| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 402,652 | T→C | 5.2% | L87L (TTG→CTG) | USA300HOU_0372 → | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 402,652 | 0 | T | C | 5.2% | 279.4 / 3.5 | 95 | L87L (TTG→CTG) | USA300HOU_0372 | ABC superfamily ATP binding cassette transporter, ABC protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/43); new base C (3/2); total (50/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
TGGCTCAGGTAAATCGACATTAATTA‑‑ATATTCTAGTAGGCAATCGACATAAAGATAACGGTAGTATCACATTTTTTGGAGAAGAACATACCGTGGATGATGTCGAATATAAAGAACACATAGGTGTAGTGTTTGATGATTTGAGAGTGCCTAATAAATTGACTATTAAAGATATTGATAAAGTATTTCAATCTATTTATATGACTTGGAATAGTCAAAAATTCTTTGATTTAATCAAATATTTCGAGTTACCACTACAAACTAAAATTAAAACTTTTTC > CP000730/402513‑402791 | tGGCTCAGGTAAATCGACATTAATTA‑‑ATATTCTAGTAGGCAATCGACATAAAGATAACGGTAGTATCACATTTTTTGGAGAAGAACATACCGTGGATGATGTCGAATATAAAGAACACATAGGTGTAGTGTTTGATGAttt < 2:228985/141‑1 (MQ=255) ggCTCAGGTAAATCGACATTAATTA‑‑ATATTCTAGTAGGCAATCGACATAAAGATAACGGTAGTATCACATTTTTTGGAGAAGAACATACCGTGGATGATGTCGAATATAAAGAACACATAGGTGTAGTGTTTGATGATTTg < 2:581136/141‑1 (MQ=255) gCTCAGGTAAATCGACATTAATTA‑‑ATATTCTAGTAGGCAATCGACATAAAGATAACGGTAGTATCACATTTTTTGGAGAAGAACATACCGTGGATGATGTCGAATATAAAGAACACATAGGTGTAGTGTTTGATGATTTga > 1:628884/1‑141 (MQ=255) gCTCAGGTAAATCGACATTAATTA‑‑ATATTCTAGTAGGCAATCGACATAAAGATAACGGTAGTATCACATTTTTTGGAGAAGAACATACCGTGGATGATGTCGAATATAAAGAACACATAGGTGTAGTGTTTGATGATTTga > 2:383336/1‑141 (MQ=255) 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TGGCTCAGGTAAATCGACATTAATTA‑‑ATATTCTAGTAGGCAATCGACATAAAGATAACGGTAGTATCACATTTTTTGGAGAAGAACATACCGTGGATGATGTCGAATATAAAGAACACATAGGTGTAGTGTTTGATGATTTGAGAGTGCCTAATAAATTGACTATTAAAGATATTGATAAAGTATTTCAATCTATTTATATGACTTGGAATAGTCAAAAATTCTTTGATTTAATCAAATATTTCGAGTTACCACTACAAACTAAAATTAAAACTTTTTC > CP000730/402513‑402791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |