New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 2053094 = | 80 (0.900) | 6 (0.070) | 5/242 | NT | 7.9% | intergenic (‑113/+59) | pcrB/yerC | PcrB family protein/possible Trp repressor |
? | CP000730 | 2053141 = | 64 (0.770) | intergenic (‑160/+12) | pcrB/yerC | PcrB family protein/possible Trp repressor |
TATGGCGCCATTTTTTAATGTCATACATTTTCCGAAACTCCTTTTTTAACATACATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATCGTTCATTTATTATTCATTTGTTTCAATATTCATACGATCTAAAATCATTGTATAAGCATCATTACCCCATTGTAATGAACGCTTCACTCTA > CP000730/2052954‑2053234 | atgcaacgattgaacaagaatctggagcatcgactgcaacgatttctagagtgaagcgttcattacaatggggtaatgatgcttatacaatgattttagatcgtatgaatattgaaacaaatgaataataaatgaacgata < 1:421888‑M1/1‑1 (MQ=255) atgcaacgattgaacaagaatctggagcatcgactgcaacgatttctagagtgaagcgttcattacaatggggtaatgatgcttatacaatgattttagatcgtatgaatattgaaacaaatgaataataaatgaacgata < 1:1080317‑M1/1‑1 (MQ=255) tGGCGCCATTTTTTAATGTCATACATTTTCCGAAACTCCTTTTTTAACATACATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGaaaaaa > 2:457854/1‑141 (MQ=255) caacgattgaacaagaatctggagcatcgactgcaacgatttctagagtgcagcgttcattacaatggggtaatgatgcttatacaatgattttagatcgtatgaatattgaaacaaatgaataataaatgaacgatAAAc > 1:319290‑M1/138‑141 (MQ=255) gattgaacaagaatctggagcatcgactgcaacgatttctagagtgaagcgttcattacaatggggtaatgatgcttatacaatgattttagatcgtatgaatattgaaacaaatgaataataaatgaacgatAAACAATg > 1:271566‑M1/134‑141 (MQ=255) ttAATGTCATACATTTTCCGAAACTCCTTTTTTAACATACATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCt > 1:146000/1‑141 (MQ=255) agaatctggagcatcgactgcaacgatttctagagtgaagcgttcattacaatgggggaatgatgcgtatacaatgattttgcatcgtatgactattaagacaaaagaataataaatgaacgatAAAAAATGATaatcaac < 1:159054‑M1/17‑4 (MQ=255) aTGTCATACATTTTCCGAAACTCCTTTTTTAACATACATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATATAAAAAAAAAAAAACAATGATTATCTAcc < 2:789779/141‑1 (MQ=255) tGTCATACATTTTCCGAAACTCCTTTTTTAACATACATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAATAAACAATGATTATCTACCt > 2:922446/1‑141 (MQ=255) tGTCATACATTTTCCGAAACTCCTTTTTTAACATACATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCt < 1:982730/141‑1 (MQ=255) tGTAATACATTATCAGAAACTCCTTTTTTAACATACATATGATTATAGCAATTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAATGATTATCTACCt < 2:299393/141‑1 (MQ=255) cATACATTTTCCGTAACTCCTTTTTTAACATTAATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAATGATTATCTACCttat < 2:824080/141‑1 (MQ=255) cATACATTTTCCGCAGCTCCTTTTTTAACATACATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCttat < 1:578831/141‑1 (MQ=255) cATACATTTTCCGAAACTCCTTTGTTAACATACATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATGTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCttat < 2:823732/141‑1 (MQ=255) tggagcatcgactgcaacgatttctagagtgaagcgttcattacaatggggtaatgatgcttatacaatgattttagatcgtatgaatattgaaacaaatgaataataaatgaacgatAAACAATGGTTATCTACCttatt > 2:757937‑M1/119‑141 (MQ=255) tggagcatcgactgcaacgatttctagagtgaagcgttcattacaatggggtaatgatgcttatacaatgattttagatcgtatgaatattgaaacaaatgaataataaatgaacgatAAACAATGGTTATCTACCttatt > 2:930546‑M1/119‑141 (MQ=255) aTACATTTTCCGAAGCTCTTTTTTTAACATACATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCttatt < 2:663401/141‑1 (MQ=255) tCCGAAACTCCTTTTTTAACATACATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCaga > 2:844439/1‑141 (MQ=255) tCCGAAACTCCTTTTTTAACATACATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCaga < 1:825615/141‑1 (MQ=255) tCCGAAACTCCTTTTTGAACATACATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCaga < 2:761734/141‑1 (MQ=255) ccGAAACTCCTTTTTTAACATACATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCagat > 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(MQ=255) ttttttAACATACATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCAt < 2:914233/141‑1 (MQ=255) atttctagagtgaagcgttcattagaatggggtaatgatgcttatacaatgattttagatcgtatgaatattgaaacaaatgaataataaatgaacgatAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCAt > 2:1028355‑M1/100‑141 (MQ=255) tttttAACTTACATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCAtt > 2:945976/1‑141 (MQ=255) tttttAACATACATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCAtt < 2:510137/141‑1 (MQ=255) ttttAACTTACTTATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTg > 2:935048/1‑141 (MQ=255) acatacatATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTTTTTTTTTTTCAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATTACCATTGTTTAt > 2:781154/1‑141 (MQ=255) tttttttattattatAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCTTGAATAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATc > 2:833845/7‑141 (MQ=255) catacataTGATTATAGTGATTGGAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATc < 1:555590/141‑1 (MQ=255) catacataTGATTATAGCATTTCTAAATGTTGTGTTTTTAATACTTAATATTAAATTTAAGGTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTTCCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATc < 1:585472/141‑1 (MQ=255) atacataTGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATCg > 1:28604/1‑141 (MQ=255) cataTGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATCGTTc < 1:672870/141‑1 (MQ=255) 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1:960789/141‑1 (MQ=255) tACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATCGTTCATTTATTATTCATTTGTTTTCATATTCATACGATCTAAAATCATTGTATAAGCATCATTAccc < 2:425196/141‑1 (MQ=255) ctctGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATCGTTCATTTATTATTCATTTGTTTCAATATTCATACGATCTAAAATCATTGTATAAGCATCATTACCCCa > 2:935287/1‑141 (MQ=255) tctGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATCGTTCATTTATTATTCATTTGTTTCAATATTCATACGATCTAAAATCATTGTATAAGCATCATTACCCCAt < 2:63298/141‑1 (MQ=255) tctGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATCGTTCATTTATTATTCATTTGTTTCAATATTCATACGATCTAAAATCATTGTATAAGCATCATTACCCCAt < 2:637086/141‑1 (MQ=255) tctGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATCGTTCATTTATTATTCATTTGTTTCAATATTCATACGATCTAAAATCATTGTATAAGCATCATTACCCCAt > 1:83699/1‑141 (MQ=255) ttttttCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATCGTTCATTTATTATTCATTTGTTTCAATATTCATACGATCTAAAATCATTGTATAAGCATCATTACCCCATTGTAATGa < 1:401669/141‑1 (MQ=255) tttCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATCGTTCATTTATTATTCATTTGTTTCAATATTCATACGATCTAAAATCATTGTATAAGCATCATTACCCCATTGTAATGAACg < 1:967640/141‑1 (MQ=255) tctttaaaaaaCAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATCGTTCATTTATTATTCATTTGTTTCAATATTCATACGATCTAAAATCATTGTATAAGCATCATTACCCCATTGTAATGAACGCt > 2:971998/6‑141 (MQ=255) tCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATCGTTCATTTATTATTCATTTGTTTCAATATTCATACGATCTAAAATCATTGTATAAGCATCATTACCCCATTGTAATGAACGCt < 1:693778/141‑1 (MQ=255) cgatAAACAAGGATTATCTACTTTATTAGTTCAGATATATAACCATTGTTTATCGTTCATTTATTATCCATTTGTTTCAATATTCGTTCGATTTAAAATCATTGTATAAGCATCATTACCCCATTGTAATGAACGCTTCAc > 2:159054‑M1/5‑141 (MQ=255) aaaaaaCAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATCGTTCATTTATTATTCATTTGTTTCAATATTCATACGATCTAAAATCATTGTATAAGCATCATTACCCCATTGTAATGAACGCTTCAct < 2:97934/141‑1 (MQ=255) aaaaCAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATCGTTCATTTATTATTCATTTGTTTCAATATTCATACGATCTAAAATCATTGTATAAGCATCATTACCCCATTGTAATGAACGCTTCActct < 2:809209/141‑1 (MQ=255) AAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATCGTTCATTTATTATTCATTTGTTTCAATATTCATACGATCTAAAATCATTGTATAAGCATCATTACCCCATTGTAATGAACGCTTCACTCTa > 1:1018192‑M1/1‑141 (MQ=255) | TATGGCGCCATTTTTTAATGTCATACATTTTCCGAAACTCCTTTTTTAACATACATATGATTATAGCATTTTTAAGTGTCGAGTTCTAAAGACTTAATATGAAATTTAAGTTCTTTTACTCTGTAAATTTTTTCGTGAAAAAACAATGATTATCTACCTTATTAGTGCAGATAGATAACCATTGTTTATCGTTCATTTATTATTCATTTGTTTCAATATTCATACGATCTAAAATCATTGTATAAGCATCATTACCCCATTGTAATGAACGCTTCACTCTA > CP000730/2052954‑2053234 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |