| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,622,711:1 | +C | 5.4% | intergenic (‑41/+3995) | USA300HOU_2485 ← / ← sarT | MFS family major facilitator transporter, cation symporter/staphylococcal accessory regulator T |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,622,711 | 1 | . | C | 5.4% | 413.1 / 16.0 | 93 | intergenic (‑41/+3995) | USA300HOU_2485/sarT | MFS family major facilitator transporter, cation symporter/staphylococcal accessory regulator T |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (40/48); new base C (3/2); total (43/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
TATTTGTAACGAAAACAGCACAAAACAACTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTGAAACACCATACATAACCCCCAAAATGACTACTCAGA > CP000730/2622572‑2622851 | tattTGTAACGAAAACAGCACAAAACAACTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑c < 2:579396/141‑1 (MQ=255) tttGTAACGAAAACAGCACAAAACAACTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑Ctt < 1:112257/141‑1 (MQ=255) gTAACGAAAACAGCACAAAACAACTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑Cttttt < 1:476265/141‑1 (MQ=255) gTAACGAAAACAGCACAAAACAACTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑Cttttt < 1:402624/141‑1 (MQ=255) gTAACGAAAACAGCACAAAACAACTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑Cttttt > 1:176949/1‑141 (MQ=255) tAACGAAAACAGCACAAAACAACTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑Ctttttt > 1:694734/1‑141 (MQ=255) gAAAACAGCACAAAACAACTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGAc > 2:703628/1‑141 (MQ=255) aaaCAGCACAAAACAACTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACct < 1:790486/141‑1 (MQ=255) aaCAGCACAAAACAACTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACctt < 1:533085/141‑1 (MQ=255) aaCAGCACAAAACAACTCCGACGTAAGAAACTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACctt > 1:201454/1‑141 (MQ=255) gCACAAAACAACTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCttcttc > 2:396784/1‑141 (MQ=255) gCACAAAACAACTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCttcttc < 2:371064/141‑1 (MQ=255) acaAAGCAACTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAGTACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAGCCTTTTTTAGACCTtcttct < 1:84166/141‑1 (MQ=255) acaAAACAACTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTa < 2:318480/141‑1 (MQ=255) acaAAACAACTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTCAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTa > 2:843895/1‑141 (MQ=255) agcaacTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAGTACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAGCCTTTTTTAGACCTTCTTCTAAAc > 1:440213/3‑141 (MQ=255) acTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAActctct > 2:10433/1‑141 (MQ=255) acTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAActctct > 2:81073/1‑141 (MQ=255) acTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAActctct < 1:208387/141‑1 (MQ=255) cGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCa > 1:808307/1‑141 (MQ=255) aaGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAg < 2:680749/141‑1 (MQ=255) aaaaTTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAgcg < 1:569508/140‑1 (MQ=255) aaaTTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAgcgc < 1:683980/141‑1 (MQ=255) aaaTTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAgcgc < 2:408240/141‑1 (MQ=255) aaaTTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATAGTTATCACCTCTCATAAGAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAgcgc < 2:459379/141‑1 (MQ=255) ttACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAGTACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAGCCTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCaa > 1:124994/1‑141 (MQ=255) ttACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCaat < 1:946265/141‑1 (MQ=255) ttACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCaat < 1:297852/141‑1 (MQ=255) ttACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCaat < 1:324452/141‑1 (MQ=255) aatcaatAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCaattaatt > 1:79376/1‑141 (MQ=255) tcaatAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCt < 2:592932/141‑1 (MQ=255) aataaataTGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTaa < 2:787519/141‑1 (MQ=255) taaataTGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAata < 1:746963/141‑1 (MQ=255) aataTGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAGTACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAGCCTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAataa > 1:740635/1‑140 (MQ=255) aataTGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAAtata > 2:453281/1‑141 (MQ=255) aataTGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAAtata < 2:591771/141‑1 (MQ=255) atGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAAtt < 1:437884/141‑1 (MQ=255) tAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCTACCAC‑CTATCCTCGACATTCTTCTACACTCTCTTTATCAAAAACGCCATTAATTCTAATATAATTTaa > 2:672031/1‑140 (MQ=255) tAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAg > 2:872120/1‑141 (MQ=255) tAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAg < 1:87416/141‑1 (MQ=255) tAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAg < 1:703628/141‑1 (MQ=255) tCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTa < 1:966559/141‑1 (MQ=255) tATTTTTCAAAACTTCTAAGTACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAGCCTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATAAAATTAAGTCAGTTaa < 1:7775/141‑1 (MQ=255) tATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTaaa < 1:438497/141‑1 (MQ=255) tATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTaaa > 1:706897/1‑141 (MQ=255) tATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTaaa > 1:471751/1‑141 (MQ=255) tATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCGCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATAAACTTTAGTCAGTTaaa > 2:236559/1‑141 (MQ=255) aTTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTTTTTTTTTTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAat > 2:402296/1‑141 (MQ=255) tttttCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGCCATTTAGGTGAACTCTCTTTATCCAAAGCGCACTTAATTCTAATATAATTTAGTCATTTAAata > 1:836145/1‑141 (MQ=255) tttttCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAata > 1:176987/1‑141 (MQ=255) tttCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATc < 1:599164/141‑1 (MQ=255) tttCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATc < 2:694734/141‑1 (MQ=255) cAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAat < 2:454798/141‑1 (MQ=255) cAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAat < 1:317751/141‑1 (MQ=255) aaCTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAattat > 1:72357/1‑141 (MQ=255) aaCTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAattat > 1:72368/1‑141 (MQ=255) aCTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAattatt > 1:1079574/1‑141 (MQ=255) tCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCg < 1:579539/141‑1 (MQ=255) cTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGa < 2:68913/141‑1 (MQ=255) cTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGa < 2:375442/141‑1 (MQ=255) aTACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAata > 1:1029786/1‑141 (MQ=255) aTACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAata > 2:808325/1‑141 (MQ=255) tACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAatat < 1:725896/141‑1 (MQ=255) caacaTATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATatac < 2:77919/141‑1 (MQ=255) aacaTATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATataca > 2:220707/1‑141 (MQ=255) caTATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATatacatt > 2:937326/1‑140 (MQ=255) atatTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATatacatac < 1:730104/141‑1 (MQ=255) tatTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCATTTAAATATCAATTATTTCGAAATANACAtact > 2:813961/1‑141 (MQ=255) tatTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACAtact > 2:267129/1‑141 (MQ=255) tttATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACAtactac < 2:279403/141‑1 (MQ=255) tccaccACCTCCCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCGTCTAAACTCTCTTTCCCCAACGCGCAATTCATTCAACTATAGTCTAGTCAGTTAACCATCAACCATTTCGAAAActacctacacc > 2:277557/6‑138 (MQ=255) ttataaaaaataaTAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATactact < 2:827832/129‑1 (MQ=255) ttATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATactact < 2:526470/141‑1 (MQ=255) ttATCACCTATCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATAAATTATTTCGAAATATACATactact < 2:526384/141‑1 (MQ=255) tATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACtt < 1:101773/141‑1 (MQ=255) tATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACtt < 1:160025/141‑1 (MQ=255) tATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACtt < 1:326217/141‑1 (MQ=255) aTCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTg < 1:528113/141‑1 (MQ=255) tCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTGa > 2:93629/1‑141 (MQ=255) aCCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTTGTTTTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCCGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTTaaa > 2:466863/1‑141 (MQ=255) aCCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTGaaa > 2:582789/1‑141 (MQ=255) ccTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTGAAac < 2:264279/141‑1 (MQ=255) cATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTGAAACACcat > 1:479865/1‑141 (MQ=255) aTAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAGGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTGAAACACcata > 1:987587/1‑141 (MQ=255) aTAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTGAAACACcata < 2:201454/141‑1 (MQ=255) aaaTAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTGAAACACcatacata > 1:690787/1‑141 (MQ=255) aataatTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTGAAACACCATACATaa < 2:338432/141‑1 (MQ=255) aatTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTGAAACACCATACATAAccc > 2:577382/1‑141 (MQ=255) ttGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTACACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTACTTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTGACAACCAATACATATacccc > 2:373084/1‑141 (MQ=255) ttGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTGAAACACCATACATAAccccc > 1:958357/1‑141 (MQ=255) tGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTGAAACACCATACATAACCCCCa > 2:903712/1‑141 (MQ=255) tGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTGAAACACCATACATAACCCCCa > 2:959756/1‑141 (MQ=255) cATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTGAAACACCATACATAACCCCCAAAATGa < 1:795909/141‑1 (MQ=255) caccaG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTGAAACACCATACATAACCCCCAAAATGactac < 2:887172/141‑1 (MQ=255) g‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTGAAACACCATACATAACCCCCAAAATGACTACTCaga < 2:1077455/141‑1 (MQ=255) g‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTGGAAACACCATACATAACCCCCAAAATGACTACTCaga < 2:836145/141‑1 (MQ=255) | TATTTGTAACGAAAACAGCACAAAACAACTCCGACGTAAGAAATTACCAATCAATAAATATGTAAAGTTTCTATTTTTCAAAACTTCTAAATACAACATATTTATCACCTCTCATAAAAATAATTGAATGCATCCACCAG‑CTTTTTTAGACCTTCTTCTAAACTCTCTTTATCCAAAGCGCAATTAATTCTAATATAATTTAGTCAGTTAAATATCAATTATTTCGAAATATACATACTACTTGAAACACCATACATAACCCCCAAAATGACTACTCAGA > CP000730/2622572‑2622851 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |