| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 409,376 | A→T | 5.8% | A272A (GCT→GCA) | metE ← | 5‑methyltetrahydropteroyltriglutamate‑‑ homocysteine S‑methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 409,376 | 0 | A | T | 5.8% | 274.7 / 4.9 | 91 | A272A (GCT→GCA) | metE | 5‑methyltetrahydropteroyltriglutamate‑‑ homocysteine S‑methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (42/42); new base T (3/3); total (45/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATGATGGTTGAATGACAAGTTCATTAGTGTGTGCTAACAATTTATCGATTAAGACTTTTTTAGCTTCAATGTCACTTGCCCATACATTACGACCATCAATAATTCCAGCGTATAATGTTTTTGATTTATCAAAATCTCCAGCTTCAATTTGTTTA‑‑‑‑‑‑‑AGGTTATAGCCATTATCATGGACAAAGTCTAAACCTATACCACCAACAGGTAAAGAACTTAAGAATTTAAGATGTGCACGTTCAAAGTATGTTTGAATGACTAATTTTTTAGCAACACCAGCTTT > CP000730/409236‑409516 | gatgatGGTTGAATGACAAGTTCATTAGTGTGTGCTAACAATATATCGATTAAGACTTTTTTAGCTTCAATGTCACTTGCCCATACATTACGACCATCAATAATTCCAGCGTATAATGTTTTTGATTTATCAAAATCTCCa > 1:931549/1‑141 (MQ=255) atgatgGTTGAATGACAAGTTCATTAGTGTGTGCTAACAATTTATCGATTAAGACTTTTTTAGCTTCAATGTCACTTGCCCATACATTACGACCATCAATAATTCCAGCGTATAATGTTTTTGATTTATCAAAATCTCCAg < 1:942786/141‑1 (MQ=255) gatgGTTGAATGACAAGTTCATTAGTGTGTGCTAACAATTTATCGATTAAGACTTTTTTAGCTTCAATGTCACTTGCCCATACATTACGACCATCAATAATTCCAGCGTATAATGTTTTTGATTTATCAAAATCTCCAGCt < 1:497895/141‑1 (MQ=255) gatgGTTGAATGACAAGCTCATTAGTGTGTGCTAACAATTTGTCGATTAAGACTTTTTTAGCTTCAATATCACTTGCCCATACATTACGACCATCAATAATTCCAGCGTATAATGTTTTTGATTTATCAAAATCTCCTGCt < 2:819281/141‑1 (MQ=255) gatgGTTGAATGACAAGCTCATTAGTGTGTGCTAACAATTTGTCGATTAAGACTTTTTTAGCTTCAATATCACTTGCCCATACATTACGACCATCAATAATTCCAGCGTATAATGTTTTTGATTTATCAAAATCTCCTGCt < 2:819244/141‑1 (MQ=255) tgGTTGAATGACAAGTTCATTAGTGTGTGCTAACAATTTATCGATTAAGACTTTTTTAGCTTCAATGTCACTTGCCCATACATTACGACCATCAATAATTCCAGCGTATAATGTTTTTGATTTATCAAAATCTCCAGCTTc > 1:697682/1‑141 (MQ=255) ggTTGAATGACAAGTTCATTAGTGTGTGCTAACAATTTATCGATTAAGACTTTTTTAGCTTCAATGTCACTTGCCCATACATTACGACCATCAATAATTCCAGCGTATAATGTTTTTGATTTATCAAAATCTCCAGCTTCa < 2:808006/141‑1 (MQ=255) gTTGAATGACAAGTTCATTAGTGTGTGCTAACAATTTATCGATTAAGACTTTTTTAGCTTCAATGTCACTTGCCCATACATTACGACCATCAATAATTCCAGCGTATAATGTTTTTGATTTATCAAAATCTCCAGCTTCaa < 2:944171/141‑1 (MQ=255) ttGAATGACAAGTTCATTAGTGTGTGCTAACAATTTATCGATTAAGACTTTTTTAGCTTCAATGTCACTTGCCCATACATTACGACCATCAATAATTCCAGCGTATAATGTTTTTGATTTATCAAAATCTCCAGCTTCAAt < 1:167847/141‑1 (MQ=255) ttGAATGACAAGTTCATTAGTGTGTGCTAACAATTTATCGATTAAGACTTTTTTAGCTTCAATGTCACTTGCCCATACATTACGACCATCAATAATTCCAGCGTATAATGTTTTTGATTTATCAAAATCTCCAGCTTCAAt < 1:377168/141‑1 (MQ=255) tGAATGACAAGTTCATTAGTGTGTGCTAACAATTTATCGATTAAGACTTTTTTAGCTTCAATGTCACTTGCCCATACATTACGACCATCAATAATTCCAGCGTATAATGTTTTTGATTTATCAAAATCTCCAGCTTCAAtt < 2:57490/141‑1 (MQ=255) aTGACAAGTTCATTAGTGTGTGCTAACAATTTATCGATTAAGACTTTTTTAGCTTCAATGTCACTTGCCCATACATTACGACCATCAATAATTCCAGCGTATAATGTTTTTGATTTATCAAAATCTCCAGCTTCAATTTGt > 1:470723/1‑141 (MQ=255) tGACAAGTTCATTAGTGTGTGCTAACAATTTATCGATTAAGACTTTTTTAGCTTCAATGTCACTTGCCCATACATTACGACCATCAATAATTCCAGCGTATAATGTTTTTGATTTATCAAAATCTCCAGCTTCAATTTGtt > 1:439490/1‑141 (MQ=255) gACAAGTTCATTAGTGTGTGCTAACAATTTATCGATTAAGACTTTTTTAGCTTCAATGTCACTTGCCCATACATTACGACCATCAATAATTCCAGCGTATAATGTTTTTGATTTATCAAAATCTCCAGCTTCAATTTGttt < 1:772043/141‑1 (MQ=255) cAAGTTCATTAGTGTGTGCTAACAATTTATCGATTAAGACTTTTTTAGCTTCAATGTCACTTGCCCATACATTACGACCATCAATAATTCCAGCGTATAATGTTTTTGATTTATCAAAATCTCCAGCTTCAATTTGTTTa‑‑‑‑‑‑‑a > 1:846457/1‑141 (MQ=255) 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GATGATGGTTGAATGACAAGTTCATTAGTGTGTGCTAACAATTTATCGATTAAGACTTTTTTAGCTTCAATGTCACTTGCCCATACATTACGACCATCAATAATTCCAGCGTATAATGTTTTTGATTTATCAAAATCTCCAGCTTCAATTTGTTTA‑‑‑‑‑‑‑AGGTTATAGCCATTATCATGGACAAAGTCTAAACCTATACCACCAACAGGTAAAGAACTTAAGAATTTAAGATGTGCACGTTCAAAGTATGTTTGAATGACTAATTTTTTAGCAACACCAGCTTT > CP000730/409236‑409516 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |