| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 380,443 | G→A | 5.1% | A113A (GCG→GCA) | lplA1 → | lipoate‑‑protein ligase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 380,443 | 0 | G | A | 5.1% | 290.9 / 2.4 | 93 | A113A (GCG→GCA) | lplA1 | lipoate‑‑protein ligase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/45); new base A (2/3); total (45/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTCAAGTAGTTCGCCGAGATACTGGTGGTGGCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGGCGCCGCAATGACATTAATGAATAATCGTATTTATGGCGGTTATTCGCTATTACTTGATGT > CP000730/380306‑380580 | aTTCAAGTATTTCGCCGAGATACTGGTGGTGGCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTg < 1:653328/141‑1 (MQ=255) cAAGTAGTTCGCCGAGATACTGGTGGTGGCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCAt > 1:779397/1‑141 (MQ=255) cAAGTAGTTCGCCGAGATACTGGTGGTGGCGCTGTGTATGTTGATAAAGGCGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCAt < 1:175854/141‑1 (MQ=255) tagtTCGCCGAGATACTGGTGGTGGCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACAt < 1:241045/141‑1 (MQ=255) agtTCGCCGAGATACTGGTGGTGGCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACAtt > 2:565128/1‑141 (MQ=255) tCGCCGAGATACTGGTGGTGGCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAgg > 2:250732/1‑141 (MQ=255) cGCCGAGATACTGGTGGTGGCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGTCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGt < 2:35509/141‑1 (MQ=255) gCCGAGATACTGGTGGTGGCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTg < 1:541632/141‑1 (MQ=255) gCCGAGATACTGGTGGTGGCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTg < 2:687201/141‑1 (MQ=255) gCCGAGATACTGGTGGTGGCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTg < 1:596389/141‑1 (MQ=255) gCCGAGATACTGGTGGTGGCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTg > 2:264177/1‑141 (MQ=255) gCCGAGATACTGGTGGTGGCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTg < 2:687062/141‑1 (MQ=255) ccGAGATACTGGTGGTGGCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCNACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGc < 1:1002132/141‑1 (MQ=255) ccGAGATACTGGTGGTGGCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGc < 1:746717/141‑1 (MQ=255) cGAGATACTGGTGGTGGCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCa < 2:90075/141‑1 (MQ=255) gagaTACTGGTGGTGGCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCacctaatgtatgcaa < 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tggtggtggCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGACGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCATTGCATACATTAGGTGCAACAGAtgt < 1:342430/141‑1 (MQ=255) gtggtggCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTgg < 2:817396/141‑1 (MQ=255) ggtggCGCTGTGGATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTa < 1:1075159/141‑1 (MQ=255) gtggCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTAc < 2:460653/141‑1 (MQ=255) ggCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACaa > 1:482035/1‑141 (MQ=255) cgcTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTATTATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAg > 2:618978/1‑141 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1:724756/1‑141 (MQ=255) aTAAAGCTGCCGTTAATATGTGTTTTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTAAAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGAtt < 2:716653/141‑1 (MQ=255) tAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCATTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGATACAAAGCGGTAGAAATGAttt < 1:30355/141‑1 (MQ=255) tAAAGGTGCCGTTAATATGTGTGGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATCTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGAttt < 1:555276/141‑1 (MQ=255) tAAAGGTGCCGATAAAATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGCTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGAttt > 2:512062/1‑141 (MQ=255) aaaGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTa > 1:970163/1‑141 (MQ=255) aaGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTaa < 1:465330/141‑1 (MQ=255) aaGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTaa < 1:649688/141‑1 (MQ=255) aGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCATTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGATACAAAGCGGTAGAAATGATTTAAc < 1:625527/141‑1 (MQ=255) tGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACAtt > 1:271087/1‑141 (MQ=255) cGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGaa > 1:811845/1‑141 (MQ=255) gTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAAt > 2:991325/1‑141 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2:66103/1‑141 (MQ=255) gtgtTGTATTTTAGCACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTATCAACGATTTTATCAACAAGCTATAAAGGAGTTGCATAAATTAGGTACAACAGAAGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTaaaaa < 2:596047/141‑1 (MQ=255) tgttgtATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTaaaaaa > 2:484625/1‑141 (MQ=255) tttATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAgtg < 1:63643/139‑1 (MQ=255) tgtATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAgtg < 1:1056931/141‑1 (MQ=255) tgtATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAgtg < 2:768243/141‑1 (MQ=255) gtATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAgtgt > 2:419193/1‑141 (MQ=255) aTTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCa > 2:1000186/1‑141 (MQ=255) ttttAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAg > 2:579420/1‑141 (MQ=255) aGAACAAGGCACTCCAACTTACGGCGATTTTCTACGATTTTATCAACCCGCTATAACGGCGTCGCATACGTTAGGTGCGACAGATGTGGTACAACGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGgcgc > 2:153581/1‑141 (MQ=255) aGAACAAGACACTTCCATTCAGGGTGATTTTCACCGATTTTATCAACCAGCTATCAAGGCGGTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGGAGAAATGATTTAACATTAAATGGTAACAAAGTGACAGgcgc > 2:209011/1‑141 (MQ=255) aGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGgcgc < 1:102797/141‑1 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(MQ=255) tGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGGCGCCGCAATGACATTAATGAATAATCg < 2:207631/141‑1 (MQ=255) gATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGGCGCCGCAATGACATTAATGAATAATCGt < 1:443170/141‑1 (MQ=255) tttCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGGCGCCGCAATGACATTAATGAATAATCGTAtt > 1:27056/1‑141 (MQ=255) cAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGGCGCCGCAATGACATTAATGAATAATCGTATTTAt > 2:309274/1‑141 (MQ=255) aCGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGGCGCCGCAATGACATTAATGAATAATCGTATTTATgg > 1:266256/1‑141 (MQ=255) gATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGGCGCCGCAATGACATTAATGAATAATCGTATTTATGGCg > 2:781749/1‑141 (MQ=255) gATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGGCGCCGCAATGACATTAATGAATAATCGTATTTATGGCg < 2:463472/141‑1 (MQ=255) ttATCAACCAGCTATAAAAACATTGCAGACAGTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGGCGCCGCAATGACATTAATGAATAATCGTATTTATNGCGGTTa > 2:816954/1‑141 (MQ=255) aTCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGGCGCCGCAATGACATTAATGAATAATCGTATTTATGGCGGTTAtt > 2:756703/1‑141 (MQ=255) aTCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGGCGCCGCAATGACATTAATGAATAATCGTATTTATGGCGGTTAtt > 2:59570/1‑141 (MQ=255) tCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGGCGCCGCAATGACATTAATGAATAATCGTATTTATGGCGGTTATTc > 1:189956/1‑141 (MQ=255) cAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGGCGCCGCAATGACATTAATGAATAATCGTATTTATGGCGGTTATTCg < 1:991379/141‑1 (MQ=255) aCCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGGCGCCGCAATGACATTAATGAATAATCGTATTTATGGCGGTTATTCGCt < 2:96783/141‑1 (MQ=255) aGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGGCGCCGCAATGACATTAATGAATAATCGTATTTATGGCGGTTATTCGCTATTACTTGATg > 1:568397/1‑141 (MQ=255) ggCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGGCGCCGCAATGACATTAATGAATAATCGTATTTATGGCGGTTATTCGCTATTACTTGATGt > 1:751609/1‑141 (MQ=255) | ATTCAAGTAGTTCGCCGAGATACTGGTGGTGGCGCTGTGTATGTTGATAAAGGTGCCGTTAATATGTGTTGTATTTTAGAACAAGACACTTCAATTTATGGTGATTTTCAACGATTTTATCAACCAGCTATAAAGGCGTTGCATACATTAGGTGCAACAGATGTGGTACAAAGCGGTAGAAATGATTTAACATTGAATGGTAAAAAAGTGTCAGGCGCCGCAATGACATTAATGAATAATCGTATTTATGGCGGTTATTCGCTATTACTTGATGT > CP000730/380306‑380580 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |