| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,522,286 | A→G | P782P (CCT→CCC) | nirB ← | nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,522,286 | 0 | A | G | 96.0% | 326.2 / ‑1.8 | 101 | P782P (CCT→CCC) | nirB | nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/1); new base G (47/48); total (52/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AATAACCTTTTTTCCAATTAGGGGTGTTAATTCATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAAGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCATGGCGCTGTTCTTTCAGCAT > CP000730/2522151‑2522419 | aaTAACCTTTTTTCCAATTAGGGGTGTTAATTCATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTc < 1:216679/141‑1 (MQ=255) aaCCTTTTTTCCAATTAGGGGTGTTAATTCATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGc > 1:359646/1‑141 (MQ=255) cTTTTTTCCAATTAGTGGTGTTAATTCATTTTTAGTTGTCACTTTATTTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTACTCCACATCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTCATTGCTCCCCAGGGTTCAACTTc > 1:395885/1‑141 (MQ=255) tttttCCAATTAGGGGTGTTAATTCATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGa < 2:45984/141‑1 (MQ=255) ttttCCAATTAGGGGTGTTAATTCATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGAc > 1:918752/1‑141 (MQ=255) tttCCAATTAGGGGTGTTAATTCATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACt > 2:282489/1‑141 (MQ=255) ttCCAATTAGGGGTGTTAATTCATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTg > 2:533513/1‑141 (MQ=255) tCCAATTAGGGGTGTTAATTCATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGc < 2:824675/141‑1 (MQ=255) cAATTAGGGGTGTTAATTCATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCtt < 2:808586/141‑1 (MQ=255) ttttttttttgtTAATTCATCTATAGTTGTCACTTTATTTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAATTTTCTTCGTTCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAAGGTTCAGCTTCGACTGCttt > 2:351299/10‑141 (MQ=255) aaTTAGGGGTGTTAATTCATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTTTTTTTTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCttt > 2:739339/1‑141 (MQ=255) aTTAGGGGTGTTAATTCATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCATGGTTCAGCTTCGACTGCtttt > 2:272020/1‑141 (MQ=255) aTTAGGGGTGTTAATTCATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCtttt > 2:375443/1‑141 (MQ=255) ttAGGGGTGTTAATTCATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCttttt < 1:618302/141‑1 (MQ=255) gggTGTTAATTCATCTATAGTTGTCACTTTAAGTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGc < 2:673469/141‑1 (MQ=255) ggTGTTAATTCATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCa > 2:746924/1‑141 (MQ=255) gtgaTAAATCATCTGTAGTTGTCACTTTAATTTTTTGATTAATTTCGCTGTATTACTCATTCTCCTGTTAAATATTTCTACGATCATGAGCATAGCTAATTATTTCTTCTCAATGATCAACTTGGACTGCTTGTTTAGCAt > 2:327390/1‑141 (MQ=255) gtTAATTCATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATcc < 1:466237/141‑1 (MQ=255) aTTCATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATaa > 1:819146/1‑141 (MQ=255) cATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCTAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGc < 2:892853/141‑1 (MQ=255) cATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGc > 1:338039/1‑141 (MQ=255) cATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGc < 2:73366/141‑1 (MQ=255) cATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGc < 2:395018/141‑1 (MQ=255) tCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATTCGt > 2:858536/1‑141 (MQ=255) ataGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCa > 1:121937/1‑141 (MQ=255) aGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCaaa < 1:282489/141‑1 (MQ=255) gTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAAt < 2:371439/141‑1 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tATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGAct > 1:483813/1‑141 (MQ=255) ttACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGActtc < 1:223852/141‑1 (MQ=255) ttACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGActtc > 2:592253/1‑141 (MQ=255) ttACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGActtc > 2:592445/1‑141 (MQ=255) tACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGActtct > 1:537760/1‑141 (MQ=255) acacCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCaa > 1:713582/1‑102 (MQ=255) acacCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCaa < 2:713582/102‑1 (MQ=255) acacCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGActtctt > 1:404321/1‑141 (MQ=255) cacCTTCTCCGCTTCATAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCGATGATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCttt < 2:774700/141‑1 (MQ=255) cacCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCttt < 2:628235/141‑1 (MQ=255) ttCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACa < 1:46117/141‑1 (MQ=255) tctcCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACAt < 2:435145/141‑1 (MQ=255) 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aaTTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAg > 1:218563/1‑141 (MQ=255) tCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCTACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGtct > 2:4663/1‑141 (MQ=255) tACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGtcttc < 2:359646/141‑1 (MQ=255) gTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTa > 1:635596/1‑141 (MQ=255) ttGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCa < 2:397386/141‑1 (MQ=255) ttGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCa < 1:671235/141‑1 (MQ=255) gcgcATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCATg > 2:597958/1‑141 (MQ=255) gcgcATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCATg > 1:272261/1‑141 (MQ=255) gagcATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGATTCAGCTTCGACTGCTTATTTATCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTATGACTTCTTTTAAATTTTCAAATCCAACTATTCTTAACCATg > 2:270308/3‑141 (MQ=255) cATTGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCATGgcg > 2:349989/1‑141 (MQ=255) cATGGCTAGATATTGCTTCAAAGGGTTCAGCTATTACTTCTTTTTTAGCAGCCGCAAACCGTTCAAATAGTTCGTTTTGTCTTTCTGGGGCAAGTAAGACTTCCTCTACATTTTCAAATCCAAGTCTTGTTAACCaatgcg > 2:732496/1‑136 (MQ=255) tGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTGAAATGGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATGTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCATGGCGCTg < 2:572285/141‑1 (MQ=255) tGCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCATGGCGCTg < 2:222264/141‑1 (MQ=255) gCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCATGgc < 2:239947/136‑1 (MQ=255) gCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCATGgc > 1:239947/1‑136 (MQ=255) gCTAGTTATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCATGGCGCTGt > 1:325409/1‑141 (MQ=255) gTTATTGCTTCCCAAGGATCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGCCTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCATGGCGCTGTTCtt > 2:395492/1‑141 (MQ=255) tATTGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCATGGCGCTGTTCTTTc > 2:255488/1‑141 (MQ=255) ttGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCATGGCGCTGTTCTTTCAg < 1:438567/141‑1 (MQ=255) ttGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCATGGCGCTGTTCTTTCAg < 1:49634/141‑1 (MQ=255) ttGCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCATGGCGCTGTTCTTTCAg < 1:739339/141‑1 (MQ=255) gCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCt < 1:281537/72‑1 (MQ=255) gCTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCt > 2:281537/1‑72 (MQ=255) cTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCATGGCGCTGTTCTTTCAGCat > 1:635225/1‑141 (MQ=255) cTTCCCAGGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCATGGCGCTGTTCTTTCAGCat > 2:583547/1‑141 (MQ=255) | AATAACCTTTTTTCCAATTAGGGGTGTTAATTCATCTATAGTTGTCACTTTAATTTTTTCTTTTGTTTCCATGTATTACACCTTCTCCACTTCAAAAATTCTACGTGCTTGCGCATTGCTAGTTATTGCTTCCCAAGGTTCAGCTTCGACTGCTTTTTTAGCATCCATAATGCGTTCAAATAGTTCATTTTGTCTTTCTGGGTCAAGTAAGACTTCTTTTACATTTTCAAATCCAAGTCTTCTTAACCATGGCGCTGTTCTTTCAGCAT > CP000730/2522151‑2522419 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |