| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,710,898 | (T)6→7 | coding (29/1812 nt) | oatA ← | possible acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,710,892 | 1 | . | T | 93.2% | 216.9 / 11.3 | 73 | coding (35/1812 nt) | oatA | possible acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/4); new base T (39/29); total (40/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
AATAACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCTTAATTAA > CP000730/2710752‑2711032 | aaTAACCTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACa > 2:250555/1‑141 (MQ=255) ccTGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑ttttt > 2:648729/1‑141 (MQ=255) tGAAATAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑ttttttt < 2:657390/141‑2 (MQ=255) aaTAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCGGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTTCTaa < 1:838323/141‑1 (MQ=255) aTAACGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑tttttttctaa < 2:225570/141‑6 (MQ=255) aCGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑ttttttttttttct > 2:696855/1‑133 (MQ=255) cGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGt > 1:884522/1‑141 (MQ=255) cGAAGAATGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGt > 2:266700/1‑141 (MQ=255) gaagaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTATTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGtt > 2:968099/1‑141 (MQ=255) agaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCGGGTAAGTATCGCGGGGAATACA‑TTTTTTCTAAACGTTT‑aa < 1:691653/141‑1 (MQ=255) agaaTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑a < 2:441049/141‑1 (MQ=255) aTGTATCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAg < 1:195446/141‑1 (MQ=255) aTCTACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCtt > 1:633187/1‑141 (MQ=255) tACTCCTAAGAAGCCCCCGCGGAACCAGTGGTCATTCAAGTGATAAATAAGGAGTCCTAGAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCCGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTg < 1:461337/141‑1 (MQ=255) tACTCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTg < 1:968099/141‑1 (MQ=255) tCCTAAANAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCGGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTAt < 2:759140/141‑1 (MQ=255) tCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTAt > 1:231554/1‑141 (MQ=255) tCCTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATGCCTAGAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTAt < 1:461296/141‑1 (MQ=255) ccTAAAAAGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATc < 1:562344/141‑1 (MQ=255) aaGCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGtt < 1:955063/141‑1 (MQ=255) gCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTtaa > 2:84901/1‑141 (MQ=255) gCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTtaa > 2:340363/1‑141 (MQ=255) gCCCCCACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTtaa < 2:70822/141‑1 (MQ=255) ccccACTTAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGttggaa > 1:347532/1‑137 (MQ=255) cccACTGAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTtaataa > 2:876136/1‑141 (MQ=255) tAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGtt > 2:500789/1‑130 (MQ=255) tAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGtt < 1:500789/130‑1 (MQ=255) tAACCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGccc > 1:486160/1‑141 (MQ=255) aCCATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCa > 1:561212/1‑141 (MQ=255) cATTGTGCATTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCa‑tt > 1:841774/1‑141 (MQ=255) aTTCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTtc < 1:876136/141‑1 (MQ=255) tCAAGTGATAAATAATGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTtctc < 2:784098/141‑1 (MQ=255) 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1:738856/1‑141 (MQ=255) atGATTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAAGCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCata > 1:24280/1‑141 (MQ=255) aTTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATca < 1:161723/141‑1 (MQ=255) aTTCCTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATca < 1:648729/141‑1 (MQ=255) cTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAat > 2:356235/1‑141 (MQ=255) cTATAACTGCGAATGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAat > 2:79954/1‑141 (MQ=255) 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1:313604/1‑141 (MQ=255) aTGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaat < 2:48994/141‑1 (MQ=255) aTGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaat > 1:989854/1‑141 (MQ=255) tGCCCTCAATCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGaaaata > 1:187905/1‑141 (MQ=255) aaTCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATAtt > 2:281517/1‑141 (MQ=255) aaTCCATCTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATAtt > 2:281522/1‑141 (MQ=255) 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1:614343/1‑141 (MQ=255) cTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGa > 2:950004/1‑141 (MQ=255) cTAATCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGa > 2:334898/1‑141 (MQ=255) aaTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGAtt > 2:535569/1‑141 (MQ=255) aaTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGAtt > 2:855966/1‑141 (MQ=255) aaTCCAGGTAAGTATCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGAtt < 2:274962/141‑1 (MQ=255) 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1:311598/141‑1 (MQ=255) tCGCGGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGAtt > 2:1010910/1‑141 (MQ=255) tCGCGGGGAATACA‑TTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGAttt > 2:918618/1‑141 (MQ=255) cgcgGGGAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTAATTAATTGAttt < 1:356235/141‑1 (MQ=255) ggAATACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAAccc < 1:950004/141‑1 (MQ=255) aTACATTTTTTTCTAAACGTTT‑AAAGTCTTTTGTATCCATGTTAATAAACGCCCCA‑TTTATTTTTCTCTATTTTGTAGCATATCACAATATTTTTGAAAATAAAATATTGCACTGATTTTCATTAATTGATTTAACCCtta > 2:877737/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |