| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 1205383 = | 105 (0.960) | 85 (0.960) +TTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCG |
8/218 | 11.5 | 55.9% | intergenic (+519/‑305) | yfiE/lspA | possible lactoylglutathione lyase/A8 family signal peptidase II |
| ? | CP000730 | 2478476 = | 60 (0.550) | intergenic (+363/+708) | USA300HOU_2340/htrB | hypothetical membrane protein/hemin ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
ATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGTCCCTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACA > CP000730/2478336‑2478612 | aTGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGTCCCTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTg < 1:1032930/141‑1 (MQ=35)aTGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGTCCCTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTg < 1:525888/141‑1 (MQ=37)aTGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGTCCCTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTg > 1:1269939/1‑141 (MQ=37) tGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGTCCCTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGt > 1:1008924/1‑141 (MQ=35) tGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGTCCCTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGt < 2:698526/141‑1 (MQ=35) tGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGTCCCTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGt > 1:1305551/1‑141 (MQ=35) cccATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGTCCCTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCt < 1:154299/141‑1 (MQ=35) aTCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGTCCCTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCg > 2:1316154/1‑141 (MQ=33) cTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGTCCCTTCCTATGGTGCCGTCTCAGCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGAc > 1:200239/1‑141 (MQ=17) cTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGTCCCTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGAc > 2:11755/1‑141 (MQ=32) tGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGTCCCTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACt > 2:683576/1‑141 (MQ=32) gCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGTCCCTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTgg > 2:1332994/1‑141 (MQ=11) ccGTCTCAGCCACCCCTACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTACCGCGTCGCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACtttt < 1:1014265/141‑1 (MQ=11) gTCTCAGCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTaa > 2:555867/1‑141 (MQ=32) aGCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACt < 1:683576/141‑1 (MQ=33) gCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACtt < 1:893841/141‑1 (MQ=34) gCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACtt > 1:236398/1‑141 (MQ=34) gCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACtt < 2:708070/141‑1 (MQ=34) cACCCCGCCCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCTCTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTa < 1:1087053/141‑1 (MQ=255) cACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTa < 1:1035786/141‑1 (MQ=35) cACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTa > 1:817745/1‑141 (MQ=35) cACCCCAACAAGCACCTTGATGAAACCTGCCTATATGTTAGCGCCTGTGTTGGTGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTa < 1:1308014/141‑1 (MQ=11) ccccAACCGGCGCAGTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCACGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTaaa > 2:420122/1‑141 (MQ=255) aaCCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTaaaaaaa < 2:1036038/141‑1 (MQ=39) ccGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATa > 1:322235/1‑141 (MQ=40) ggCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAg > 2:19508/1‑141 (MQ=255) cacaTTGTTGTAGGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGGCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGTAGTCTCGCAATTAATACTACGTATTCACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAACAAAATAAGac > 2:336442/1‑141 (MQ=14) cacaTTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTTGGGCCCCTTTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGCGTCTCGCCATTAATCCTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTCTAAAAAAATAATac > 2:34855/1‑141 (MQ=14) cacaTTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGac < 1:854731/141‑1 (MQ=255) cacaTTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGac > 1:587070/1‑141 (MQ=255) cacaTTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGac > 1:975460/1‑141 (MQ=255) cacaTTGTTGTAAGCTGACGATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGac > 2:1310952/1‑141 (MQ=255) aTTGTTGTAAGCTGACTATCGGGCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACt < 1:11755/141‑1 (MQ=255) tgttgtAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACttt < 1:654351/141‑1 (MQ=255) aaGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACt < 1:483852/115‑1 (MQ=34) aaGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACt > 2:483852/1‑115 (MQ=34) aGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGCGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAAc > 2:205303/1‑141 (MQ=255) aGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAAc < 2:876478/141‑1 (MQ=255) tGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTa < 1:329316/141‑1 (MQ=255) acatatagTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAg > 2:811009/8‑141 (MQ=255) aCTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAg < 1:171805/141‑1 (MQ=255) atatGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCa < 2:1269939/141‑1 (MQ=255) atGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCAgg > 1:121356/1‑141 (MQ=255) atGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCAgg < 1:792604/141‑1 (MQ=255) gTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACGTGTAATTTTACTTTGAAATACTTTAAAAAAATaa < 2:955196/114‑1 (MQ=255) gTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACGTGTAATTTTACTTTGAAATACTTTAAAAAAATaa > 1:955196/1‑114 (MQ=255) cAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCAGGATAc > 1:93604/1‑141 (MQ=255) cAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCAGGATAc > 2:76292/1‑141 (MQ=255) cAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCAGGATAc > 2:628760/1‑141 (MQ=255) aGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCAGGATACa < 2:1305551/141‑1 (MQ=255) aGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCAGGATACa < 2:1008924/141‑1 (MQ=255) ttCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGCGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAAtt < 1:568649/141‑1 (MQ=255) ggggCCCCTGTCTTCGACTGGCCCTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAg < 2:411609/141‑1 (MQ=255) gggCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATTCTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGc < 1:559342/141‑1 (MQ=255) gggCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGc > 2:285548/1‑141 (MQ=255) gggCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGc < 1:1234284/141‑1 (MQ=255) ggCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCg < 2:828338/141‑1 (MQ=255) ggCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATAATTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCg > 1:827152/1‑141 (MQ=255) gCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGa > 1:914775/1‑141 (MQ=255) cccTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACa > 2:909155/1‑141 (MQ=255) | ATGCCCATCTGGCACATTACTGTAAAATTCTATAAATAGAATTTTTGATGACGGGTCCCTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCACCCCAACCGGCACATTGTTGTAAGCTGACTATATGTCAGCTTCTGTGTTGGGGCCCCTGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTAAATACTTTAAAAAAATAAGACACTTTGGCCAACTTAAGCCAGGATACAATTTACAAATAGCGACA > CP000730/2478336‑2478612 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |