Predicted mutation | |||||||
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RA | CP000730 | 885,761 | T→C | 5.3% | T101A (ACT→GCT) | yisU ← | LysE family L‑lysine exporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 885,761 | 0 | T | C | 5.3% | 258.0 / 5.1 | 96 | T101A (ACT→GCT) | yisU | LysE family L‑lysine exporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/40); new base C (2/3); total (53/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.90e-01 |
TGTAAACGCAATTTTATTGCTGCCACTATATAAT‑GCAGCACTACTACCAATTACTCCAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTTCTCCATCTGTTGAGGGTTTATCATGCCAAATGGTCCAAGCCATATACATCAAGAAAATTAAACCAACTATATAAATAATTGCTTGAAGTACAGGTAAAGACATAATAATGATAGATACTCCTACCACTGCAAT > CP000730/885621‑885896 | tGTAAACGCAATTTTATTGCTGCCACTATATAAT‑GCAGCACTACTACCAATTACTCCAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGt < 2:107937/141‑1 (MQ=255) aaaCGCAATTTTATTGCTGCCACTATATAAT‑GCAGCACTACTACCAATTACTCCAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTtc > 1:926820/1‑141 (MQ=255) aaaCGCAATTTTATTGCTGCCACTATATAAT‑GCAGCACTACTACCAATTACTCCAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTtc < 1:191819/141‑1 (MQ=255) aaCGCAATTTTATTGCTGCCACTATATAAT‑GCAGCACTACTACCAATTACTCCAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTtct < 1:2119/141‑1 (MQ=255) aaCGCAATTTTATTGCTGCCACTATATAAT‑GCAGCACTACTACCAATTACTCCAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTtct > 2:1000207/1‑141 (MQ=255) gCAATTTTATTGCTGCCACTATATAAT‑GCAGCACTACTACCAATTACTCCAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTTCTCCa > 2:998828/1‑141 (MQ=255) cAATTTTATTGCTGCCACTATATAAT‑GCAGCACTACTACCAATTACTCCAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTTCTCCAt < 1:928122/141‑1 (MQ=255) cAATTTTATTGCTGCCACTATATAAT‑GCAGCACTACTACCAATTACTCCAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTTCTCCAt < 1:624511/141‑1 (MQ=255) ttttATTGCTGCCACTATATAAT‑GCAGCACTACTACCAATTACTCCAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTTCTCCATCTg > 2:945970/1‑141 (MQ=255) tttATTGCTGCCACTATATAAT‑GCAGCACTACTACCAATTACTCCAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTTCTCCATCTGt < 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actactACCAATTACTCCAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTTCTCCATCTGTTGAGGGTGTATCATGCCAAATGGCCCa > 1:951867/1‑141 (MQ=255) ctacCAATTACTCCAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTTCTCCATCTGTTGAGGGTTTATCATGCCAAATGGTCCAAGcc < 2:1035224/141‑1 (MQ=255) tacCAATTACTCCAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTTCTCCATCTGTTGAGGGTTTATCATGCCAAATGGTCCAAGCCa < 1:1025638/141‑1 (MQ=255) tacCAATTACTCCAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTTCTCCATCTGTTGAGGGTTTATCATGCCAAATGGTCCAAGCCa < 1:198065/141‑1 (MQ=255) acCAATTACTCCAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTTCTCCATCTGTTGAGGGTTTATCATGCCAAATGGTCCAAGCCat > 2:1011357/1‑141 (MQ=255) acCAATTACTCCAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTTCTCCATCTGTTGAGGGTTTATCATGCCAAATGGTCCAAGCCat > 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ccAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTTCTCCATCTGTTGAGGGTTTATCATGCCAAATGGTCCAAGCCATATACATCAAg > 1:435564/1‑141 (MQ=255) ccAATTGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTTCTCCATCTGTTGAGGGTTTATCATGCCAAATGGTCCAAGCCATATACATCAAg < 2:233525/141‑1 (MQ=255) tGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTTCTCCATCTGTTGAGGGTTTATCATGCCAAATGGTCCAAGCCATATACATCAAGAAAAt < 2:598859/141‑1 (MQ=255) tGTATCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTTCTCCATCTGTTGAGGGTTTATCATGCCAAATGGTCCAAGCCATATACATCAAGAAAAt < 2:126853/141‑1 (MQ=255) aTCTAAAATAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTTCTCCATCTGTTGAGGGTTTATCATGCCAAATGGTCCAAGCCATATACATCAAGAAAATTaa > 2:170151/1‑141 (MQ=255) aTAGCATGTGGATTGAGTAATGAAACTGATAAAGCAAAACTTACTTGTTTCATTGGAGACATAATTTGAGTTTCTCCATCTGTTGAGGGTTTATCATGCCAAATGGTCCAAGCCATATACATCAAGAAAATTAAACCAACt > 2:880897/1‑141 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |