| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 486,048 | G→A | 5.1% | intergenic (+1426/‑4352) | USA300HOU_0463 → / → metQ | hypothetical protein/ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 486,048 | 0 | G | A | 5.1% | 314.4 / 3.8 | 98 | intergenic (+1426/‑4352) | USA300HOU_0463/metQ | hypothetical protein/ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/49); new base A (3/2); total (47/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |