| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 36,087 | 0 | A | G | 58.4% | 329.6 / inf | 423 | C155C (TGT→TGC) | tpn | IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (105/70); new base G (119/127); total (226/197) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 425 total aligned reads displayed.
GCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTG > CP000730/35940‑36233 | acGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑a > 2:336573/2‑148 (MQ=255) ttCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGt > 1:118239/1‑148 (MQ=255) tttttATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAg > 1:41529/1‑148 (MQ=255) tttATATAGAGCGAAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGgt > 1:13730/1‑148 (MQ=255) tataGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGgtttaa > 2:7483/1‑148 (MQ=255) gagCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGgtttaagttt > 1:374888/1‑148 (MQ=255) agCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGgtttaagttta > 2:140598/1‑148 (MQ=255) gCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGgtttaagtttaa > 2:261622/1‑148 (MQ=255) gCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGgtttaagtttaa < 2:345844/148‑1 (MQ=255) gCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGgtttaagtttaa < 1:92875/148‑1 (MQ=255) cGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATCCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTaaa > 2:157185/1‑148 (MQ=255) cGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTaaa > 2:186086/1‑148 (MQ=255) cGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTaaa > 2:115226/1‑148 (MQ=255) gTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTaaaa > 2:301078/1‑148 (MQ=255) aaaTACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGc < 1:263745/148‑1 (MQ=255) tACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCttt > 1:409680/1‑148 (MQ=255) tACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCttt < 1:110847/148‑1 (MQ=255) tCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATCCCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTa < 1:23584/148‑1 (MQ=255) tCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTa < 1:27918/148‑1 (MQ=255) tCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTa < 2:289572/148‑1 (MQ=255) tCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTATAAGCTTTAATTa > 2:264455/1‑148 (MQ=255) tCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTa > 1:358521/1‑148 (MQ=255) tCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTa < 1:306367/148‑1 (MQ=255) cAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTat < 1:195003/148‑2 (MQ=255) aCCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTa > 1:224626/1‑148 (MQ=255) aCCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTa > 1:331453/1‑148 (MQ=255) aCCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTa > 1:353041/1‑148 (MQ=40) aCCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTa > 2:163325/1‑148 (MQ=255) ttttAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATGTCTAGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTAGATGTACAATG‑ACAGTCGGGTTTAAGTTTAAAGGCTTTAATTATTTTAGcc < 2:17303/148‑1 (MQ=14) tttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCa > 1:175729/1‑148 (MQ=255) tttAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCa > 2:214030/1‑148 (MQ=255) ttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAt < 2:119381/148‑1 (MQ=255) aaGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGc < 2:170818/148‑1 (MQ=255) aGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCt > 1:181211/1‑148 (MQ=255) gTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTa > 1:59425/1‑148 (MQ=255) cTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTc < 2:363279/148‑1 (MQ=255) gccgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTg < 1:140679/145‑1 (MQ=14) ccgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGa < 1:19107/146‑1 (MQ=255) aTTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGt < 1:184207/148‑1 (MQ=255) ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTg < 1:129269/148‑1 (MQ=255) gaaaCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGTTGcc > 1:379256/4‑148 (MQ=255) tACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTg > 1:402649/1‑148 (MQ=255) tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATTTTCCGGTG‑ATGATGCGCTGTGATGTTGTATTGGAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCGACCTTCGTTGAAGGTGCCtt > 1:247017/1‑147 (MQ=2) tACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTCCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg < 1:282127/148‑1 (MQ=255) aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGa > 2:407039/1‑148 (MQ=255) cTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGAt < 1:51139/148‑1 (MQ=255) tGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATCTGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTg < 1:188210/148‑1 (MQ=255) cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTa > 1:3177/1‑148 (MQ=255) tGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAcc < 1:208503/148‑1 (MQ=255) tGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTAcc < 1:257127/148‑1 (MQ=255) gTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt > 2:328160/1‑148 (MQ=255) tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtt < 2:57198/148‑1 (MQ=255) ctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCttt > 1:163292/1‑148 (MQ=255) tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt < 2:100240/148‑1 (MQ=255) tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt < 2:251300/148‑1 (MQ=255) ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTg > 2:239270/1‑148 (MQ=255) ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTg > 2:393468/1‑148 (MQ=255) ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTg > 2:355000/1‑148 (MQ=255) tACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGt > 2:384540/1‑148 (MQ=255) aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGtt < 1:268608/148‑1 (MQ=255) cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGttt > 1:104241/1‑148 (MQ=255) tAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGGTGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAACAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc < 2:231465/148‑1 (MQ=11) tAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc < 2:86137/148‑1 (MQ=25) tAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAcc > 2:91954/1‑148 (MQ=11) tAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAcc > 1:68645/1‑148 (MQ=11) tAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGATTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAcc > 2:412814/1‑148 (MQ=11) atGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAAt > 1:57562/1‑148 (MQ=11) gACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTg < 2:224626/148‑1 (MQ=21) cGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGtt > 2:107959/1‑148 (MQ=11) cGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGtt > 1:336399/1‑148 (MQ=11) ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGttt < 1:301776/148‑1 (MQ=11) gTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGCTATTTCGATGTACAATG‑GCCGTCAGGTGTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTa < 1:81548/148‑1 (MQ=11) tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGACTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTaa > 2:318708/1‑148 (MQ=11) tGATCTTACTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTaa > 1:392153/1‑148 (MQ=11) gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt < 1:312652/148‑1 (MQ=17) tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATga > 2:13508/1‑148 (MQ=12) tGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGAc > 1:149709/1‑148 (MQ=17) gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACg < 1:243608/148‑1 (MQ=11) cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTACTTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAGATTGTTTAATGAGACGt < 2:51220/148‑1 (MQ=255) cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt > 1:227720/1‑148 (MQ=17) tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt > 2:375988/1‑148 (MQ=12) cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt < 1:167757/148‑1 (MQ=255) ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaa > 2:24606/1‑148 (MQ=11) gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAc < 1:213413/148‑1 (MQ=255) gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAAc < 2:205834/148‑1 (MQ=32) tATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc > 2:400619/1‑148 (MQ=12) tATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGc > 1:343220/1‑148 (MQ=11) cAGATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTACTGAGACGTTTGACAAACGCctat > 2:325462/1‑148 (MQ=11) gATATTTCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc > 1:396429/1‑148 (MQ=12) tCGATGTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg > 2:150594/1‑148 (MQ=12) cGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa > 2:372971/1‑148 (MQ=11) aTGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt < 2:46490/148‑1 (MQ=11) gTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAt > 2:254886/1‑148 (MQ=12) gTACAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAt > 2:70262/1‑148 (MQ=17) aCAATG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAtct < 2:181864/148‑1 (MQ=12) cAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAtctc < 2:283249/148‑1 (MQ=11) aaTG‑GCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCg < 1:322619/148‑1 (MQ=2) aaTG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCg > 1:219988/1‑148 (MQ=11) aaTG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCg > 1:72588/1‑148 (MQ=255) aTG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGt < 2:129016/148‑1 (MQ=11) | GCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATG‑ACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTG > CP000730/35940‑36233 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |