| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 922,777 | T→A | 5.8% | L160H (CTT→CAT) | yunD → | bifunctional 5‑nucleotidase/2,3‑cyclic phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 922,777 | 0 | T | A | 5.8% | 322.8 / 8.0 | 103 | L160H (CTT→CAT) | yunD | bifunctional 5‑nucleotidase/2,3‑cyclic phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/50); new base A (3/3); total (49/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
ATCGTTTCTTCTTATATTAAGGACATAGACGGTGTGAAAATACTATTCGTTGCAGCGACAGCACCTTTTACCCCATTTTATCGTGCACTAAATTGGATTGTTACCGATCCACTTGAATCTATAAAAGAAGAAATTGAACTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGAAATCA > CP000730/922638‑922917 | atCGTTTCTTCTTATATTAAGGACATAGAGGGTGTGAAAATACTATTCGTTGCAGCGACAGCACCTTTTACCCCATTTTATCGTGCACTAAATTGGATTGTTACCGATCCACTTGAATCTATAAAAGAAGAAATTGAACtt > 2:310554/1‑141 (MQ=255) tCGTTTCTTCTTATATTAAGGACATAGACGGTGTGAAAATACTATTCGTTGCAGCGACAGCACCTTTTACCCCATTTTATCGTGCACTAAATTGGATTGTTACCGATCCACTTGAATCTATAAAAGAAGAAATTGAACTTc > 2:583638/1‑141 (MQ=255) tCGTTTCTTCTTATATTAAGGACATAGACGGTGTGAAAATACTATTCGTTGCAGCGACAGCACCTTTTACCCCATTTTATCGTGCACTAAATTGAATAGTTACCGATCCACTTGAATCTATAAAAGAAGAAATTGAACTTc > 1:10321/1‑141 (MQ=255) gTTTCTTCTTATATTAAGGACATAGACGGTGTGAAAATACTATTCGTTGCAGCGACAGCACCTTTTACCCCATTTTATCGTGCACTAAATTGGATTGTTACCGATCCACTTGAATCTATAAAAGAAGAAATTGAACTTCaa > 1:144556/1‑141 (MQ=255) 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ttGAACTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTg < 2:344251/141‑1 (MQ=255) tGAACTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATCGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGa < 1:202772/141‑1 (MQ=255) gAACTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGaa > 1:695952/1‑141 (MQ=255) gAACTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGaa < 1:645334/141‑1 (MQ=255) aaCTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGaaa < 1:601741/141‑1 (MQ=255) aaCTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGaaa < 1:548236/141‑1 (MQ=255) aaCTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGaaa < 1:444290/141‑1 (MQ=255) aaCTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGaaa > 2:464827/1‑141 (MQ=255) aCTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGAAAt > 1:82963/1‑141 (MQ=255) aCTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGAAAt > 2:856504/1‑141 (MQ=255) ttCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGAAATCa > 2:330229/1‑141 (MQ=255) | ATCGTTTCTTCTTATATTAAGGACATAGACGGTGTGAAAATACTATTCGTTGCAGCGACAGCACCTTTTACCCCATTTTATCGTGCACTAAATTGGATTGTTACCGATCCACTTGAATCTATAAAAGAAGAAATTGAACTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGAAATCA > CP000730/922638‑922917 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |