| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 1040370 | 52 (0.740) | 5 (0.080) | 5/242 | 9.1 | 9.1% | intergenic (‑6787/‑919) | USA300HOU_0983/USA300HOU_0984 | competence protein/glycosyltransferase |
| ? | CP000730 | = 1040397 | 53 (0.840) | intergenic (‑6814/‑892) | USA300HOU_0983/USA300HOU_0984 | competence protein/glycosyltransferase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACACATGATATGGCTATTGCAAATCAATGTGACGAAATAATAGATTTAGAACAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGATTTTTCGTTTTAATATAGCAAAAAACAATGAC > CP000730/1040262‑1040534 | acacATGATATGGCTATTGCAAATCAATGTGACGAAATAATAGATTTAGAACAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGAt > 1:843788/1‑141 (MQ=255) tatGGCTATTGCAAATCAATGTGACGAAATAATAGATTTAGAACAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCtttt < 1:724041/141‑1 (MQ=255) atGGCTATTGCAAATCAATGTGACGAAATAATAGATTTAGAACAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTta > 1:277457/1‑141 (MQ=255) gCTATTGCAAATCAATGTGACGAAATAATAGATTTAGAACAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATAc < 1:637093/141‑1 (MQ=255) cTATTGCAAATCAATGTGACGAAATAATAGATTTAGAACAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACt > 1:374619/1‑141 (MQ=255) aTTGTAAATCAATGTGACGAAATAATAGATTTAGAACAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATAAATGGGAAATGTTTACTTCAACA‑CTCCTTTTGATTGTCTTTTATATtgt > 2:141570/1‑141 (MQ=255) aTTGCAAATCAATGTGACGAAATAATTGATTTAGAACAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACtgt < 1:90202/141‑1 (MQ=255) tGCAAATCAATGTGACGAAATAATAGATTTAGAACAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGCTATCCATCAGATACCATTCACAGTCTATCGCTGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTgtgt < 1:83666/141‑1 (MQ=255) gCAAATCAATGTGACGAAATAATAGATTTAGAACAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGtt > 1:269656/1‑141 (MQ=255) aaTCAATGTGACGAAATAATAGATTTAGAACAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACt > 1:529974/1‑141 (MQ=255) tCAATGTGACGAAATAATAGATTTAGAACAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTaa < 2:48593/141‑1 (MQ=255) tCAATGTGACGAAATAATAGATTTAGAACAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTaa > 2:577587/1‑141 (MQ=255) cAATGTGACGAAATAATAGATTTAGAACAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAg < 1:743722/141‑1 (MQ=255) gAAATAATAGATTTAGAACAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAAACGG‑AGTGTTGAAGTCAACATTTCCCATTGATTGGCTTTtaat > 1:730749/1‑117 (MQ=17) gAAATAATAGATTTAGAACAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAAACGG‑AGTGTTGAAGTCAACATTTCCCATTGATTGGCTTTtaat < 2:730749/119‑3 (MQ=17) taGATTTAGAACAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCGAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTaacaac > 1:726320/1‑141 (MQ=255) cAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGaa > 2:569258/1‑141 (MQ=255) cAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGaa < 2:655035/141‑1 (MQ=255) aGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGaaa > 2:172269/1‑141 (MQ=255) aGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTAGGAAAGTAACAACGGCAAACTGaaa > 2:212938/1‑141 (MQ=255) taGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGaaaaaaa < 2:564820/141‑1 (MQ=255) gAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGc > 2:468940/1‑141 (MQ=255) gTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAatat > 1:779851/1‑141 (MQ=255) tAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAAtata < 2:529974/141‑1 (MQ=255) aGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGNAATataa > 2:632993/1‑141 (MQ=255) gCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATataat > 2:400371/1‑141 (MQ=255) cATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATataata > 2:767398/1‑141 (MQ=255) cAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGAtt > 2:166720/1‑141 (MQ=255) aaGATAAAATTAAAAGCAAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGt > 1:772166/1‑141 (MQ=255) aGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAATGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGta > 1:237543/1‑141 (MQ=255) aTAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGtaat < 1:347606/141‑1 (MQ=255) aaaaTTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGtaataa > 1:447871/1‑141 (MQ=255) aaaTTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATaaa > 2:536501/1‑141 (MQ=255) tAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGACTTTTATACTGTGTAACTAAGTTATGAAAGTAACAAAGAAAAAAAGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTa < 2:176390/141‑1 (MQ=255) aaaGCCAATCAATGGGAATAGTTGACTTCAACT‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAAt < 1:91721/141‑1 (MQ=255) gCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGa < 2:782275/141‑1 (MQ=255) gCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACAGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGa < 2:374619/141‑1 (MQ=255) ccAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGAt > 2:40902/1‑141 (MQ=255) ccAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGAt > 2:709386/1‑141 (MQ=255) atcaatGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGAtttt < 1:190612/141‑1 (MQ=255) caatGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGATTTTTc < 1:400371/141‑1 (MQ=255) caatGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGATTTTTc < 1:362057/141‑1 (MQ=255) atGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGAtttttttt > 2:419662/1‑138 (MQ=255) atGGAAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGACAAAAAAAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGATTTTTCGt < 2:257761/141‑1 (MQ=255) ggAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTATTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACAGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGATTTTTCGattt > 1:677788/1‑141 (MQ=255) tGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGATTTTTCGTTTTAatat < 2:81400/141‑1 (MQ=255) tGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGATTTTTCGTTTTAatat < 1:767398/141‑1 (MQ=255) gTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGATTTTTCGTTTTAAtata > 2:10574/1‑141 (MQ=255) gTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGATTTTTCGTTTTAAtata > 1:834732/1‑141 (MQ=255) gTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAAAAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGATTTTTCGTTTTAAtata > 2:642045/1‑141 (MQ=255) ttGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACtgt > 1:767062/1‑38 (MQ=255) ttGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACtgt < 2:767062/38‑1 (MQ=255) tGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGATTTTTCGTTTTATTATAGc > 2:271297/1‑141 (MQ=255) gACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGATTTTTCGTTTTAATATAGCa < 1:536501/141‑1 (MQ=255) gACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGATTTTTCGTTTTAATATAGCa < 1:256219/141‑1 (MQ=255) gACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGAAAACTAAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGATTTTTCGTTTTAATATAGCa < 2:110985/141‑1 (MQ=255) a‑cTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGGTAATAATTTGGGTAAGTTACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGATTTTTCGTTTTAATATAGCAAAAAACAAt > 2:464259/1‑141 (MQ=255) ccGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGATTTTTCGTTTTAATATAGCAAAAAACAATGAc > 1:732084/1‑141 (MQ=255) | ACACATGATATGGCTATTGCAAATCAATGTGACGAAATAATAGATTTAGAACAGTATAGAAAAGTAGCATCTATGTGATATCCAAAAGATAAAATTAAAAGCCAATCAATGGGAAATGTTGACTTCAACA‑CTCCGTTTGATTGGCTTTTATACTGTGTTACTAAGTTATGAAAGTAACAACGGCAAACTGAAAAAAAGCAATATAATAATATTTAATACGATTAGTAATAAATGTAATTGATTTTTCGTTTTAATATAGCAAAAAACAATGAC > CP000730/1040262‑1040534 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |