| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 696,962 | T→A | 5.2% | L310L (CTT→CTA) | mnhA1 → | CPA3 family monovalent cation (K+ or Na+):proton (H+) antiporter‑3, MnhA subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 696,962 | 0 | T | A | 5.2% | 270.4 / 4.4 | 89 | L310L (CTT→CTA) | mnhA1 | CPA3 family monovalent cation (K+ or Na+):proton (H+) antiporter‑3, MnhA subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/45); new base A (3/2); total (42/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.92e-01 | |||||||||||
CACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAATCATGCCATCTTTAAATGTGCGCTTTT > CP000730/696823‑697102 | cacCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTg > 2:763660/1‑141 (MQ=255)cacCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTg > 1:850539/1‑141 (MQ=255)cacCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTg > 2:718277/1‑141 (MQ=255)cacCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTg > 2:499583/1‑141 (MQ=255) cATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGga < 1:166746/141‑1 (MQ=255) attattAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGgat > 2:477830/1‑141 (MQ=255) tattaGGTCTTAGCAATATGTACATATATATCGTCACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATCACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGAATCCTAGCATATTCAACAATCAGTCAACTAGGaatga < 2:50171/141‑1 (MQ=255) aGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTAt < 1:87939/141‑1 (MQ=255) aGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTAt > 1:1046528/1‑141 (MQ=255) aGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTAt > 1:1046372/1‑141 (MQ=255) gTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATgg > 2:406734/1‑141 (MQ=255) gTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATgg > 1:212725/1‑141 (MQ=255) gTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATgg > 1:526260/1‑141 (MQ=255) gTCTTAGCAATATGTACATATATATCGTCACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATCACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGAATCCTAGCATATTCAACAATCAGTCAACTAGGAATGATTATgg < 1:472694/141‑1 (MQ=255) gTCTTAGCAATATGTACATATATATCGTCACGTTTGTTGGTTTAATAACAAAGTTATTTGGTTCAATCACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGAATCCTAGCATATTCAACAATCAGTCAACTAGGAATGATTATgg > 2:409041/1‑141 (MQ=255) cAATATGTACGTATATATCGTTACGCTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGCTTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTAtggt > 2:949593/1‑141 (MQ=255) aaTATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATAACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTAtggta < 1:1028510/141‑2 (MQ=255) tGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATTAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGta > 1:534463/1‑141 (MQ=255) tGTACATATATATCGTCACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATCACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGAATCCTAGCATATTCAACAATCAGTCAACTAGGAATGATTATGGCAATGGTCGGta > 2:790719/1‑141 (MQ=255) tACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGtata > 1:366526/1‑141 (MQ=255) aCGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAg < 2:688604/141‑1 (MQ=255) aCGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAg < 2:792135/141‑1 (MQ=255) gTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGt > 2:66758/1‑141 (MQ=255) tatataTCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTg < 2:269464/141‑1 (MQ=255) atatatCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTgg < 2:850633/141‑1 (MQ=255) tatatCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAAGAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGc < 1:661922/141‑1 (MQ=255) ttCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGa < 1:891516/140‑1 (MQ=255) atCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGa < 1:183151/141‑1 (MQ=255) atCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGa < 1:943320/141‑1 (MQ=255) tCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGat < 2:240271/141‑1 (MQ=255) tCGTCACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATCACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGAATCCTAGCATATTCAACAATCAGTAAACTAGGAATGATTATGGCAATGGTCGGTATCGGTGGTGGat > 1:204624/1‑141 (MQ=255) cGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGata < 2:1040827/141‑1 (MQ=255) gTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGatat < 2:453683/141‑1 (MQ=255) gTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGatat > 1:406326/1‑141 (MQ=255) ttACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATg < 2:302176/141‑1 (MQ=255) tACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGc > 1:661539/1‑141 (MQ=255) tACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGc > 1:97988/1‑141 (MQ=255) tACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGc > 2:400823/1‑141 (MQ=255) gTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCa > 1:993416/1‑141 (MQ=255) tttGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGATTTATAAAATTGGGATTTAATTGATGACTTAGTCTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCaa < 1:647594/141‑1 (MQ=255) taattgaaccaaataaCATTGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCaa > 2:378934/12‑141 (MQ=255) ttgttgGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAac > 1:404146/1‑141 (MQ=255) tgttgGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAaca < 1:234458/141‑1 (MQ=255) ttgGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACAcc < 1:596732/141‑1 (MQ=255) ttAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACcaacaa < 1:972508/141‑1 (MQ=255) taataaCAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAg > 1:688480/1‑141 (MQ=255) aaCAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGc > 1:537701/1‑141 (MQ=255) aaTGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAAt < 2:290607/141‑1 (MQ=255) gTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGc < 2:163246/141‑1 (MQ=255) aTTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATc > 1:46561/1‑141 (MQ=255) ggTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTAtt < 1:842925/141‑1 (MQ=255) gTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTAttt > 2:880435/1‑141 (MQ=255) tCAATTCCAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTAATCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTAt < 1:867402/141‑1 (MQ=255) tCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTAt < 1:1084320/141‑1 (MQ=255) caaatACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTAtg < 2:285899/137‑1 (MQ=255) cAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTAtg > 2:804408/1‑141 (MQ=255) aTTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTAtgta > 2:245824/1‑141 (MQ=255) gCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTAtgtatttgta > 1:705877/1‑141 (MQ=255) tAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGtattat > 1:406223/1‑141 (MQ=255) tGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTgcg < 1:1075130/141‑1 (MQ=255) tGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTgcg < 2:86087/141‑1 (MQ=255) gggATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTgcgc < 1:628697/141‑1 (MQ=255) gggATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTgcgc < 2:177707/141‑1 (MQ=255) gggATTTAAAAGGTAGCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACGCCAACATGGCGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTgcgc < 2:209791/141‑1 (MQ=255) ggATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCt < 2:32194/141‑1 (MQ=255) gATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTa > 1:269434/1‑141 (MQ=255) aTTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTAt > 2:234547/1‑141 (MQ=255) aTTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTAt > 1:347279/1‑141 (MQ=255) tAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTc < 1:378934/141‑1 (MQ=255) aaaGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCAt < 2:178637/141‑1 (MQ=255) ggTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGCATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTa > 1:948642/1‑141 (MQ=255) gTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTTGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTaa < 1:60361/141‑1 (MQ=255) gTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTaa > 1:626406/1‑141 (MQ=255) tATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAAt < 2:491616/141‑1 (MQ=255) cTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAAt > 1:281671/1‑141 (MQ=255) tACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAATCATGcc < 2:473365/141‑1 (MQ=255) tACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAATCATGcc < 1:718277/141‑1 (MQ=255) tACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAATCATGcc < 1:483351/141‑1 (MQ=255) aCTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAATCATGCCa < 1:210887/141‑1 (MQ=255) tACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGGTATGCTCAACCCCCACAAGCCGCAATCGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAATCATGCCATCtt < 1:652216/141‑1 (MQ=255) aGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAATCATGCCATCTTTAAAtgt > 1:326542/1‑141 (MQ=255) aGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAATCATGCCATCTTTAAAtgt > 1:832806/1‑141 (MQ=255) aGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAATCATGCCATCTTTAAAtgt > 2:352411/1‑141 (MQ=255) tCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAATCATGCCATCTTTAAATGTgc < 2:526260/141‑1 (MQ=255) aaCTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAATCATGCCATCTTTAAATGTgcgc < 2:115747/141‑1 (MQ=255) aaCTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAATCATGCCATCTTTAAATGTgcgc < 2:661539/141‑1 (MQ=255) cTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAATCATGCCATCTTTAAATGTGCGCtt < 1:1087354/141‑1 (MQ=255) cTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAATCATGCCATCTTTAAATGTGCGCtt < 1:465967/141‑1 (MQ=255) cTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAATCATGCCATCTTTAAATGTGCGCtt > 2:1048029/1‑141 (MQ=255) ttGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAATCATGCCATCTTTAAATGTGCGCttt > 1:116402/1‑141 (MQ=255) tGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAATCATGCCATCTTTAAATGTGCGCtttt < 1:1086564/141‑1 (MQ=255) | CACCATTATTAGGTCTTAGCAATATGTACGTATATATCGTTACGTTTGTTGGTTTAATAACAATGTTATTTGGTTCAATTACAGCTTTAAAACAATGGGATTTAAAAGGTATCCTAGCGTACTCTACAATCAGTCAACTTGGGATGATTATGGCTATGGTGGGTATAGGTGGCGGATATGCTCAACACCAACAAGACGCAATAGCATCTATTTATGTATTTGTATTATTTGGTGCGCTATTTCATCTAATGAATCATGCCATCTTTAAATGTGCGCTTTT > CP000730/696823‑697102 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |