BRESEQ :: Evidence

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	512,643	0	A	G	54.3%	28.8 / 119.9	105	intergenic (+711/‑150)	recR/rrs1	recombination protein RecR/16S ribosomal RNA
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/14); new base G (24/33); total (58/47)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.54e-03
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.62e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 111 total aligned reads displayed.

GGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATC  >  CP000730/512504‑512779

ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                                          <  2:453303/141‑1 (MQ=255)

 gtgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                                                         <  1:143448/141‑1 (MQ=255)

  tgtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaata                                                                                                                                        >  2:450924/1‑141 (MQ=255)

   gaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctggagtagaacgttaccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaagtggacaagataaAAAAAGTTATTTACTTAAATGTtgataa                                                                                                                                       <  2:530178‑M1/28‑1 (MQ=255)

     aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATaaaa                                                                                                                                     >  1:537655/1‑141 (MQ=255)

         aagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGta                                                                                                                                 >  1:85393‑M1/108‑141 (MQ=255)

          ttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtat                                                                                                                                >  1:221850/1‑141 (MQ=255)

           gctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtata                                                                                                                               <  2:335043‑M1/36‑1 (MQ=255)

               gttggtAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTATTGAGACAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAACGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGAAtaatta                                                                                                                           <  2:122965/141‑1 (MQ=255)

                  agcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATaattaatt                                                                                                                        <  1:14849‑M1/43‑1 (MQ=255)

                    tAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                                      <  1:161619/141‑1 (MQ=255)

                      tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTg                                                                                                                    <  1:557621‑M1/47‑1 (MQ=255)

                       gCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGt                                                                                                                   >  1:510662/1‑141 (MQ=255)

                        gatggtagtcgaacttacgttccgctagagaagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTc                                                                                                                  <  1:288251‑M1/49‑1 (MQ=255)

                         aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTAAGGCAAACAAAACACCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                                                 >  2:74662/1‑141 (MQ=255)

                          tggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCgg                                                                                                                <  2:62702‑M1/51‑1 (MQ=255)

                           ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                                               >  1:95439‑M1/90‑141 (MQ=255)

                           agagcgtaaagatacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                                               >  1:311893‑M1/90‑141 (MQ=255)

                             tagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaa                                                                                                             >  1:536317‑M1/88‑141 (MQ=255)

                              agtcgaacttacgttaagctagagtagaacgttgccaggcagttttttaataaaattttggttaaaaaataaaaaaaaaaaaaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                                            >  2:126680‑M1/87‑141 (MQ=255)

                               gtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑a                                                                                                          <  2:32960‑M1/56‑1 (MQ=255)

                                 aGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑aaa                                                                                                        >  2:416302/1‑141 (MQ=255)

                                  gaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑aaaa                                                                                                       >  1:374875‑M1/83‑141 (MQ=255)

                                   ccTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑aaaaa                                                                                                      >  1:128033/1‑141 (MQ=255)

                                    cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAAt                                                                                                     >  1:186214/1‑141 (MQ=255)

                                    acttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAAt                                                                                                     <  2:153402‑M1/61‑1 (MQ=255)

                                    acttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAAt                                                                                                     <  2:153391‑M1/61‑1 (MQ=255)

                                       tataGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGaa                                                                                                  >  1:300837/1‑141 (MQ=255)

                                       tacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGaa                                                                                                  >  2:560614‑M1/78‑141 (MQ=255)

                                          aGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACAt                                                                                               <  1:234187/141‑1 (MQ=255)

                                           ttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACAtt                                                                                              >  2:96914‑M1/74‑141 (MQ=255)

                                           ttcagctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggaaaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACAtt                                                                                              >  2:138762‑M1/74‑141 (MQ=255)

                                            tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTg                                                                                             >  1:243313‑M1/73‑141 (MQ=255)

                                            tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatgaaaaaaaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTg                                                                                             >  2:420051‑M1/73‑141 (MQ=255)

                                            tcagatagagaagaacgtagccatgcagtttattaataaaatattagttaaaaaataaaataaaaaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTg                                                                                             >  2:374617‑M1/73‑141 (MQ=255)

                                                   gagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                                      >  1:335043‑M1/66‑141 (MQ=255)

                                                     gtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtgataa                                                                                                                                       >  1:305109‑M1/64‑91 (MQ=255)

                                                     gtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtgataa                                                                                                                                       <  2:305109‑M1/28‑1 (MQ=255)

                                                     gtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGaa                                                                                    >  2:238092‑M1/64‑141 (MQ=255)

                                                        gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATCGAAAACTGAATGa                                                                                 <  2:362526‑M1/81‑1 (MQ=255)

                                                              tgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                                           <  1:65003‑M1/87‑1 (MQ=255)

                                                              tgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                                           <  1:25257‑M1/87‑1 (MQ=255)

                                                              aacaaaacaaCTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAatat                                                                           >  1:519026/1‑141 (MQ=255)

                                                               gccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATg                                                                          <  1:447607‑M1/88‑1 (MQ=255)

                                                                   agcaatattttaataaaatttaggttaaaaaataaaatggaaaaaataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                                      >  2:234178‑M1/50‑141 (MQ=255)

                                                                   aacaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                                      >  1:135464/1‑141 (MQ=255)

                                                                   aacaacTCAACTTAAGAAATAACTGGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                                      >  2:330023/1‑141 (MQ=255)

                                                                      aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                                                   >  2:202256/1‑141 (MQ=255)

                                                                          ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                                               <  1:234178‑M1/99‑1 (MQ=255)

                                                                          caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                                               >  2:330878/1‑141 (MQ=255)

                                                                             taatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                                            <  2:250492‑M1/102‑1 (MQ=255)

                                                                             taatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGCAAG‑AAAAATGAACATTAAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                                            <  2:164820‑M1/102‑1 (MQ=255)

                                                                             ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcc                                                            <  2:102525/141‑1 (MQ=255)

                                                                               atcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagacaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAGAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTCAATTCCaa                                                          <  2:355387‑M1/104‑1 (MQ=255)

                                                                                  gAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATGCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                                       >  2:575200/1‑141 (MQ=255)

                                                                                    aaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAAc                                                     >  1:479780/1‑141 (MQ=255)

                                                                                     aTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACg                                                    >  2:193630/1‑141 (MQ=255)

                                                                                      tttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                                               <  2:304551‑M1/52‑1 (MQ=255)

                                                                                      tttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                                               >  1:304551‑M1/31‑82 (MQ=255)

                                                                                       aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa                                                  >  2:105233/1‑141 (MQ=255)

                                                                                        tggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa                                                 <  1:305925‑M1/113‑1 (MQ=255)

                                                                                        tggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTaa                                                 <  1:210388‑M1/113‑1 (MQ=255)

                                                                                         cTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                                                <  1:554057/141‑1 (MQ=255)

                                                                                             aaTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata                                            >  1:532450/1‑141 (MQ=255)

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                                                                                                             taattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAA‑AAAAAGGAACAGTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattatt                            <  1:435047/141‑1 (MQ=255)

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                                                                                                              aattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt                           >  2:255900/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                              aaacaaaaaaaGCTATCGATTTAAAAGTTGATAAAAATCATAAGTAACTCTTGTCAGTAAT‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATGTATCAACATTAATTCCAAAAACCGTAACTATCAGTTACAAGCATTAttt                           <  2:168115/135‑1 (MQ=12)

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                                                                                                                   tAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt                      >  1:368897/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                   aAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAt                      <  1:129463‑M1/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                     aaaaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAttt                    <  2:403038/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                     aaaaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAttt                    >  1:285026/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                       aaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTAt                  <  1:35442/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                         gttgttGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATg                 >  1:356431/5‑141 (MQ=255)

                                                                                                                         gTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGa                <  2:77721/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                         gTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGa                >  1:271491/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                         gTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGGAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAGAAACATTATTTAGTATTTATGa                >  1:499717/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                          ttATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAGTTAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg               <  2:287657/141‑1 (MQ=21)

                                                                                                                          ttATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg               <  2:187444/141‑1 (MQ=21)

                                                                                                                           tATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc              <  2:402452/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           tATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc              >  2:478967/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                           tATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc              <  2:512221/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           tATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc              <  1:202256/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                             ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                                              >  1:578677/1‑91 (MQ=255)

                                                                                                                             ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                                              <  2:578677/91‑1 (MQ=255)

                                                                                                                             ttGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGCATTTATGAGCTa            >  2:270607/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                               gACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCCaaa          >  1:471551/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                                      aTGTTGATAAAATGTATAATTAATTATTGTCGGTAAG‑AAAAATAAACATTAAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcat   >  2:264986/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                       tGTTGATAAAATGTATCATGAAGTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatc  <  1:153391/141‑1 (MQ=255)

GGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAG‑AAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATC  >  CP000730/512504‑512779

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`