=255) ttgaTGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATcttt < 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(MQ=255) cATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCa < 1:581273/141‑1 (MQ=255) aGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCt > 2:204776/1‑141 (MQ=255) aaTATATCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATATTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCttttt < 2:639334/141‑1 (MQ=255) gTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCa > 1:556853/1‑141 (MQ=255) atTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAAt < 1:457641/141‑1 (MQ=255) ttAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGc < 1:120494/141‑1 (MQ=255) ttAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGc < 1:290922/141‑1 (MQ=255) ttAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATCGc < 2:270156/141‑1 (MQ=255) aGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGa > 1:247659/1‑141 (MQ=255) aGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGa > 1:472858/1‑141 (MQ=255) aGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTAATAATTGAGCAAATGCTTTATCGTAAGAAATTGCGa > 2:494912/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) taaaaaataaaaaaGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTTCTGATAACATTTTACGGTTAATGt < 1:142164/141‑1 (MQ=255) aataaaaaaGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTTCTGATAACATTTTACGGTTAATGTCGATa > 1:468856/1‑141 (MQ=255) ataaaaaaGAGATGACAATGCCGTCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTAAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTTCTGATAACATTTTACGGTTAATGTCGATat < 2:390197/141‑2 (MQ=255) ataaaaaaGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTTCTGATAACATTTTAc < 2:596708/126‑1 (MQ=255) ataaaaaaGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTTCTGATAACATTTTAc > 1:596708/1‑126 (MQ=255) taaaaaaGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTTCTGATAACATTTTACGGTTAATGTCGATAcc < 1:260790/141‑1 (MQ=255) 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1:494708/141‑1 (MQ=255) ccATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTTCTGATAACATTTTACGGTTAATGTCGATACCAGCTTTTTTCAAACCGTTc < 1:683912/141‑1 (MQ=255) | TTGTTCATCAAATTTAGACATCGTATAAAACTCCTCACTTTAATGTTTGTTCTCTTAAATGCATTTTAGCAAATATGTCATATTTTAGCGATTAAATGTGGCATTTTGCTATTTAAAAAATAAAAAAGAGATGACAATGCCATCTCTTTTTTATAAGTGTTATTATTTTAAAGCATCTTTAGCTTTAGTTACTAATTGAGCAAATGCTTTTTCGTCAGAAATTGCGATTTCTGATAACATTTTACGGTTAATGTCGATACCAGCTTTTTTCAAACCGTTC > CP000730/1779674‑1779953 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |