| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 922,800 | T→A | 6.0% | L168I (TTA→ATA) | yunD → | bifunctional 5‑nucleotidase/2,3‑cyclic phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 922,800 | 0 | T | A | 6.0% | 310.1 / 7.2 | 99 | L168I (TTA→ATA) | yunD | bifunctional 5‑nucleotidase/2,3‑cyclic phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/47); new base A (3/3); total (49/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CATAGACGGTGTGAAAATACTATTCGTTGCAGCGACAGCACCTTTTACCCCATTTTATCGTGCACTAAATTGGATTGTTACCGATCCACTTGAATCTATAAAAGAAGAAATTGAACTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGAAATCAATAATGGTGTACTGATGGCGGC > CP000730/922661‑922939 | cATAGACGGTGTGAAAATACTATTCGTTGCAGCGACAGCACCTTTTACCCCATTTTATCGTGCACTAAATTGGATTGTTACCGATCCACTTGAATCTATAAAAGAAGAAATTGAACTTCAACGAGGTAAATTTGATGTAtt < 2:703012/141‑1 (MQ=255)cATAGACGGTGTGAAAATACTATCCGTTGCAGCGACAGCACCTTTTACCCCATTTTATCGTGCACTAAATTGGATTGTTACCGATCCACTTGAATCTATAAAAGAAGAAATTGAACTTCAACGAGGTAAATTTGATGTAtt < 2:353983/141‑1 (MQ=255) aTAGACGGTGTGAAAATACTATTCGTTGCAGCGACAGCACCTTTTACCCCATTTTATCGTGCACTAAATTGGATTGTTACCGATCCACTTGAATCTATAAAAGAAGAAATTGAACTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTa > 2:32212/1‑141 (MQ=255) cGGTGTGAAAATACTATTCGTTGCAGCGACAGCACCTTTTACCCCATTTTATCGTGCACTAAATTGGATTGTTACCGATCCACTTGAATCTATAAAAGAAGAAATTGAACTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGt > 2:367132/1‑141 (MQ=255) 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cATTTTATCGTGCACTAAATTGGATTGTTACCGATCCACTTGAATCTATAAAAGAAGAAATTGAACTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATTAAACATTATGCCAAg < 2:22021/141‑1 (MQ=255) aTCGTGCACTAAATTGGATTGTTACCGATCCACTTGAATCTATAAAAGAAGAAATTGAACTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGc < 1:47114/141‑1 (MQ=255) aTCGTGCACTAAATTGGATTGTTACCGATCCACTTGAATCTATAAAAGAAGAAATTGAACTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGc < 2:218986/141‑1 (MQ=255) tCGTGCACTAAATTGGATTGTTACCGATCCACTTGAATCTATAAAAGAAGAAATTGAACTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGcc > 1:859488/1‑141 (MQ=255) cGTGCACTAAATTGGATTGTTACCGATCCACTTGAATCTATAAAAGAAGAAATTGAACTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCt < 2:601760/141‑1 (MQ=255) gTGCACTAAATTGGATTGTTACCGATCCACTTGAATCTATAAAAGAAGAAATTGAACTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTg > 1:317740/1‑141 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(MQ=255) aTTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGAAATCAATAATGGTGTACt > 1:126107/1‑141 (MQ=255) ttGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGAAATCAATAATGGTGTACTGa < 2:896935/141‑1 (MQ=255) aTGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGAAATCAATAATGGTGTACTGATgg < 1:583638/141‑1 (MQ=255) tttATTCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGAAATCAATAATGGTGTACTGATggcggc < 1:817183/140‑1 (MQ=255) aTTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGAAATCAATAATGGTGTACTGATggcggc < 2:263189/141‑1 (MQ=255) | CATAGACGGTGTGAAAATACTATTCGTTGCAGCGACAGCACCTTTTACCCCATTTTATCGTGCACTAAATTGGATTGTTACCGATCCACTTGAATCTATAAAAGAAGAAATTGAACTTCAACGAGGTAAATTTGATGTATTAATCGTGCTAAGTCATTGTGGCATTTTCTTCGATGAAACATTATGCCAAGAATTGCCTGAAATTGATGTCATTTTTGGTAGTCATACGCATCATTATTTTGAACATGGTGAAATCAATAATGGTGTACTGATGGCGGC > CP000730/922661‑922939 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |