| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,710,898 | (T)6→7 | coding (29/1812 nt) | oatA ← | possible acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,710,892 | 1 | . | T | 95.7% | 291.4 / 6.5 | 95 | coding (35/1812 nt) | oatA | possible acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base T (54/36); total (56/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
ATAACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCTTA > CP000730/2710753‑2711027 | aTAACCTGAAAGAACGAAGAATGTATGTACTCCTAAAAAGCCCCCACGTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGCTAAGTATCGCGGGGAACACA‑t > 2:663580/1‑141 (MQ=255) aCCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑ttt‑t > 2:8565/1‑141 (MQ=255) ccTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑ttt‑tt < 1:497753/141‑1 (MQ=255) tGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑ttt‑tttt < 2:16614/141‑2 (MQ=255) 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1:394897/141‑1 (MQ=255) aTACA‑TTTCTTTCTAAACGTTTAAAATCATTTGTATCCATGTTAATACACGCCCCATTTATTCTTCTATATTTTGTAGCATCTCAAAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCtta < 1:697874/141‑1 (MQ=255) | ATAACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTT‑TTTCTAAACGTTTAAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCATTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCTTA > CP000730/2710753‑2711027 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |