| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 937,158 | T→A | 5.3% | intergenic (+65/‑1952) | yumB → / → USA300HOU_0903 | NADH dehydrogenase/NhaC family sodium:proton (Na+:H+) antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 937,158 | 0 | T | A | 5.3% | 263.5 / 4.7 | 88 | intergenic (+65/‑1952) | yumB/USA300HOU_0903 | NADH dehydrogenase/NhaC family sodium:proton (Na+:H+) antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/37); new base A (3/2); total (49/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAAAGTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGAACATTTAAA > CP000730/937021‑937297 | aaaaGTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCAc > 1:524111/1‑141 (MQ=255)aaaaGTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGCCCTTCAGTGacac < 1:1075985/141‑1 (MQ=255) aaaGTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGCCCTTCAGTGACACt < 1:1008379/141‑1 (MQ=255) aaGTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTg > 2:153970/1‑141 (MQ=255) aGTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATAGGTGGTATCGGTTTAAAAATCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGa < 2:651729/141‑1 (MQ=255) gTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGaa > 1:840856/1‑141 (MQ=255) gattgatACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAgg < 1:841687/141‑1 (MQ=255) gattgatACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAgg > 2:779370/1‑141 (MQ=255) ttgatACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGc > 2:497608/1‑141 (MQ=255) ttgatACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGc < 1:1083044/141‑1 (MQ=255) tACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAGTGGCTTTa > 2:634268/1‑141 (MQ=255) tACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAGGGGCTTTa > 2:580770/1‑141 (MQ=255) cGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTAttgt > 2:949608/1‑141 (MQ=255) cGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTAttgt > 2:704566/1‑141 (MQ=255) gCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATtgttgt < 2:619975/141‑1 (MQ=255) cGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTa < 1:118769/141‑1 (MQ=255) ggTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTAc < 1:688015/141‑1 (MQ=255) ggTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTAc < 2:133603/141‑1 (MQ=255) ggTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGCCCTTCAGTGACACTGAAGGACTTTAtaaatgaat < 1:433477/141‑9 (MQ=38) gTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACa < 1:502115/141‑1 (MQ=255) gTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACa < 1:252870/141‑1 (MQ=255) atccAAAATCGGTGGTATCGGGCTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTCTAAATAAAGTTTCAGCTACAACA‑AAACCACTACCCTATTCAATTATACAGTCCTCCAGTGTCACAGAAGGGCCTCATTGTTGTACAAt > 1:810909/4‑141 (MQ=255) tCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATGCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAAttt < 1:247407/141‑1 (MQ=255) tCAAAAACGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCATTATGACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAAttt < 1:524374/141‑1 (MQ=255) aaaaTCGGTGGTATCGGGTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGa < 2:128582/141‑1 (MQ=255) aaTCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAg < 1:122687/141‑1 (MQ=255) tCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTg < 1:632059/141‑1 (MQ=255) tCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTg < 1:54804/141‑1 (MQ=255) ggtggtATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAg > 1:1075732/1‑141 (MQ=255) gtggtATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGt > 2:945286/1‑141 (MQ=255) gtATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAAc > 2:142962/1‑141 (MQ=255) gtATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAAc < 1:69414/141‑1 (MQ=255) gtATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAAc > 1:251468/1‑141 (MQ=255) tttAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCaa > 1:443527/1‑141 (MQ=255) ttCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAag < 1:308663/141‑1 (MQ=255) ttCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAag > 1:202383/1‑141 (MQ=255) aaaaaaGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAaggag < 2:793941/141‑1 (MQ=255) aaaTTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTAt > 1:710926/1‑141 (MQ=255) aaTTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATg < 1:651599/141‑1 (MQ=255) aaTTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATg > 1:311548/1‑141 (MQ=255) aaTTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATg > 2:836199/1‑141 (MQ=255) tAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAAttt < 2:503052/141‑1 (MQ=255) tAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAAttt < 1:447851/141‑1 (MQ=255) ggCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTtta > 1:586357/1‑141 (MQ=255) ggCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTtta > 2:619698/1‑141 (MQ=255) ggCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTtta > 1:838764/1‑141 (MQ=255) gCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTttaa < 1:569153/141‑1 (MQ=255) tttAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTttaaat > 2:748648/1‑141 (MQ=255) ttAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTttaaatt > 1:418190/1‑141 (MQ=255) aaGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAac < 1:64280/141‑1 (MQ=255) aGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAaca > 2:133610/1‑141 (MQ=255) tttCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAacaca < 1:35211/141‑1 (MQ=255) tCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACt < 1:1002740/141‑1 (MQ=255) tCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACt > 1:777628/1‑141 (MQ=255) cAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCGGAGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGAACAATTCGAAGGGAGTAACATATCAAACCAAAGGTGGTACATTATGAATATGAAATTAAAGAACCCACTa > 2:317858/1‑141 (MQ=255) cAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTa > 1:810604/1‑141 (MQ=255) cAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACAGTATGAATTTTAAATTAAATAACACAATa > 2:779242/1‑141 (MQ=255) gCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAg > 2:107386/1‑141 (MQ=255) a‑aaCACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCaa > 2:929488/1‑141 (MQ=255) aaCACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAAc < 1:473900/141‑1 (MQ=255) acacATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACg < 1:467235/141‑1 (MQ=255) caTAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGaaa < 2:278092/141‑1 (MQ=255) aaaaTTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGaaataa < 1:390789/141‑1 (MQ=255) aattaaattaTTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGGTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTACGCAACGaaataaat > 2:687120/1‑141 (MQ=255) aaattaTTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACAt > 1:315115/1‑141 (MQ=255) aattaTTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGCAATAAATACAtt > 1:981937/1‑141 (MQ=255) aattaTTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACAtt > 2:203185/1‑141 (MQ=255) tattCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGat > 1:978344/1‑141 (MQ=255) tCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGATACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGAAACAAAATAAATACATTGattaa > 2:506109/1‑140 (MQ=255) cATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGattatt > 2:558906/1‑141 (MQ=255) cATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGattatt > 2:872431/1‑141 (MQ=255) tttATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTgg < 2:828285/141‑1 (MQ=255) tttATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGAAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTgg > 1:601787/1‑141 (MQ=255) ttATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGt < 1:128193/141‑1 (MQ=255) ataAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGtat < 1:622432/141‑1 (MQ=255) ataAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGtat > 2:287715/1‑141 (MQ=255) taAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGtata > 1:840854/1‑141 (MQ=255) aaaGTGCTTCAGTGTCACTGAAGGGATTTATTTTTGTACAATTTGAAGTGTGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATAc < 2:822212/141‑1 (MQ=255) aaGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATAcc < 1:663640/141‑1 (MQ=255) gcccTTCAGTGACACTGAAGGACTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACCTTGATTATTGGtatgcgag > 2:896742/3‑136 (MQ=255) gcccTTCAGTGACACTGAAGGACTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAg > 2:284797/3‑141 (MQ=255) gTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACAGACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAg > 1:10237/1‑141 (MQ=255) gTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAg < 2:750006/141‑1 (MQ=255) gTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAg > 1:660052/1‑141 (MQ=255) tCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGa > 1:1087315/1‑141 (MQ=255) tttCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGAAc < 2:911408/140‑1 (MQ=255) cTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGAAc > 2:718308/1‑141 (MQ=255) aGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGAACAttt < 1:821446/141‑1 (MQ=255) aGTGACACTGAAGGACTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGAACAttt > 1:257931/1‑141 (MQ=255) gtgtCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGAACATTTa > 2:728696/1‑141 (MQ=255) ttCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGAACATTTaaa < 2:932264/140‑1 (MQ=255) | AAAAGTGATTGATACACGTGCGGTATTCAAAATCGGTGGTATCGGTTTAGCATTCAAAAAAGGTAAATTCTAGGCTTTAAATAAAGTTTCAGCTA‑AACACATAAAATTAAATTATTCATTTATAAAGTCCTTCAGTGTCACTGAAGGGCTTTATTGTTGTACAATTTGAAGTGAGTAACATATCAAATCTAAGGAGGTACATTATGAATTTTAAATTAAATAACACACTAAGCAACGAAATAAATACATTGATTATTGGTATACCAGAACATTTAAA > CP000730/937021‑937297 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |